1、郇山隱修會
自20世紀70年代以來，郇山隱修會一直是許多虛構或者紀實文學作品熱衷描寫的一個秘密基督教團體。在這些作品中，郇山隱修會被描述成西歐歷史上最有影響的秘密組織，或者是現代版的薔薇十字團。但是，根據目前的研究來看，在很大的程度上，郇山隱修會只是一個虛構的故事。1956年之前，從沒有任何文字或者經得起考證的歷史材料能夠證明郇山隱修會的存在。據傳說，該組織成員囊括許多社會名流，如牛頓、雨果和達·芬奇等。
2、共濟會
由中世紀的石匠組織發展而來，屬於一種秘密結社而非宗教組織，允許成員持有各種宗教信仰。在中世紀，歐洲國家廣泛修建教堂，而建築師和石匠在這項工程中發揮著至關重要的作用。石匠雖是手藝人，卻掌握著建築師所不知道的大量關於石頭特性和加工技藝的知識，因此地位相當高，所有參與修建教堂的匠人，只有石匠有資格與建築師同桌吃飯。石匠作為有知識有力量的一個群體，自然而然地發展出了自己的組織，並形成了後來的共濟會。
現在全世界已經有超過600萬共濟會成員。美國開國元勳中有許多人是共濟會員，包括華盛頓、傑斐遜、約翰·漢考克、伊桑·艾倫以及富蘭克林等，著名作家馬克·吐溫和汽車大亨福特，也都是共濟會成員。不過共濟會的反對者也很多：基督教指責他們另造新神崇拜魔鬼，伊斯蘭教指責他們陰謀拆除耶路撒冷的阿克薩清真寺並重建所羅門神廟，而極左和極右的政黨也都將其視為眼中釘，聲稱共濟會的目標是建立所謂的新世界秩序進而控制全球政治。
3、聖殿騎士團
中世紀天主教的軍事組織，與醫院騎士團、條頓騎士團並稱三大騎士團。創立於第一次十字軍東征之後，由法國貴族Huguens和其它八名騎士建立，以保護來耶路撒冷的歐洲朝聖者。其首領最初駐紮在阿克薩清真寺的一角，該寺位於耶路撒冷聖殿山，傳說是建在所羅門王的神殿之上，因此得其團名。1129年，聖殿騎士團得到羅馬教廷正式支持，擁有諸多特權，遂迅速增長其規模、勢力和財富，甚至發展出最早的銀行業。
聖殿騎士團和十字軍的命運密切相關。1291年，聖地陷落，他們失去根據地，最終淪為法王腓力四世解決財務問題的犧牲品。1307年，其眾多成員在法國被捕，殘酷審訊後以異端罪名處以火刑。1312年，教宗克雷芒五世在腓力四世的壓力下，宣佈解散聖殿騎士團。從此活躍將近兩個世紀的宗教軍事組織在歐洲主要地區銷聲匿跡，其悲劇性的結局則催生出許多傳說和文學作品。
4、聖約翰騎士團
又名醫院騎士團，是三大騎士團之一。1099年由法國貴族Gerard和幾名同伴，在耶路撒冷聖約翰教堂的醫院裡成立的，主要目的是照料傷患和朝聖者，口號是守衛信仰、幫助苦難。其組織和聖殿騎士團相似，但對慈善事業表現更為顯著。1187年哈丁戰役中，醫院騎士團派主力參戰，但由於指揮上的失誤，基督教軍隊全軍覆沒，醫院騎士團大團長也戰死沙場。之後幾百年間逐步演變成馬耳他騎士團，並在聯合國享有永久觀察員的地位。
5、條頓騎士團
又名德意志騎士團，是三大騎士團中最後成立的一個，口號是幫助、救治、守衛。第三次十字軍東征時，一些德意志騎士在阿科建立了一個行善的醫護組織，後來他們以聖殿騎士團為樣板改造為軍事修會，執行和醫院騎士團一樣的教規。在其全盛時期，控制了東西普魯士和整個波羅的海東岸，包括愛沙尼亞、拉脫維亞和立陶宛的大部分地區。1929年，教宗庇護十一世訓令，條頓騎士團成為純宗教修士會，以協助與公益性質存在至今。
6、哥倫布騎士團
