前言：改土歸流的“土”是指元、明以來，在邊遠少數民族實行的土司制度。改“流”，即改成流官制，是由朝廷委任的地方官，管理轄區。
因廣大少數民族地方，生產力落後，各地發展不平衡，地理位置閉塞，遠離中央政府，加上交通不便，一些大姓發展成為，當地有影響力的氏族。有鑑於此，歷代都實行任命少數民族頭領為政府官員，代朝廷管理轄區的制度。唐、宋稱羈縻政策，元、明稱土司制度。到了順治入關，主要任務在於掃平大順軍即南明勢力，尚無暇顧及少數民族地區。直到康熙解決三藩之亂後，在元、明基礎上，進一步完善土司制度。
土司分兩種，一種是任命少數民族頭領的子孫出任世襲的土知府、土知州，即土官，輔以佐貳官州同、縣丞。另一種任命少數民族頭領為土司，代朝廷管理轄區，包括宣撫司、安撫司、宣慰司等。中央政府委任的流官，或正職或副職，主要是起到監督以及牽制當地土司的作用。前者多為文職官員，受吏部管轄，後者多為武職官員，受兵部管轄。少數土司受理藩院管轄。
武職土司
文職土司
土司定期向中央納貢，所納貢物大多折成銀兩，如起初的貢馬，為12兩，後減至8兩。納糧最多的雲南車裡宣慰司，也才1084石。對於土司的懲處，一般較之流官輕。此外，還需要協助完成政府派給一些事務，如修建道路、設置驛站等。
如遇到土司因故更替的情況，中央政府也有著嚴格的規程，防止因此造成地區的不穩定。中央政府規定土司承襲：起初，需由所在省份督撫親自前往，驗明土司頂輩宗圖（族譜）、親供以及原印信，相當於做一次家庭關係普查。事畢，由督撫親自將普查材料交由戶部核准，核准後頒發載有：土司職銜、年月、頂輩等信息的號紙（土司身份的證明），土司承襲的流程才完成。後乾隆朝取消督撫親自赴部的規定，改由布政使驗明材料，包括臨近土司出具的印甘（即證明材料）、宗圖（族譜）以及原有號紙。
至於土司承襲者順序為：1、嫡子嫡孫，2、庶子庶孫，3、兄弟及族人。4、妻子或女婿家族傑出者。此外還規定承襲者未滿15歲，土司印信由土舍(土司屬官）或其母親代為保管。
如此，在偏遠少數民族地區實行土司制度，開始對於穩定全國形勢有重要的意義。但康熙朝忙於平叛三藩、葛爾丹以及平臺，無暇顧及，中央政府基本上不插手轄區事務，等於有割據地方的性質。久而久之，土司勢力的不斷壯大，尾大不掉，反過來對於中央政府是一個巨大的威脅。有點類似漢代建國之初，分封的“諸侯國”，之後發生的“七國之亂”。具體表現為：
1、土司對本族人的殘酷統治。一些地區土司等級制度森嚴，土司自稱本爵，屬民必須稱“爵爺”，土司所到之處，屬民必須跪迎。土司可以任意奪取牲畜、子女。有記載說，貴州水西女土司，開懷暢飲後，以射人為樂，將百姓當作獵物（《明史 貴州土司》：遊獵舊酣，輒射人為戲）。逃避徭役、不尊土司的，可判做沒收家產，將家屬身份變成奴僕可以買賣，且犯人的族人要受到連帶，根據罪責的輕重，交納一筆數目不等的“玷刀錢”。嚴重的還處以剝皮、挖眼等酷刑，（《容美紀遊》：其刑法，重者徑斬，次宮刑，次斷一指......）可以說是掌握了百姓的生殺大權。至於民間訴訟，完全是賄賂多寡，斷輸贏。不僅如此，土司還會向勝訴一方索要謝恩錢，敗訴一方索要贖罪錢，旱澇保收，而訴訟雙方“雙輸”的局面。
