临高南站位于西线高速博厚互通附近，车站紧邻临海路东侧约500m处设置，为本线中间站。车站中心里程K52+131.140，北距福山镇站16.8km，南距银滩站29.7km，车站设到发线4条，按“两台夹4线”布置，车站三亚端设综合维修车间1座。设旅客进、出站地道一座，有站台柱钢筋混凝土雨棚。为线侧平式站房，站房总建筑面积4000m2。
临高南站站房采用三组坡屋顶山峦叠峰，空间层次丰富，细腻优美，并在建筑细节处融入当地传统建筑元素，体现了临高“全国民间艺术之乡“的特点。站房为钢筋混凝土框架结构，基础形式为独立基础。
临高南站是全球首条环岛高铁海南的一个中间站，位于临高县博厚镇，距离临高县城约8公里。