我國物流成本高既有技術原因、更有體制因素的雙重製約。從硬件上看，我國物流賴以存在的基礎設施還很不夠。
拿鐵路來說，我國鐵路的人均里程不足5.5釐米，卻以世界6%的營業里程，完成世界23%的運量。即便這樣，鐵路貨運目前大體只能滿足60%的能力需求，全國各地每天向鐵路申請車皮數量達15、16萬輛，鐵路只能滿足9萬多輛。
因此，要“貨暢其流”，必須突破基礎設施的“瓶頸”制約，加大投資，加快交通路網的建設。從長遠看，根據我國經濟的增長速度和發展勢頭，這個問題不難解決、並且正在逐步解決之中。
目前更需要我們高度重視和亟待解決的是，現有的物流資源如何整合利用，如何高效運轉。這裡面最難解決的是體制問題。我國是分部門管理，這與計劃經濟有關，也與國民經濟分工有關。因而物流基礎平臺比如鐵路、民航、公路、水運都是分割的，而物流的特點則是不能單獨依託於任何一種方式，必須依靠系統之間的有機聯結。
這種分部門管理的體制，在不同方式轉換時，就顯得比較費勁了。如果一輛汽車只在一條路上跑，它的成本與國外比，肯定是便宜的，而在複雜的現代生產中，它必須經過多種方式的轉換，比如通過鐵路把集裝箱運到某地火車站，然後用汽車運到港口，然後再通過水運送到異地，這個過程中，如果不能有效轉換銜接，每轉換一次，就增加一次成本。
若不能從物流的合理化、經濟化、科學化角度設計物流流程，物流依託的基礎資源未能有效地整合和系統化，而原先的系統化能力早已不能適應現代經濟發展，這正是我國付出高昂物流成本的重要原因。
對企業來說，這種基礎資源分割最直接的後果就是他們往往選擇單一途徑以避免銜接中產生新的成本。比如只用公路運輸，這也是公路超載超限屢禁不止的重要原因。
其實，從我國能源政策來說，長距離甚至幾千公里的公路運輸是很不經濟的，然而由於幾個系統的銜接困難，彼此不能形成有效網絡，企業不得不選擇單一方式。在某種意義上，屢禁不止的超載超限正是我們物流基礎平臺沒有系統化、彼此處於分割狀態付出的昂貴代價。在現代物流的發展中，體制障礙表現得越來越突出。
另一方面，隨著我國加入世貿組織，國際化程度越來越高，國內企業要更多地與國際物流有效接軌，比如國際海運到我國港口把貨物放下，應該是“宜鐵(路)進鐵(路)，宜公(路)進公(路)”，而我國到港貨物現在基本依靠公路，鐵路集裝箱是獨立系統，與國際海運集裝箱基本分割，而且手續非常繁瑣。在這種分割的狀態中，我國物流大規模、低成本的運輸優勢不得不流失和消耗。
很多人並沒有意識到，解決體制障礙，比建設一條新鐵路、新公路、開闢一條新航線重要而且迫切得多。
當前，應儘快從體制上打破分割，為物流公司創造一個系統化的平臺。只有從體制上解決這個問題，現代物流的建設和發展才能從目前的低層次、高成本狀態中獲得突破。
也就是說，造成我國物流成本高度原因有以下幾點：
1、作業方式落後，作業效率低下；
2、社會物流資源浪費嚴重，成本意識不高；
3、資源分散嚴重，缺乏高度集成；
4、公路稅費、監管部門（如海關、檢驗檢疫等）費用分攤
5、可用物流資源有限（如航空運輸，國內幾乎沒有全貨機）
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