伊森哈德的武器庫
真正三大組織：1.武氏,2.狄仁傑集團（部分李唐），3.蛇靈。
論歷史，狄仁傑集團是勝出了，神龍政變，手握廬陵王，張柬之大權在握！
論電視劇，把武氏和狄仁傑剔除的話分為三大反派組織：蛇靈（金木蘭），蛇靈（肖清芳），鐵手團！（蛇靈並不是一個統一的組織，無組織，無紀律勾心鬥角的一些分裂勢力！）
論實力，殺傷力：
1.肖清芳殺傷力最強，滅大周右威衛王孝傑10萬，滅趙文暉部2萬，控制契丹李盡滅（10萬），突厥默啜（鷹師），下轄刺史級邱靜，變靈，動靈，魔靈，假狄春。橫著算整個反派人物權利最大的就是肖清芳，內衛大閣領，敢直接置換狄春，把蛇靈經營的有聲有色！
2.金木蘭集團實力最強，這個集團你說武功人物，蝮蛇勉強，可是在滿血元芳下走不過三招，但是因為李青霞控制了方謙，幽州司馬吳益之（越王之亂餘黨），其實力絕對可以和朝廷抗衡，偷走幽州府庫數千萬兩白銀，有鐵礦，有兵員，並且控制了突厥吉利他弟，但是被狄仁傑過早消滅，如果任由金木蘭集團發展，湖州蜜蜂案的越王寶藏也將歸其所有！
3.鐵手團武力值最強，這裡肯定很多人不服，李元芳第一部血戰數十次，才被蝮蛇打敗，而跟鐵手團第二次交手就幾乎廢了！元齊手下這群禽獸實力極強，李元芳之前跟寧氏，魯吉英都說過鐵手團的實力，整個四部唯一一個和元芳相當的就是元齊!在說元齊控制了整個揚州的官場，崔亮，吳文登，楊九成，魯吉英，元齊並且是越王之亂的告發者！財富值很高，並且有銀行（鴻通櫃方），黑社會（臥虎莊），但是缺點沒有正規軍，而且眼光很差，就盯著幾部運鹽船！
下面談談最有爭議的一個組織，蛇靈袁天罡集團！個人認為此集團的幾個人：袁天罡，虺文忠，小梅，小鳳，桓斌沒一個聰明人（對狄仁傑）。袁天罡，犧牲自己的親信魯成來毀滅了肖清芳！而虺文忠，血靈的臥底莫名其妙，對整個計劃無任何幫助，都能必殺武則天，確不直接必殺肖清芳？虺文忠的臥底更是敗筆中的戰鬥機，不僅對全盤計劃沒任何幫助，反而壞事。血靈也是，有這種技能直接滅了肖清芳多好？桓斌最多的作用就是後面就是控制了幾個替身千牛衛！袁天罡莫名其妙的為了肖清芳把蛇靈毀了，斷送了自己！
三大反派：1.肖清芳 2.金木蘭 3.鐵手團！
伊森哈德的武器庫
不請自來！
要不是題主說了，我還納悶怎麼才三個組織？從第一部到第三部，以及神斷狄仁傑，小的不說，大的有：蛇靈（第一部使團驚魂案、第二部崇州陰影案）、江湖討武人士（第一部滴血雄鷹案）、內衛（每一部都有，重點在第二部血色江州案，還有第一部的藍衫記案）、李氏後裔（第一部藍衫記案、第二部血色江州案）、黑衣社（第三部涼州案，又名黑衣神社案）、鐵手團（第三部邗溝覆船案）、千牛衛（每一部都有）、馭風者（神斷狄仁傑，突勒精銳殺手部隊）
既然題主說到了蛇靈、黑衣社、鐵手團，那麼就直奔主題。
我認為，有兩種情況：
一、憑勢力範圍
蛇靈最強。