成立於1882年，因紀念哥倫布而得名，基地設在美國康州紐黑文。該組織是世界上最大的天主教會志願者組織，以救助病弱者、殘疾人和窮人為榮。其通過致力於教育、慈善、社會福利、戰爭救助而在美國廣播善緣。全球共有170萬成員，14000個支部，其中近200個設在大學校園。哥倫布騎士團的成員宗教性極強，內部有著嚴格的等級制度，但該組織至今仍然拒絕女性成員。美國前總統肯尼迪就是哥倫布騎士團的一員。
7、薔薇十字團
17世紀初在德國成立並在歐洲流傳的，由學者和改革家所組成的秘密社群。該結社是中世紀為了與羅馬教皇及教會對抗，實踐希臘真正教義而發展起來的。在那段時期，這個結社一直被羅馬天主教視為異端，始終沒有形成一個合法的組織，因此充滿神秘色彩。其成員的目標在於想要成為神秘學知識的通曉者，以“博愛”為尊，把儘快救助重病患者當作責任。
8、光照派
16世紀羅馬一些有識之士為了反抗天主教會迫害、與教會進行真理鬥爭而成立的秘密組織。其主張推翻教會和國家的一切權力機構，恢復原始的自由平等。許多著名的科學家和藝術家都是光照派成員。但隨著實力日漸壯大，羅馬教廷感受到了極大威脅，他們不容忍一個旨在宣揚科學反對教會的組織存在，於是用殘忍的殺戮迫使光照派銷聲匿跡。但光照派並未消失只是變得更隱秘了，並且已滲入了當今各領域，很多共濟會成員都在其中。
9、骷髏會
也被稱為死亡社，是世界上最神秘的大學兄弟會，1832年成立於美國耶魯大學，成員包括不少美國最有權勢的人物。該組織每年吸收15名次年就要畢業的高年級學生，並要求他們嚴守社團秘密。一般受青睞的新成員通常來自與骷髏會有長期關係的家族，會員本人應該精力充沛、足智多謀、有政治野心，最重要的是能夠為了社團諱莫如深的“共同目標”放棄獨立性。
骷髏會成員不需要對身份保密，美國第27任總統塔夫脫，第41任總統老布什和第43任總統小布什都是骷髏會成員。會員真正要保密的是集會內容和會中儀式。在耶魯人人都知道骷髏會每週四和週日晚上在一座校園老建築舉行集會，但會外之人卻從來不知道會議的內容。早期的骷髏會成員全是男性，但1970年以後，骷髏會決定開始接納女性為會員，從那以後，骷髏會的會員日益多樣化起來。很多人認為骷髏會實際上是操縱美國的幕後力量。
10、洪門
其實這個名字真的很耳熟，但是說不上真正的瞭解，可能是因為傳說眾多。關於洪門的起源有眾多版本，其中較為流行的一種說法是康熙清剿福建南少林寺，天地會總舵主陳近南，收留了逃出來的洪門大佬司徒美堂五人蔡德忠、方大洪、馬超興、胡德帝、李式開，這就是所謂的“少林五祖”，令其開設天地會的分支機構，即稱為洪門。又有一種說法此五人是反清復明的大將，隨史可法抵抗清軍兵敗後成立的洪門。
由於洪門的傳說版本眾多，各不一致，一種說法就是洪門是天地會（又稱紅幫、三合會、三點會、三和會等），致公堂是洪門的一個海外分支機構，他們一致的對外稱曰天地會或紅幫，對內則稱洪門。後隨著清朝對天地會的鎮壓，洪門流傳到港澳南洋，成為重要的華僑組織。洪門為推翻清王朝的革命作出了巨大的貢獻。
辛亥革命領導人之一譚人鳳在《社團改進會意見書》中寫道：“革命（辛亥革命）之成，實種於二百年於前之洪門會黨。”“在運動之初，惟洪門兄弟能守秘密。發動之後，亦惟洪門兄弟能聽指揮。”“人無論遠近，事無論險夷，人人奮勇，個個當先，卒有武昌起義，各省響應，不數月而共和告成，軍隊之功，實亦洪門兄弟之功。”
因為是社團，有時候往往因為各種原因，也可能會走入黑道。
1992年7月28日在美國舉行第3屆世界洪門懇親大會，經來來自世界各地的100多位代表兩天討論，通過總會章程，宣告成立世界洪門總會。首屆會長李志鵬，總會設在美國檀香山。看洪門標語，他們自稱Chinese Freemasons“中國自由石匠”，就是中國共濟會的意思哦。
