对于顺治帝孝陵始建年代这个问题，目前有三种说法。
第一种说法，是康熙二年（1663） 。其中，皇宫珍藏的手抄本《宫中杂件·礼仪·丧葬祭祀》上明确记载：
康熙二年，工部题永建孝陵，二月十五日开工。
清东陵守护官员记录的《昌瑞山万年统志》上记载：
世祖章皇帝陵在昌瑞山之阳，曰孝陵，康熙二年二月十一日建。
第二种说法，是康熙元年（1662）九月。这种说法来源于《清圣祖实录》上的记载：
康熙元年九月己丑（十九日）礼部等衙门遵旨会议孝陵兴工动土，应遣武职大臣一员，内院大学士一员，礼部、工部堂官各一员，总管内务府官一员，科道官员各一员，率领钦天监看风水官，同往详视。从之。
第三种说法，是顺治十八年（1661） 。这种说法的根据是《九朝东华录》上记载，顺治十八年（1661）十二月十六日谕户部：
前因世祖章皇帝山陵大工及滇闽用兵钱粮不足，不得已于直隶各省田赋照明末时练饷例，每亩暂加一分，以济军需。今思各省水旱盗贼，民生未获苏息，正赋之外复有加征，小民困苦，朕心殊为不忍。若不急停，以舒民困，必致失所。除顺治十八年已派外，康熙元年通行停止。尔部作速刊示，遍行晓谕，使小民咸知。
同一座建筑，不可能有三个始建日期，那么，究竟孝陵始建日期是哪一个呢？或者还有其他的日期吗？对此，清陵研究专家徐广源先生有自己独特的研究，经过严谨考证，他认为孝陵的始建日期为康熙二年（1663）二月十五日。其理由是，顺治十八年是营建孝陵的资金和建筑材料的筹备期， “巧妇难为无米之炊”，把这些建筑用材料和人员资金预备好，才能营建孝陵；康熙元年九月则是孝陵工程的破土日期，每一项工程，按照程序来说，只有先破土才能开始正式施工；康熙二年（1663）二月是孝陵工程正式施工的日子，因为工程需要选择吉日良辰破土与兴工，在工程程序做法中有着很大的区别。在选定好的日子时辰，只要把工程地点的土皮有所改变，就算是破土，但接下来的工程是正式开工的日子，也许会推延一段时间，因为当时孝陵工程破土的日子正好是冬天，而第二年的康熙二年（1663）二月十五日，在季节上则已经是春天。
对于徐广源先生的这种观点，笔者在认可的同时，也有两点不明白。
一、按理说，陵寝的命名都是在陵寝营建好之后才开始的，可是，孝陵的陵寝名称却是在“康熙元年三月甲戊戌，尊世祖章皇帝陵曰孝陵。 （清圣祖实录） ”这个日期，当时孝陵工程还未破土呢，为什么孝陵陵寝名称在施工前就被确定下来了呢？
二、按照孝陵施工日期是康熙二年（1663）二月十五日计算的话，其工程前期肯定是先修建陵寝的地宫。可是，康熙二年六月六日那天，顺治帝后的宝宫已经正式葬入了孝陵地宫里面了。那现在存在的问题是，即使孝陵的其他工程不完工的话，孝陵地宫能否在三个多月内修建好呢？要知道，地宫这部分建筑工程作为陵寝核心建筑，不仅工程复杂，而且工程量是最大的。虽然说孝陵的隆恩殿、东西配殿和神道碑亭现在可以确定是拆明朝宫殿而建，但是并没有说地宫的建筑材料也使用了旧料，而使用的是新料还是旧料，可是关系着工程进度的快慢的。
因此，笔者对孝陵工程的始建时间现在也是疑惑不止：如果说孝陵始建是在顺治十八年（1661） ，那么对于康熙元年（1662）九月的“兴工破土”就无法解释了。康熙二年二月的那个开工日期也不能以停工又复工来搪塞。于是，笔者只能认为孝陵的始建日期是暂定为康熙二年（1663）二月十五日，等日后新的史料发现才能得出更加详实的答案。
不仅孝陵的始建日期现在不能完全确定，就是孝陵的完工日期，现在也有点说不清楚。其中，《清圣祖实录》上记载：
康熙三年八月辛（二十二日）孝陵工成。
而《清圣祖实录》上又记载：
康熙三年十一月丙午（十九日）孝陵隆恩门成。
孝陵隆恩门也是孝陵工程的一部分，如果说上文中的隆恩门完工日期准确的话，那么，孝陵完工日期就应该以它为准，即孝陵陵寝工程完工于康熙三年（1664）十一月十九日。