1、蛇靈下屬有二十二堂屬，更有蛇靈六大蛇首。其勢力已經延伸到了深宮大內，千牛衛和內衛府，還有朝廷官員。基本上可以說。在神探狄仁傑系列中，蛇靈可以說是控制著半個整個江湖的殺手。
2、蛇靈有極其完整的組織機構和組織運行程序。並且有著成熟的網狀發展規劃。
3、蛇靈的能力和手段防不勝防。勢力延伸到深宮大內，可以換掉大臣，甚至是太子李顯，這個能力，其他兩個組織是辦不到的。
至於黑衣社和鐵手團，從勢力範圍上來說，都差不多。黑衣社佔據涼州一帶，鐵手團盤踞揚州一帶。
二、戰鬥力狀況
鐵手團略勝一籌
1、鐵手團下有二十堂部眾，十大高手。鐵手團的成員，全部是來自江湖，個個都身懷絕技，武力驚人。
2、鐵手團沒有宗旨，也沒有政治追求，一切只為了錢。就像今天的僱傭兵。為了錢，鐵手團什麼都乾乾，所以其危險程度遠遠高於勢力最大的蛇靈。
3、鐵手團殺手圍攻李元芳，可以讓李元芳身負重傷。而且，鐵手團宗主穎王元齊是鐵手團第一高手，李元芳和雲姑（鐵手團十大高手之一）合力才擊殺掉。
而蛇靈裡面最強的閃靈，巔峰狀態也最多和李元芳戰個平手。黑衣社就更別說了，沒有幾個能在李元芳手下走過一招。
綜合而言，蛇靈應該排在第一位，畢竟謀略和佈局很重要。鐵手團放在第二位。至於黑衣社，真的不是很入流，如果不依靠邪惡手段，普通的涼州衛軍隊就能搞定。
以上是我的個人看法。
志軍翔宇
看其戰略目標就知道肯定是蛇靈最強。
蛇靈的目標分為兩部分，第一部裡蛇靈分支金木蘭部意圖勾結突厥國內的篡位勢力莫度，引兵攻打武周北部邊境，蛇靈本身則聯絡國內反對勢力舉兵叛亂，取代中央朝廷，這至少是一個反叛軍能力，金木蘭的目標是當皇帝。
第二部的蛇靈目的大同小異，在外利用突厥國內的分裂勢力莫啜引起邊境混亂，在內利用所謂“洛河神異”的水文現象襲擊朝廷，取代皇帝和文武百官。
所以綜上，蛇靈的戰略一直是奪取整個國家的政權，這一點，不論是肖清芳還是袁天罡，都沒有改變過。
在力量配比上，蛇靈不僅僅擁有多位武功高手，而且在幽州，崇州，突厥等邊境經營多年，又遍佈整個邊境地區的情報系統，安插的地下成員可以進入武周的朝廷和突厥的汗庭，可以調動包括武周內衛和突厥鷹師在內的數支軍隊，如果不是惹了主角光環的狄仁傑，蛇靈堪稱武周第一大勢力。
相比之下，黑衣社的實力要小一些，只能在涼州城外的鄉村中從事一些宗教活動，黑衣社費勁吃奶的力氣，想要達成的目標也不過是控制一座涼州城，而且還是在使用生化武器先將人口削減一多半的情況下。
黑衣社跟一個五品歸義伯你來我往的鬥爭了多年，這種級別的官員在蛇靈那裡想宰就宰了，而且還能合法的宰了。
最後是鐵手團，組織就比較沒出息了，謀殺正四品水部郎中，後來還想謀殺狄仁傑，做下了震驚朝廷的水運大案的組織，傳承自南北朝時期的牛逼背景，最後的目的居然只是為了壟斷買鹽。。。。為了錢。。。黑衣社和蛇靈至少已經脫離了賺錢這種低級趣味了。
鐵手團的實力也明顯不如蛇靈，所謂的十多位高手被李元芳一個人幾乎團滅，只有宗主本人因為有導演光環加成，還需要李元芳與女神龍一起出手才能制服。