行政單位承擔著管理與監督的職能，使用的也是行政編制。一般來說，作為國家機關的行政單位是不允許有事業編存在的，只有行政編制一種，就連公檢法單位使用的 “政法專項編制” 也屬於行政編制，給軍轉幹部使用的 “軍轉編制” 同樣屬於行政編制。 “三定方案” 規定行政單位只能出現行政編制、工勤編制、政法專項編制、軍轉編制這4種類型。
在此之前，行政機關使用事業編制的現象普遍存在。這是因為區縣級以下的行政編制數量有限，但基層工作量很大，編制使用存在著很大的矛盾。為了解決事多人少這一實際問題，基層單位要麼是嚴重超編，要麼是把部門行政機關單位設為事業單位，要麼就是行政機關混用事業編制，有全額事業編制也有差額事業編制或自收自支類事業編制。
而這種混用編制被稱為 “機關事業編制” ，屬於典型的混編混崗行為，這種編制是違反規定的。隨著機構改革和編制管理的規範， “機關事業編制” 是編制部門重點清查的對象，現在已經被取消使用。此次事業改革中，很多單位進行了大範圍的整合，包括以前承擔行政職能的事業單位被轉到行政部門；也有一些事業機構轉為行政機關單位；原來在事業單位承擔行政職能的事業人員連人帶編轉到新的行政部門，也正因為如此，所以 “混編混崗” 的現象也在所難免。
機構改革中，會出現一部分 “機關事業編制” ，事業編制多於行政編制的現象隨處可見。機構改革後，只有少部分市直部門及縣直黨政機關，即使在 “三定方案” 上，也會出現行政編和事業編混編的現象。事實上，這只是一種變通的手段，在改革過程中又必須出現少部分 “機關事業編制” 。不過在改革完成後，短期內予以消化。
按《機構編制管理條例》中規定， “機關事業編制” 仍屬於違反規定的存在。行政單位存在的混編混崗行為短期內需要改正：要麼就是隨行政單位使用事業編制的人自然減員；要麼就是將現在使用的事業編制轉換為行政編制，但由於行政編制數量有限，除了極少數的管理職工外，其他事業編制人員轉為公務員的可能性極小；第三就是將那些使用事業編制的事業人員調到事業單位工作。調整到事業單位的幾率要遠遠高於行政單位，有的地區還僅限參公人員。
