1905年日本北海道大學的池村博士，從土壤中分離出納豆菌種。試驗後發現其品質大大優於用稻草上的菌種生產的納豆生產，擺脫了使用稻草上的菌種生產納豆的歷史, 將其命名為納豆芽孢桿菌，後被命名為 Bacillullus Natto Sawamura。以後，隨著專用納豆菌種的使用，納豆的品質越來越好，納豆的功效和藥效才越來越顯現，從此開創了納豆從營養食品到具有藥效和功效的微生態、健康食品的新時代。
1934年日本北海道大學農學部的半洵教授首次成功地將分離的納豆菌用於納豆的商業生產，“半澤式納豆製造法”奠定了日本納豆的現代化生產流程的基礎。
1980年，日本心腦血管醫學博士須見洋行在芝加哥大學偶然進行的一次溶栓藥物實驗，發現了納豆提取物（主要成分是納豆激酶）具有強力的血栓溶解作用。此後該實驗被醫學界多次複製並證實，須建洋行也被成為“納豆激酶之父”。自此，納豆開始作為食用性血栓預防劑使用。
從1980年開始，日本納豆轉為工廠化生產，這大大地提高了納豆的品質與產量，納豆的營養保健功效也更加顯著了。日本還制訂了納豆的行業標準，納豆菌的標準為≥1×107 個/克。
1981年，日本關西一個納豆促銷推廣組發起納豆節，後被國家小組接受，並且成立了日本納豆合作聯合會(JNCSF)。在1992年，由日語中代表“納”的7和代表“豆”的10就組成了7月10日——日本納豆節。
1996年以前，日本曾多次發生暴發性O-157大腸桿菌疾病，因而引起了日本醫學界和食品衛生營養界的高度重視，並深入地進行了研究，通過多次實驗，他們發現用納豆能治好由 O-157 感染的疾病。消息報導之後，日本全國轟動，掀起了“納豆熱”。
近年來日本納豆市場規模持續擴大，4年內增長了約25%，截至2018年已達到2497億日元，約合人民幣150億元，創下歷史新高。按人均消費量計算，每個日本消費者平均每週至少食用1次納豆。
花下秀&納豆原液植物飲品實現了從傳統納豆食品、常規納豆產品到功能性植物飲品的進化，在最大程度保留其核心成分的基礎上，結合中國傳統醫學“藥食同源、先通後補、調養結合”的理念，經十五種藥食同源的材料處理，通過低聚果糖（益生元，糖尿病人代糖）調劑口感，用沙棘、葛根等有效去除異味，更適合中國人的體質和口感；精選東北原產非轉基因大豆，食品GMP10萬級無菌灌裝車間，通過冷凍萃取技術提取的原液，最大限度保存納豆的有益物質和活性成分，分子量小、安全性好、活性成分高，作用持續時間長、利於吸收，效果更佳；採便捷包裝，突破傳統納豆不易攜帶、製作複雜的弊端，區別於片劑及膠囊突出的醫藥功能性，擠壓服用、衝調服用皆可，隨時隨地方便食用。
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