2、土司借朝廷貢納的賦稅，橫徵暴斂。事實上，少數民族承擔的賦稅只佔極小一部分，更多是作為臣服於中央的象徵意義，但卻被土司當作斂財工具，隨意增加賦稅，採取“一年四小派，三年一大派”的政策。以雲南沅土府為例，每年朝廷徵米100石，徵銀36兩。到了土司手中變成了徵米1212餘石，徵銀2348餘兩。徵米多出12倍，徵銀多出60倍。除此，土司還對百姓剝削以及奴役的名目繁多。規定：每逢節日，得送禮；土司紅白喜事，不僅送禮，還得到土司家中幫工。
3、可世襲下的土司，經過長時間統治，不僅有與中央對抗的實力，如貴州水西安氏、麗江木氏等大土司，管轄區域多的達到數百里，擁有幾萬，甚至十幾萬親兵，還擁有自己的一套行政、司法系統，加之熟知當地地形，依山構築防禦工事，儼然於割據一方的“土皇帝”。《徐霞客遊記》描述麗江一處關隘：出入者非奉木公命不得擅行，遠方來者止。
臨近的土司間，為爭奪地盤大打出手。如此經年累月，發展成了世仇，不利於地方穩定。發生在雍正二年（1724年），廣西西隆州土司王尚氏與貴州普安州土司阿九，因爭奪烏舍、壩黎等地，便是積累的土司政區邊界矛盾全面激化。告到官府，因涉及跨省，兩地官員相互推諉，兩年無果。天啟年間，四川永寧宣撫司發生叛亂，殺了當下巡撫以下各級官員20多人，還聯絡貴州宣慰司舉兵，接連攻下川、黔多個城池。總督朱燮元調集雲、貴、川等五省軍隊，才平息叛亂。
4、一些地方官借中央政府之規定流程，有意為難土司。如土司的承襲需要有州縣一級官員往上轉呈，故意扣住，藉以敲竹槓。州縣官員接受土司賄賂，若被上司發覺，便會倒打一耙，誣陷土司。等於無形之中，是製造區域內的不和諧，造成了犯罪的漢人，逃入土司控制範圍，需要州縣掏一筆銀子，才能將人帶走，藐視朝廷法令。此外，土司還煽動屬民，對漢人進行燒殺搶掠，作為報復，也加深了民族矛盾。
鄂爾泰
如此，有識之士看到了土司制度的弊端，提出了處置土司具體操作細則：
- 罪行不嚴重的，減少土司管轄村落的數目；
- 罪行嚴重的，剝奪土司的身份，管轄區域併入州縣管理；
- 條件不允許改土歸流的，將土司管轄的區域劃分為若干區域，由土司族人分別管理；
地方上的督撫也同樣看到土司對於本轄區的巨大威脅，廣西提督韓良輔、貴州巡撫石禮哈分別上疏雍正，改土歸流是否可行。雍正念及登基不久，自己位置並未牢固，否定了兩人的提案，穩定為主，批示：將八萬古州生苗俱令歸城之說，斷乎不可.......豈宜銳意輕舉妄動。
任命鄂爾泰為雲南巡撫，統管雲貴政務，進一步深入一線調研，再詳細瞭解一些土司的現狀。在雍正四年，計劃在貴陽府長寨，建造兵營，受到當地土舍的反對，搬運大石堵住路口，不讓軍隊進駐，更令人髮指的是，當地土司竟然焚燬軍隊營房，公然對抗，從而發生了對當地土司的戰爭。經此一役，鄂爾泰深感當地土司深諳陣法，且戰鬥力極強，平叛頗費功夫，假以時日，更不可小覷。於是，正式上疏雍正，提出改土歸流建議，疏中說：雲貴邊患.....欲安民，必先制夷；欲制夷，必改土歸流。並給出了具體方針：計擒為上，兵剿次之；令其自首為上，勒獻次之。拉開了雍正改土歸流的序幕。
