第一步，先計算前一個月應扣繳的稅款，具體操作如下：
（1）完成各項信息的採集。在扣繳客戶端採集本單位員工的基本信息、專項附加扣除信息，向稅務機關提交，並獲取到“提交成功”的反
饋信息。
（2）填寫該月應發放的工資數據。在扣繳客戶端軟件【綜合所得申報】模塊，選擇【正常工資薪金所得】菜單並點擊【填寫】按鈕後，可以直接手動添加工資數據，也可通過模板導入該月應發放的工資收入數據。
（3）計算專項附加扣除金額。填寫完該月應發放的工資收入數據後，在填寫工資收入的頁面點擊【預填專項附加扣除】按鈕，系統自動計算專項附加扣除金額。
（4）計算該月應扣繳的稅款。點擊【綜合所得申報】頁面上方的【稅款計算】按鈕，系統自動計算該月累計應扣繳的稅款金額，該月發放工資、扣繳稅款的申報表填寫完畢。
第二步，再計算下一個月應扣繳的稅款，具體操作如下：
（5）在系統中選擇正確的稅款屬期。在扣繳客戶端軟件的首頁，將稅款所屬期正確選擇至“下一個月”。比如，如果第一步計算的是2月份應扣繳的稅款，此時需將稅款所屬期選擇為3月份。
（6）確定累計應稅所得的數據來源。在扣繳客戶端軟件系統設置界面，點擊【申報管理】—【累計所得數據來源】，選擇【本地文件獲取】。
（7）填寫該月應發放的工資收入數據。在扣繳客戶端軟件【綜合所得申報】模塊，選擇【正常工資薪金所得】菜單並點擊【填寫】按鈕後，可以直接手動添加工資數據，也可通過模板導入該月應發放的工資收入數據。接著，點擊【預填專項附加扣除】，計算該月專項附加扣除金額。
（8）計算該月應扣繳的稅款。點擊【綜合所得申報】—【稅款計算 】，該月份稅款就會自動計算出來。由於前一個月已經預繳了部分稅款，所以【應補退稅額】即是這個月實際發放工資時應代扣的稅款，計算結果可以點擊【導出】以Excel表格形式保存在本地使用（員工數量超過65536時，應使用csv格式保存）。