11、貝迪鮑利
意為“被保佑的人”，該組織是17世紀意大利興盛一時的秘密教派。據傳，“貝迪鮑利”的成員主要是貴族和知識分子，目的是反對當時殘暴的政府。由於他們從事的活動需要保密，所以成員只在夜間活動，並且身穿黑色斗篷、臉蒙面罩以掩蓋身份。每當他們找到嫌疑人就會把其帶到巴勒莫城的地下庇護所，在那裡對嫌疑人進行審理和宣判。儘管人們對貝迪鮑利所知甚少，但許多學者認為該組織最終發展成了西西里黑手黨。
12、摩薩德
全稱為以色列情報和特殊使命局，由以色列軍方於1948年建立，與美國中情局、蘇聯克格勃、英國軍情六處並稱世界四大情報組織。在以色列特拉維夫市南端海濱，有一座很不起眼的棕褐色小樓，這就是大名鼎鼎的摩薩德總部。摩薩德的情報眼線幾乎遍佈敵方的中樞高層，中東5次大戰，小小的以色列佔盡上風，可以說摩薩德功不可沒。自成立以來，摩薩德進行的多次讓世界震驚的行動，已使其成為世界諜海上的傳奇。
50年代，是摩薩德首先搞到赫魯曉夫反斯大林的秘密報告，美國公佈後震動全球。1966年，它又從伊拉克偷走最先進的米格21戰機。1976年摩薩德組織突擊隊遠程奔襲烏干達恩德培機場，成功解救100多名人質，而自己只損失了1人——身先士卒的突擊隊長約尼上校（內塔尼亞胡的哥哥）。此外，被稱為西方“佐爾格”的情報大師科恩也是摩薩德特工。雖然摩薩德的大部分活動都不為人所知，但僅媒體公開的部分就足以令猶太人驕傲。
13、穆斯林兄弟會
1928年由教師哈桑·班納在埃及伊斯梅利亞創立的。該組織是近代伊斯蘭世界出現最早、規模最大、組織最嚴密的政治團體。他們主張以《古蘭經》為基礎，恢復伊斯蘭原始教義，建立伊斯蘭國家，實行伊斯蘭法。該組織在很多國家都設立了分會以及教育和醫療機構，影響力已擴散至全球。兄弟會聲稱，他們的目的是雙重的，既要改造靈魂，又要改造社會。本·拉登年輕時就曾是穆斯林兄弟會的一員。
14、克格勃
簡稱КГБ，即蘇聯國家安全委員會，是1954年至1991年的蘇聯情報機構。克格勃的職權範圍大致與美國的中央情報局和聯邦調查局的反間諜部門相當，以實力和高明而著稱於世，在某些方面甚至超過美國。
冷戰期間，克格勃的職能過大，涉及蘇聯國內的所有領域。自東歐劇變、蘇聯解體後，俄羅斯繼承了克格勃的相關機構，但力量已經大為削弱。隨著俄羅斯經濟實力的逐漸恢復，為應對北約東擴、格魯吉亞等傳統勢力範圍被蠶食，以及國內分裂勢力抬頭的新局面，俄羅斯的情報機構開始重新納入國家安全的重點領域，情報活動也開始活躍起來。眾所周知，俄羅斯總統普京就曾是克格勃的一員。
15、黑手黨
源於意大利的西西里島，是當地秘密結社的犯罪組織。黑手黨（Mafia）一詞起源於1828年復活節前一天的西西里起義。當時一個巴勒莫少女在結婚當天被法國士兵強姦，之後西西里開始了瘋狂的報復，他們襲擊見到的每一個法國人，並提出消滅法國是意大利的渴求，而Mafia就是這個口號的字母縮寫。一百多年來，這些犯罪組織隨著意大利裔移民而散佈於世界各地，特別是美國東岸。
黑手黨在美國的勢力，興起於經濟大蕭條時期，到20世紀中期達到最強盛。早期由五個最有勢力的家族統治（布亞諾家族、科洛博家族、甘比諾家族、傑諾維塞家族及盧切斯家族），後來逐步發展出26個家族。大的家族在一二百人左右，小的則有五六十人，但一般都有數倍以上的合夥人。他們的行動包括了暗殺、非法買賣、妨礙司法公正等。直至七八十年代，隨著聯邦調查局的一連串調查，才瓦解了他們的勢力。
