鑑定意見本質上是鑑定人就某專門性問題所作出的一種主觀判斷，是鑑定人以自己的知識經驗以及相關技術運用而得出的分析結果，具有典型的言詞證據屬性。其作為我國刑事訴訟法的重要證據種類，一方面法官裁判採信率居高不下，另一方面卻因多頭鑑定、重複鑑定、虛假鑑定、公信力不足等問題備受質疑，有些案件還成為社會焦點。
在庭審實質化改革的推動下，法官也應當加強對鑑定意見的審查質證，以避免審判“以鑑定意見為中心”的問題。作為證據類型的一種，鑑定意見在具有證據資格的前提下，經審查質證認定後，才能作為定案證據，而鑑定意見的審查質證，應從形式審查和實質審查入手。
一、形式審查
我國現行鑑定審查規則更多的是重視形式要件是否齊備。主要是對檢材的要求，鑑定意見文書的要求，對鑑定程序、鑑定過程與方法的要求，實際都僅僅審查鑑定活動是否符合相關的鑑定技術規範；即形式上的審查主要包含以下幾方面：
（一）對鑑定主體的適格審查
主要依據《全國人大常委會關於司法鑑定管理問題的決定》、《關於適用中華人民共和國刑事訴訟法的解釋》、《司法鑑定管理問題的決定》、《司法鑑定機構登記管理辦法》、《司法鑑定人登記管理辦法》等法律文件對鑑定機構和鑑定人是否具有法定資質以及對鑑定人是否存在應當迴避及執業禁止的情形進行審查。
鑑定人是否具備資質，重點在於其是否確實掌握了相關科學原理、方法與操作規程，是否按照相關規定經歷了相關專業技術培訓並且合格。鑑定機構和鑑定人具備法定資格和條件是鑑定意見具備證據能力的前提條件，否則其所提供的鑑定意見不具有證據能力。
（二）對鑑定對象的審查
主要是依據《司法鑑定程序通則》審查檢材的來源、取得、保管、送檢、接收、使用、退還等業務行為是否符合法律、有關規定及鑑定技術操作規範，與相關提取筆錄、扣押物品清單等記載的內容是否相符，檢材是否充足、可靠；主要是為了審查證據的客觀性以及合法性問題。
根據新的刑事證據規則，鑑定材料的真實性和同一性已經成為鑑定意見轉化為定案根據的前提條件，在真實性或同一性存在合理性懷疑的情況下，鑑定意見將不具有作為定案根據的證據資格。
（三）對鑑定結果的審查
主要是對鑑定文書的形式要件進行審查。主要審查鑑定意見的形式要件是否完備，是否註明提起鑑定的事由、鑑定委託人、鑑定機構、鑑定要求、鑑定過程、鑑定方法、鑑定日期等相關內容，是否由鑑定機構加蓋司法鑑定專用章並由鑑定人簽名、蓋章；鑑定意見是否明確；是否註明了鑑定過程和鑑定方法；對司法鑑定意見書進行補正，是否改變了司法鑑定意見的原意等。
此外，還應審查鑑定意見是否與案件事實具有關聯性以及鑑定意見是否能與其他證據形成證據鏈條。對鑑定結果進行的審查，主要解決證據的相關性問題。
二、實質審查
《最高人民法院關於適用的解釋》第八十四條第六款規定，要求法官對“鑑定的過程和方法是否符合相關專業的規範要求”進行實質審查。但實踐中法官對此常常是無能為力，由於缺乏專業鑑定知識，法官只有通過詢問和質證過程才能有效審查鑑定的客觀性，通過交叉詢問還原鑑定過程更易發現鑑定存在的問題幫助法官辨明真偽，增強對證據證明力的判斷。
（一）通過鑑定人出庭及對鑑定人的交叉詢問，可以更好還原鑑定過程，以查明鑑定的客觀性
鑑定意見是由人作出的，鑑定人的教育培訓經歷、專業水平、執業經驗、職業經歷和職業道德等因素的影響決定了鑑定意見並非絕對可靠。也正是基於鑑定意見的言詞證據屬性，才有鑑定人出庭作證接受當面對質的必要，這也是刑事訴訟直接言詞原則在質證環節的直接體現。
根據刑訴法第一百八十七條第三款規定，鑑定人出庭接受質證是需要滿足一定條件的，即控方或辯方對鑑定意見有異議，且法院經審查認為必要；這也為鑑定人出庭接受詢問提供了條件。申請鑑定人出庭，可以通過對鑑定人的交叉詢問，還原鑑定的整個過程和操作行為，可以更準確地發現鑑定過程中的錯誤或違規行為。比如鑑定人是否按照要求接受培訓和考核；鑑定人的知識構成、教育經歷與待鑑定事項的相關性；鑑定人是否真實具備專業鑑定能力；鑑定人的執業規範情況；檢材的取得、接收、送檢、取樣等業務操作行為是否符合技術規範操作要求和崗位職責要求；檢材受到的汙染是否會導致鑑定意見的錯誤；鑑定不及時或拖延對鑑定意見的影響程度等。因此，鑑定人的出庭，在很大的程度可以查明鑑定意見的證據能力問題。
（二）通過及時申請專家輔助人出庭，使質證處於動態過程中，增強鑑定意見審查質證的對抗性、有效性
我國新刑事訴訟法第一百九十二條規定了專家輔助人制度。專業人士出庭對鑑定意見進行質證和詢問，可以在科學和專業的角度對案件中的專門問題所包含的案件事實提出專業意見，或者對案件中現有的鑑定意見科學有效地質證，從而幫助法官有效認知專業的司法鑑定意見，能有效審查鑑定意見的科學性、客觀性，從而保證司法活動的公正性。
同時，由於專家輔助人具有專門的知識且沒有嚴格的資質條件限制，對於辯護方更容易獲得專家輔助人的專業支持，有利於提高辯護效率，也為辯護人、法官實質審查鑑定意見提供了重要方法，有利於甄別錯誤的鑑定意見，從而有效保障被告人的權利。
在對鑑定意見進行形式和實質的審查質證之後，如果仍不能對鑑定意見的證明力作出判斷，則需要考慮更多因素來審查鑑定意見的證明力。如鑑定主體的設備條件、鑑定主體的違法或受處罰情況、鑑定人員的素質以及所提供的鑑定材料的質量等。最終通過對這些因素來綜合認定鑑定意見的證明力的問題。
鑑定意見作為一種法定證據種類，與其他證據種類一樣，相關性與客觀性是其基本要求，我國刑事訴訟立法與司法實踐長期以來對鑑定意見形式審查的重視程度,要遠遠高於對鑑定意見的實質審查。對於鑑定意見的有效審查只有通過形式和實質審查兩個層面來進行質證，特別是通過有效執行鑑定人和專家輔助人出庭制度進行實質審查質證，才能有效防範因鑑定錯誤導致的冤假錯案。
