唐心死後，子山萬念俱灰，頹廢了一段時間，還差點死掉。死裡逃生後，他恢復了昔日的神采和領導風範，眾同事都感到高興。徐飛跟俏君也恩愛如初。一切，都很美好。
這天，一位姓鄭的先生預約來到俏君的心理諮詢室。他表現得很奇怪，一進門就盯著桌子上徐飛俏君的合照看，然後盯著俏君看。
他還發表自己看法，認為俏君是個很特別的女人。
他問俏君什麼樣的男人最該死，俏君反過來問他，他回答說出賣朋友的男人最該死。
因為三年多以前，自己被他曾救過的兄弟出賣，他認為這個人罪該萬死。
他反覆問俏君是否也認為這個人該死。
俏君一直在思考著這位鄭生的話，晚上她跟徐飛看房子的時候，還問了徐飛對“出賣”這個問題的看法，徐飛認為要辯證地看待。
第二天，警局裡，添海接到一個女人的電話說要找雄哥，眾人驚訝。徐飛接電話，對方聽到他的聲音立馬掛了。
徐飛在路上堵車的時候，突然看到疑似失蹤了三年的女友芊芊的身影，他追上去，卻已無蹤影。
徐飛失魂落魄地回到家（這個房子是雄哥的，他還有另一處房子是以前跟芊芊一起住的），發現曾是芊芊專用的杯子竟被拿出來了，而且他收藏在櫃子裡的、芊芊曾經送給他的椅墊也不見了。他覺得很奇怪。
夜裡，徐飛睡不著，今天發生的一系列奇怪的事讓他覺得芊芊可能回來了。（三年前他跟芊芊要領證的那天，芊芊沒來，之後就一直失蹤）
他來到另一處房子，竟然真的看到了芊芊。
他不停地問芊芊為什麼一聲不吭就走了，他訴說著這三年來為芊芊所付出的一切。
芊芊一直沉默不語，她說自己當初不想跟他結婚，所以才一走了之。
說著便起身要走，徐飛難以接受如此敷衍的說辭，他一定要芊芊跟他說清楚。
糾纏之間，徐飛看到了芊芊的義肢。芊芊的腿竟然斷了！徐飛感到驚愕。
芊芊表示不想被徐飛看到殘缺的自己，所以離開他。
3年過去了，一切已經物是人非，感情也回不到過去，她這次回來，只是想看看哥哥劍雄。
俏君醒來見不到徐飛，打電話也不通。打去警局，卻被告知徐飛請假了。俏君隱隱覺得有事發生，看著婚戒，她預感到她跟徐飛的感情可能又出現問題了。
徐飛告知芊芊，雄哥死了，芊芊很難過。
他帶著芊芊去拜祭雄哥。
也許是徐飛揹著她，讓她找回了曾被愛的感覺、也許是為自己唯一的親人離世感到難過傷心，她情不自禁地靠在了徐飛的懷裡，但是她說自己不想挽回什麼，只想再跟徐飛度過只屬於他倆的一天。
一整天都找不到徐飛，俏君心裡忐忑不安。暗自神傷的她在海邊時還被人撞到，婚戒掉海里去了，她想到有個病人跟她說的話，想著這可能是她跟徐飛感情要完蛋的前兆，心裡難過。（按照俏君心理專家的人設，她不該有這樣迷信的想法，可是從另一個角度看，她如此緊張，正表明她太愛徐飛了。她非常珍惜這份感情，她害怕失去徐飛，但同時也看得出，屢次讓她受傷的徐飛在這段感情中真的沒能給她百分百的安全感）
繼續找徐飛的時候，俏君想起昨晚徐飛找椅墊的奇怪言行，遂往徐飛跟芊芊曾住過的那處房子找。
殘酷的是，她看到了徐飛正親密地攙著芊芊下車。徐飛讓她先回去。
俏君落寞地離開了。
回到家裡，徐飛買了很多芊芊曾經愛吃的東西，兩人邊說邊回憶曾經的甜蜜和美好。
曾經越美好，現在就越殘酷，芊芊說，已經回不去從前了。
而她現在唯一想做的是跳一次舞。（芊芊之前是舞者，對她而言，斷腿絕對是致命的打擊，所以，現在能再跳一次舞應該是她最大的心願了）
徐飛滿足她的願望，讓她踏在自己的腳上跳舞，幫她找回曾經最美好的感覺。這一幕，傷感又唯美。
而此時的俏君，一個人在海邊承受著失戀的痛苦。
子山看到她，過來安慰，讓俏君不要這麼快下結論。她表示既然芊芊回來了，她也不用徐飛說，自己就會退出了，這是她的尊嚴。