16、中央情報局
美國最大的情報機構，1947年經美國國會通過而成立，取代了之前的戰略情報局。其主要任務是公開和秘密地收集、分析關於國外政府、公司和個人在政治、經濟、文化、軍事、科技領域的情報，並協調其他國內情報機構的活動。中情局為了維護美國的國家利益和國家安全，有時也會組織和策劃一些暗殺、爆炸和綁架活動，但主要針對的是與美國為敵的國家。
17、山口組
日本最大的黑幫，成員約3.9萬人，佔到日本黑幫總人數的70%以上，總部設在兵庫縣神戶市。山口組組員背景可分為三大類，分別為“博徒系”（賭博組織）、“的屋系”（露天攤商組織）以及“愚連隊”（不良少年組織）。山口組在日本及海外均有分支，六代目山口組以菱形的“山口”二字為幫徽，而這種菱形的代紋式幫徽，後來被稱為“山菱”。
18、比爾德堡團
1954年由美國政治顧問約瑟夫·雷廷格提議，荷蘭女王朱麗安娜的丈夫伯恩哈德親王，創立的一個非正式的國際政治金融寡頭組織。成員約130人，大部分是金融界領袖、媒體大亨以及各國政要。該組織每年在歐洲或北美舉行一次集會，每次集會的時間和地點都不保密，但媒體和公眾無緣靠近會議現場。組織者宣稱閉門會議可以讓與會者暢所欲言，不必擔憂因說錯而產生外界動盪。不過這些都為比爾德堡會議增添了些許神秘性。
比爾德堡團對會議的內容從不作任何記錄以防外洩。雖然每次的會議日程和與會者名單都被公佈在網上，但是沒有人宣佈為資料的真實性和準確性負責。這種掌握權勢的人物關起門來神秘地討論天下大事的行為，很快得到了世界媒體的注意和廣泛批評。據某些陰謀論家的說法，該組織和它內部的精英領導人們，對許多重大變故負有責任，包括推翻某國政府、操縱選舉以及密謀暗殺。甚至有人相信這個團體，對美國前總統肯尼迪1963年被謀殺負有責任。
19、羅馬俱樂部
羅馬俱樂部是關於未來學研究的國際性民間學術團體，也是一個研討全球問題的全球智囊組織。其宗旨是研究未來的科學技術革命對人類發展的影響，闡明人類面臨的主要困難，以引起政策制訂者和輿論的注意。目前主要從事有關全球性問題的宣傳、預測和研究活動。成立於1968年4月，總部設在意大利羅馬。由於它的觀點和主張帶有濃厚的消極和悲觀色彩，被稱為 “未來學悲觀派”的代表。
羅馬俱樂部把它的成員限制在300人以內，以保持其小規模的、鬆散的國際組織的特點。現有成員一百餘名，成員大多是關注人類未來的世界或各國的知名科學家、企業家、經濟學家、社會學家、教育家、國際組織高級公務員和政治家等。
這本來是一個科研組織，說他神秘，可能原因是因為他們遭受的批評。外界批評羅馬俱樂部具有極端馬爾薩斯主義和強烈的精英主義色彩，是歐洲權力精英和美洲盎格魯精英的聯盟。更多的批評指責該俱樂部發表警告的動機，是其左傾政治日程，而非科學事實。陰謀理論家有時把該俱樂部與一些國際陰謀聯繫到一起，比如“新的世界秩序”。有些人還認為該組織正在謀劃推翻美國政府，並把全世界劃分成10個“帝國”。
20、有關部門
全球最神秘組織，有關部門。在中國，凡在新聞中涉及到什麼調查事項，或者有些事情需要權力部門負責，又或者民眾尋求權利救濟時就會出現“有關部門”的說法，任你花多大力氣也弄不清有關部門到底是誰。有關部門出現得太多，以至於老百姓也有些麻木了，久而久之大家就戲謔稱這個有關部門真神秘，哪都有他的事兒，什麼時候都可能出現。據說一個名為“全球最神秘的組織，你認為是”的調查中，投票選“有關部門”的高達92%。
