蔬菜由於連年種植，土壤問題越來越嚴重，土傳病害（“死棵”病）逐年加重，菜農們苦不堪言。保護地蔬菜“死棵”和病毒病已經成為國內蔬菜生產中影響經濟收益的兩大頑疾。
在生產實踐中有一種用肥習慣，即使在連年種植的老棚區土壤，土傳病害發病都很少，菜農們也樂此不疲使用這種施肥方式。
蔬菜生長前期和結果期經常施用“菌肥”，能夠保證土傳病害（“死棵”）發病輕。
菌劑和菌肥是蔬菜生長過程中的必需肥料，一般農用微生物菌劑簡稱菌劑，是“小肥料”。複合微生物肥料和生物有機肥簡稱菌肥，是“大肥料”。大中微量元素的吸收離不開微生物的“橋樑”作用，有機質是微生物繁殖工作的“糧食”。
有的菜農喜歡底肥施用微生物肥料，生長季節施用化學肥料，這種用肥習慣無法保證土傳病害少發生；有的菜農生長季節施用化學肥料和菌肥相結合，這種用肥習慣土傳病害時有發生；還有的菜農重視土壤酸鹼調理、土壤降鹽、土壤消毒及土壤有機質補充，蔬菜生長季注重施用微生物菌劑，這樣的施肥方案土傳病害極少發生。
土壤酸化、偏鹼、線蟲、鹽漬化等土壤問題導致大棚蔬菜土傳病害（“死棵”）逐年加重，一旦發病防治成本高、效果差且損失嚴重。土壤是否健康？蚯蚓數量是衡量土壤健康肥沃的重要指標之一。不健康土壤的蚯蚓數量已經很少甚至耕作層基本沒有。生產中增加菌肥使用量，讓土壤恢復健康狀態，首先需要解決酸化、偏鹼性和鹽漬化等問題。
一、土壤酸化、偏鹼性和鹽漬化問題解決方法
土壤酸鹼性是由土壤膠體上吸附的交換性陽離子（致酸離子和鹽基離子）的組成狀態決定的，致酸離子有H+和Al3+，鹽基離子有K+、Na+、Ca2+、Mg2+、NH4+，鹽基不飽和的土壤呈酸性，鹽基飽和的土壤一般呈中性或鹼性。
精確測量土壤酸鹼性可以通過PH試紙和專業土壤酸鹼測試儀器。保護地蔬菜大棚土壤酸鹼性鑑別準確，才能制定行之有效的改良方法。
酸性土壤改良具體操作方法：
- 科學合理施用化學肥料
大中微量元素肥料根據不同作物需肥特點科學施用。生石灰、熟石灰、草木灰和氰胺化鈣（又稱為“石灰氮”）在土壤中表現為鹼性。適量生石灰可以調節酸性土壤，過量使用增加土壤板結。氰胺化鈣屬於鹼性肥料，每畝使用60～80公斤調節酸性土壤效果明顯，同時可以補充緩釋氮肥和鈣肥，被譽為“果蔬鈣片”。
2.補充有機質和微生物菌劑
土壤有機質減少加速土壤酸化，保護地增加使用腐熟農家肥、作物秸稈、礦源腐植酸、腐熟大豆、豆粕和優質有機肥等，能夠明顯改良土壤酸性。
3.灌溉方式
保護地土壤採用滴灌方式，露地土壤採用微噴灌方式，減少化學酸性和生理酸性肥料使用量，可以有效降低土壤酸性。
鹼性土壤改良具體操作方法：
（1）增加土壤有機質，施用農家肥（牛糞、羊糞）、腐植酸（原生和再生腐植酸）、有機肥、醋糟等。
（2）化學方法改良，適量的硫磺粉、硫酸亞鐵、生理酸性肥料（過磷酸鈣，重過磷酸鈣，硫酸鉀等）、石膏、磷石膏、氯化鈣、酸酸氮、禾康調理劑等。
土壤鹽漬化改良具體操作方法：
1，水源問題與灌溉方式，選擇鹽分或EC值適合作物生長的灌溉水，大水漫灌與滴灌結合，大水漫灌起到淋洗降鹽壓鹽作用，滴灌設施增加過濾設備降低鹽分。
2，肥料問題，重視施用有機質肥料和微生物肥料，科學合理施用大中微量元素肥料。比如腐植酸是一種有機弱酸和弱酸鹽，對土壤鹼性、鹽分具有明顯改善作用。
