①發生工傷後不予認定影響
根據《工傷保險條例》第十七條，職工發生事故傷害或者按照職業病防治法規定被診斷、鑑定為職業病，所在單位應當自事故傷害發生之日或者被診斷、鑑定為職業病之日起30日內，向統籌地區社會保險行政部門提出工傷認定申請。
用人單位未按前款規定提出工傷認定申請的，工傷職工或者其直系親屬、工會組織在事故傷害發生之日或者被診斷、鑑定為職業病之日起1年內，可以直接向用人單位所在地統籌地區勞動保障行政部門提出工傷認定申請。
第十八條，提出工傷認定申請應當提交下列材料：（一）工傷認定申請表；（二）與用人單位存在勞動關係（包括事實勞動關係）的證明材料；（三）醫療診斷證明或者職業病診斷證明書（或者職業病診斷鑑定書）。
所以，發生工傷應向勞動關係所屬地的社保機構申請工傷認定手續，如果不在同一公司主體下，社保機構會不予認定工傷，產生的費用由企業承擔。
②繳納社保不被官方認可
社保是勞動關係的法定附隨義務，應由建立勞動關係的企業辦理，如果由第三機構直接代繳社保，可能不被官方認可。
有個案例“在某個城市，企業在當地找的一家第三方機構代繳社保，員工到勞動監察舉報單位社保行為，單位到勞動監察接受調查時，描述了社保是第三方代繳，官方的答覆是應由用工的企業繳納，不認可第三方代繳行為，要求為員工補繳社保”。各地在執行時的情況不一樣，如果遇到案例所述的情況，就比較麻煩了。
③員工部分政策享受會受影響
社保已經不單單是繳納的問題，與個人的生活和發展更加緊密了。
關於員工積分落戶，上海地區落戶條件中明確說明：申請落戶時勞動關係主體、工資發放主體、社保繳納主體應保持一致，申請落戶的必備條件之一。
關於子女異地高考，北京明確2014年起，有居住證明及穩定住所，穩定職業及社保滿6年，出具的社保繳納證明和工作單位要保持一致，子女有學籍且已連續讀高中3年，可參加高職考試錄取。
關於工作居住證辦理，北京地區明確要求勞動關係、工資與社保要一致，且工資與社保基數要一致，同時要符合繳納標準等才可以申請。因為勞動合同與社保不一致造成的，員工利益受損，就可能產生糾紛。
其實有比較多企業的部分員工勞動合同、工資發放和社保繳納不在同一主體下，如果沒有發生什麼問題不會有感知，一旦出現以上描述的情況，企業就比較被動了，所以做為HR應及時學習當地政策，將業務發展、政策合規與員工需求相結合考慮，儘量不出現糾紛，當然，如果確實出現勞動合同與社保不一致的情況，最好在勞動合同中增加社保繳納的說明，通過協議維護雙方權益，如：“因乙方（員工）個人需求，特申請（某地區）繳納社保公積金並同意由甲方分支機構或甲方關聯公司代為辦理”。
