1.灰原哀
作為前黑衣組織的成員，灰原哀原本是組織裡的科學家，讓柯南變小的毒藥就是她研製的，不過她後來因為姐姐的緣故背叛了組織，在被組織囚禁的時候她吞下偷藏的APTX4869自盡，卻幸運地縮小，結果也和柯南一樣變小了。其實早在她還沒背叛組織的時候，她就猜測工藤新一沒死，只是恢復到幼年了，在她逃出組織之後便來尋找相同身份的工藤新一，並寄住在阿笠博士家。
2.阿笠博士
阿笠博士是柯南父母的好友，同時也是一位發明家，他也是柯南最信任和最得力的助手，柯南身上的很多裝備都是阿笠博士發明的。他是最早知道柯南真實身份的人，在柯南變小之後，第一個找的人就是阿笠博士。之前曾經有不少謠言傳阿笠博士是黑衣組織的BOSS，但是後面證實這條消息是假的。
3.柯南父母
柯南的父母工藤優作和工藤有希子居住在美國洛杉磯，偶爾回日本。與鄰居阿笠博士、警視廳目暮十三警部是好友，去美國後，拜託阿笠博士管理以前的案件資料並照顧新一，後來在阿笠博士那裡得知新一變小的事情。在最近的劇情中，柯南父親工藤優作通過與赤井秀一的交淡，推理出了黑衣組織的首領為烏丸蓮耶。
4.服部平次
服部平次也是一名高中生名偵探，和工藤新一併稱“關東的工藤，關西的服部”。他在調查一起案件時發現了江戶川柯南的真實身份就是工藤新一，是《名偵探柯南》中第一個主動發現柯南身份的人。之後成為江戶川柯南（工藤新一）的好友，兩人經常聯手辦案。
5.怪盜基德
工藤新一曾在《魔術快鬥》客串登場，與怪盜基德有過交手，但當時兩人都互不知道對方身份。之後新一變成柯南後也與基德有多次正面交手，大多為不分勝負或以解決第三方犯罪為結局，也有相互合作的情況出現，兩人亦敵亦友。基德在劇場版《世紀末的魔術師》中還得知了柯南的真實身份（漫畫原作中沒有表示得知身份）。
6.本堂瑛佑
本堂瑛佑是本堂瑛海（化名水無憐奈）的弟弟。父親、姐姐均為CIA的情報人員。一直努力尋找失蹤的姐姐，後得知姐姐與水無憐奈為同一人。在劇情中本堂瑛佑要跟小蘭表白，柯南威脅他說不行，然後這他竟然就說早都猜到了果然如此，想必他早就對柯南的身份有了懷疑，不過之後他再沒出場過，說不定作者已經忘了這個人物。
7.貝爾摩德
貝爾摩德是黑衣組織重要成員，真實身份是美國女明星莎朗·溫亞德，因某種原因恢復年輕或停止衰老，在組織中負責收集重要的情報。她在調查之中發現了柯南和灰原哀的真實身份，但是由於某種原因並未上報組織，認為柯南是可以摧毀組織的“銀色子彈”。
8.赤井秀一
赤井秀一是一位充滿神秘感的FBI搜查官，曾臥底加入黑衣組織，被組織內部稱為“銀色子彈”，曾為了幫助臥底進入組織的水無憐奈重新進入組織並騙取琴酒的信任，假裝被槍擊身亡。之後以衝矢昴的身份出現，暗中保護灰原哀，期間知曉了柯南的真實身份。
9.宮野明美
宮野明美是灰原哀（宮野志保）的姐姐，曾經也是黑衣組織的成員。為了和妹妹一起脫離黑衣組織，化名為廣田雅美，完成了組織交給的搶劫十億日元的任務，後被琴酒槍殺，臨死前柯南對其告知了自己的真實身份。她也是赤井秀一的前女友。
10.愛爾蘭
愛爾蘭也是黑衣組織的成員，但和另一位成員琴酒是死對頭，因為琴酒殺死了愛爾蘭如父親般尊敬的皮斯克。在劇場版《漆黑的追蹤者》中，他通過比對柯南和工藤新一的指紋，發現了柯南的真實身份，不過他並沒有上報組織，因為他想直接把柯南帶到組織BOSS面前，好指責琴酒的失職，讓冷血無情的琴酒垮臺。不過最後被柯南感化，為了保護柯南而死。
11.澤田弘樹
澤田弘樹是劇場版《貝克街的亡靈》中登場的人物。他年僅10歲，是麻省理工學院研究生，生前開發過一種生長一年等於人類五年的自我成長人工智能“諾亞方舟”。他通過“諾亞方舟”分析了柯南的DNA再與數據比較，知道了柯南的父親是工藤優作，那麼柯南自然就是工藤新一了。
12.魯邦三世一夥人
在特別篇《名偵探柯南VS魯邦三世》中，兩人曾有過合作，在合作過程中，智商300的魯邦三世通過自己的直覺和推理也發現了柯南的真實身份，不過他和柯南屬於不同作品中的角色，他知不知道柯南的真實身份對《名偵探柯南》的劇情都沒有影響。
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