3，降鹽方法，保護地土壤種植空閒期降鹽方法包括客土法、深翻土壤、雨水壓鹽、灌溉水洗鹽、種植吸收鹽分植物（玉米、苜蓿、蘇丹草）。
4，鋪沙壓鹼，土壤中摻入油沙土，能夠增加土壤孔隙度、增強土壤通透性、減少土壤水分蒸發、抑制深層鹽分向上運動、降低表層土壤鹼化度，因而起到壓鹼的作用。
二、微生物菌劑重要性及主要作用
蔬菜生長前期及結果期，微生物菌劑結合有機質肥料和化學肥料混合連續施用，能夠有效預防土傳病害發生，同時可以明顯降低化學肥料使用量。常用微生物菌劑作用如下：
1.枯草芽孢桿菌：提升作物抗逆性、固氮功能，可促進代謝植物生長的轉化酶，提高作物吸收利用率。
2.凝結芽孢桿菌：可降低環境中的氨氣、氯化物、硫化物等有害物質。提高果實中氨基酸的含量。
3.膠凍樣芽孢桿菌：擁有粘性並持續性的分解功能，解鉀功能，裂解出可溶磷、鉀元素及鈣、硫、鎂、鐵、鋅、鉬、錳等中微量元素。
4.地衣芽孢桿菌：提升抗病力、具有包覆功能，有效將有害菌進行包覆阻斷生長功能。
5.蘇雲金芽孢桿菌：其代謝酶素具有破壞害蟲細胞壁功能(包括根結線蟲)，對鱗翅目等節肢動物有特異性的活性破壞力。
6.側孢芽孢桿菌：促生根功能強、同時可抑菌及降解或固化重金屬元素，減低作物吸收重金屬。
7.巨大芽孢桿菌：具有土壤團聚能力，解磷功能性，具有良好的降解土壤中有機磷的功效。
8.多粘芽孢桿菌：有溶磷和固氮功能，代謝物可分泌多種酶質，增強作物對一些病害的抵抗力。
9.熱紫鏈黴菌：代謝產生的放線菌素D，具有增強土壤抗病力和抗菌力，菌株代謝的放線菌素，對線蟲細胞具破壞能力，亦能刺激作物生長。
10.真菌類(麴黴)：可擴大根系吸收面，菌絲屬長鏈，可增加對原根毛吸收範圍以外的各種元素(特別是磷)的吸收能力。
11.米麴黴：提高土壤有機質，改善土壤結構。分解蛋白質、纖維素等不易分解有機物，降解能力強，同時能夠升溫、除臭、消除病蟲害和提高養分的效果。
12.黑麴黴：能裂解大分子有機物和無機物，以便於作物吸收利用，改善土壤團粒結構，增強土壤肥力，提高產量。
13.固氮類菌：固定空氣中的遊離氮，促使作物實時吸收，達到作物提肥與增產效能。
14.放線菌：能產抗病元素、防病、抗菌和壯菌的作用，代謝分泌各種細胞酶素，能促進作物的生長並提高抗病能力。
15.EM菌：能合成糖類、氨基酸類、維生素類和活性物質等，是調節土壤和促進動植物生長的一種組織性菌群。
16.乳酸菌：其PH值為酸性，可中和鹼性土壤PH值，具有殺菌能力，能夠分解常態下不易分解的木質素和纖維素，並使有機物發酵分解。能夠抑制連作障礙產生的致病菌增生。
17.酵母菌：可合成促進根系生長及細胞分裂的活性物質，提供其它微生物增生所需要的營養源，提供了生物群重要營養供給的保障。
18.綠色木黴：其是產纖維素酶活能力最高的菌株之一，同時又是一種拮抗菌，具有保護土壤和治療根系的雙重功效，可有效防治土傳性病害。
19.哈茨木黴：可預防由腐黴菌、鐮刀菌、黑根黴、核盤菌或小核菌等病原菌引起的各種植物病害,抗病力功能菌。
20.淡紫擬青黴：在土壤中佔有絕對的優勢，其代謝產物具有一種青黴酶素，讓病蟲(根結線蟲等)通過體壁接觸感染，致其細胞接觸處破口，殺死害蟲。缺點是此菌保存須低溫並易衰竭自溶。
