清朝年初，引發朝野轟動的莊氏《明史》案和戴名世《南山集》案。一本前朝史書，是什麼觸動了康熙，對歷史學者大開殺戒。
《明史》案發生在康熙二年，在明代天啟年間時，有一個大學士朱國禎生平喜歡收集有關政治大事的材料。寫出《史概》一書，還留下一稿本《列朝諸臣傳》。
明朝滅亡之後，他的子孫把稿本抵押給浙江歸安縣富戶莊廷鑨換銀子，莊廷鑨雙目失明，平時以“盲史”自居。欲效仿前人左丘明，因為自己學識不夠，還特地請了一批名士進行補充修訂，增編了明王朝崇禎年間的歷史。起名為《明史》。莊廷鑨沒有等這部書刊印，順治十二年就病逝了。他的父親莊允城花了五年時間僱了工匠刊刻才刻好，沒成想卻大禍臨頭。因為這本書裡保留著明朝立場說話的口氣，還寫到清朝入關以前的年代，不用清朝的年號，而是用明朝的年號等等。
當時的歸安縣知縣吳之榮，因為貪汙被革職，曾到當地富戶人家敲詐，其中就有莊允城，莊允城不肯給錢，吳之榮懷恨在心，把《明史》呈給了杭州將軍松魁，藉此打擊莊允城。松魁又把這個案件交給了巡撫，巡撫又再次轉給了學政去辦理。
從明史查出的毀謗朝廷有一百多條，莊允城見此情況，上下賄賂。湖州知府陳永命接受了莊允誠的千金賄賂，拒不審理。吳之榮還想打擊莊允城，他進京控告。莊允誠被捕入京，不久之後就死在了大理寺監獄裡。清政府下令挖開莊廷鑨墳墓戮屍示眾，莊廷鑨弟弟莊延銊全家被誅。吳之榮還誣告了朱佑明和這本書有關。然後，朱佑明和他的五個兒子就被處斬。更可怕的是，凡是跟這部書有關係的都受到株連，包括寫序、校閱、印刷、刻字、出版社老闆等等。就連對明史有研究的兩位學者也被處死。為這部書說作序的禮部尚書李令哲全家被誅。也有不少官員被牽連，有的被削了官職，有的被掉了腦袋。
告發者吳之榮得到了莊允誠朱佑明的兩家大量財產，因《明史》一書被殺的人至今沒有定論，陳登原《古今典籍聚散考》記述莊氏明史案說死者“二百二十一人之多”，也有清初著名學者作文遙祭好友，文中死難的有“七十餘人”。牽扯範圍如此之大，沉重的打擊了當時文人的修史的積極性。
明史案開有清一代文字獄先河，旨在鎮壓江南漢人的反清思想。這其中，清朝的前中期對文人管制極其嚴格，清王朝採取文化專制主義可算最盛。