子山也感無奈，他經歷過三角關係需要抉擇的時刻，他能感同身受。
俏君回到家，看到空無一人的房間，回想著兩人一路走來的甜蜜與挫折，回想著自己在這份感情中自始至終都是主動的那一個、付出較多的那一個，回想著徐飛每次聽到芊芊的消息都難以控制情緒的樣子，孤寂，難過，哀傷，痛心，不捨，種種情緒伴著她到天亮，她，死心了。
徐飛醒來，芊芊說24小時到了，她該放手了。徐飛想為她做最後一件事，買她最愛吃的蛋糕。
看著徐飛驅車離開，俏君上樓，找到芊芊。
俏君決定退出，於是勸芊芊好好待徐飛。芊芊一直沉默不語。
徐飛買好蛋糕回來，芊芊已經走了。
俏君已決定面對他們要分開的事實，徐飛又來找她了。
他跟俏君解釋了之前懷疑芊芊回來過、後面跟她共度24小時的事情，徐飛明確表示，以前的人和事，都回不去了，他選擇的，是俏君。俏君開心。
另一邊，芊芊回到了住處，跟她一起的就是俏君之前的病例鄭東成。芊芊表示哥哥已死，香港已無任何值得她留戀的了，二人打算之後就離開香港。
鄭東成跟芊芊說出去拿機票，但他忘了拿手機，芊芊接了電話，竟然是通知鄭東成去見心理醫生武俏君的事，芊芊感到奇怪。
俏君辦公室裡，鄭東成又問她一些很奇怪的問題，還談及關於女人、愛與恨的看法。
鄭東成的極端負面思想和陰冷的眼神，令俏君心驚。
俏君在停車場被鄭東成弄暈，丟進後備箱。這一幕，被芊芊看到。
徐飛等俏君赴約，卻等來了鄭東成的電話。原來此二人五年前就認識，從他的話中，徐飛聽出俏君可能遇到危險。
鄭東成本想擄走俏君，卻被芊芊告知她已經報警了。芊芊勸他不要再報復徐飛，鄭東成大怒。
鄭東成將俏君扔在警局門，然後離開。
鄭東成覺得被芊芊出賣，認為她沒有喜歡過自己，留在自己身邊只是為了保護徐飛，芊芊否認，她表示現在只想跟鄭東成離開香港，遠離一切是非。鄭不相信。
根據俏君所述做出來的拼圖，國仁認出襲擊俏君的人是通緝犯鄭東成。子山他們馬上找出了鄭東成的資料。
俏君對鄭東成為何襲擊她表示不解。徐飛坦承，他就是鄭口中出賣兄弟的人。
原來五年前，徐飛被選做臥底，混入鄭東成、洛鎮彪的犯罪集團，在一次行動中徐飛豁出性命救了鄭東成，獨來獨往、不相信人的鄭東成開始將其視為好兄弟。
徐飛曾覺得自己跟鄭有很多地方相似，也曾模糊了自己的警察身份，認為自己能跟鄭成為真正的好兄弟，但是鄭的冷血殺手風格讓他警醒，他認識到兩人根本就不能成為一路人。
但是，在徐飛被老大懷疑為叛徒還要幹掉他的時候，鄭東成仗義為他說話，還替他擋了一槍，他驚覺鄭是真的拿他當好兄弟，這讓徐飛心裡很矛盾。
最後，犯罪集團被瓦解，鄭東成痛心自己被兄弟出賣，落得慘淡下場，誓要殺掉徐飛。徐飛勸他投降，鄭東成拼死一搏，在危急關頭，徐飛廢了他的右手，還令到他連車帶人掉入海中。
沒有找到鄭的屍體，徐飛認為他沒死，應該會回來找自己報仇，沒想到是幾年之後的現在。
說到底，徐飛內心對鄭東成還是有一點內疚的。（這就是做臥底要承受的，一個內心善良、情感細膩的臥底，很容易模糊了自己的身份），不過俏君安慰他沒有做錯。兵跟賊，註定是要對立的。
此時，子山也找來，他通過查看鄭東成的底細，知道了徐飛曾經做臥底與鄭東成結下的樑子，他提醒徐飛要小心。徐飛表示最擔心的是怕俏君受到傷害。
鄭東成約徐飛見面，徐飛要抓他，卻被鄭以吧檯服務生的性命威脅致束手無策。鄭東成從容離開，還向徐飛下挑戰書。
深夜，鄭東成在給徐飛寫信。
原來，當年犯罪集團被瓦解後，鄭東成的老大被抓住，鄭為了不讓徐飛出庭作證，遂于徐飛芊芊領證那天擄走了芊芊，想以她為籌碼，要挾徐飛。但是後來，老大病發身亡，他的計劃落空，警方通緝他，再加上他的手被廢、拿不了槍，所以他就帶著人質芊芊逃亡。
之後，他就開始練習左手開槍，預備找徐飛報仇。
芊芊被他綁架的時候，曾逃出來過，卻意外被車撞斷腿，被截肢。鄭東成救活了她。失去腿，令熱愛跳舞的芊芊無法接受，她想自殺，鄭東成的一番話，激起了她的求生意志。
鄭東成始終不忍心殺掉芊芊，還在芊芊成為他的負累的時候盡心盡力照顧她，天長日久，鄭東成對她產生了感情。
芊芊也表現的對他很關心，還提出要跟他移民到海外。但是鄭東成發現了芊芊偷偷給他換藥，令他左手無法開槍。
他質問芊芊，芊芊坦承她愛的只有徐飛，如今她斷了腿，覺得自己配不上徐飛，於是想要用感情絆住鄭東成，令他不能夠去找徐飛報仇。
以上是信的內容。第二天，徐飛就收到了鄭東成的信和芊芊的義肢。
原來，芊芊這三年來一直在鄭東成手中，她為了自己受盡磨難。看完信，徐飛又氣又急又痛心，他激動地要去救芊芊，俏君勸他要冷靜。
通過俏君的分析，徐飛來到鄭東成老大的墳前，拿了信，得到了鄭的進一步提示。
他要去龍虎灘救芊芊，俏君勸他理智，提醒他應該報警，不能私自行動。徐飛不聽。
俏君只得找子山幫忙。此時，她的心裡也很亂，她感嘆芊芊原來為徐飛犧牲了這麼多，她責怪自己那天不該去找芊芊說那些話。
徐飛在龍虎灘找不到芊芊跟鄭東成，子山趕來，徐飛情緒激動，他固執地認為這是他跟鄭之間的恩怨，應該由他們自己來解決，不用警方幫忙。子山訓了他一頓，希望他變的理智些。
鄭東成計劃先用那封信讓徐飛變得發狂、不理智，然後準備殺掉他和芊芊。
芊芊誓死要保護徐飛，可是有心無力。
原來，鄭東成引徐飛去龍虎灘是調虎離山，他進徐飛家裡，擺了一瓶酒，暗示自己會殺人（鄭東成多次表示他幹大案子之前不會喝酒），還偷了徐飛的槍。
徐飛擔心芊芊會遇害，鄭東成讓他去垃圾站看結果。
在垃圾站，有個滲血的紙箱，子山打開，不是芊芊，遇害的鄭東成口中的一個叛徒。而遇害者身上放著徐飛的槍。
國仁他們趕來，徐飛不想節外生枝，耽誤救芊芊，要離開，子山違規讓他走了。眾同事感到奇怪。
鑑證報告顯示遇害者身上的子彈是從徐飛的槍裡發出的，邱sir要子山交待為什麼放徐飛走。子山表示相信徐飛不會殺人，懇求邱sir再給徐飛一點時間，邱sir同意。
徐飛回到家，俏君推測鄭東成應該不會殺芊芊，希望徐飛保持冷靜。徐飛聽後指責俏君自私，俏君氣的摔門離去。
徐飛又接到鄭東成的電話，說有東西送來。此時，子山也趕來幫徐飛，他們在門口的信裡看到了芊芊被綁的照片。
根據照片的背景，兩人找到了相鄰的兩間酒店。懷疑芊芊就被藏在這裡，子山、徐飛一人去一邊。
子山找到信上所指示的房間號，打開門卻發生爆炸了。
徐飛聽到爆炸聲，意識到子山出事，正要趕去，卻被鄭東成拿槍阻止。
鄭東成設計讓子山送死，就是為了報復徐飛。
而芊芊，寧死也不愛鄭東成，鄭東成氣極，已將她綁在浴缸裡，要淹死她。
徐飛意識到芊芊已經死了，精神恍惚，完全沒了神智，鄭東成讓他為自己害死子山、害死芊芊而自殺贖罪。
徐飛呆呆地正要自我了斷的時候，子山帶隊衝進來。原來子山沒死，之藍也及時報告說俏君救了芊芊。徐飛恢復神智、清醒過來，鄭東成被捕。（PS，後面有解釋說子山在進房間之前接到Man的電話，提醒他辦案時注意安全，所以子山很謹慎地躲過了那場爆炸）
徐飛衝進病房，對著死裡逃生的芊芊就是一頓掏心表白，他跟芊芊保證兩人再也不會分開了。
原來鄭東成始終捨不得芊芊死，所以留了口信給俏君，俏君犯去徐飛家從浴缸裡救了芊芊。
鄭東成坐監。
-----OVER-----
主演結局：子山落單，Man去雲南教書，徐飛跟芊芊一起，俏君落單，國仁跟之藍一起，振球跟琪琪一起
《刑事偵緝檔案4》圖解完畢