為了有效解決土地管理中存在的地方政府違法高發多發的問題，2006年國務院決定實施國家土地督察制度，對省、自治區、直轄市及計劃單列市人民政府土地管理和土地利用情況進行督察。為切實加強土地管理工作，完善土地執法監察體系 根據《國務院關於深化改革嚴格土地管理的決定》（國發〔2004〕28號），經國務院批准，將建立國家土地督察制度。
建立國家土地督察制度有利於加強土地監管，落實最嚴格的土地管理制度。國土資源部要根據本通知要求，商各地方人民政府提出具體措施和辦法儘快組織落實。各地方人民政府和國務院各有關部門要積極支持和配合。中央編辦要對國家土地督察制度的建立和運行情況及時跟蹤檢查並向國務院報告。
土地督察制度實施以來，在監督地方政府依法管地用地、維護土地管理秩序等方面發揮了重要作用。但是土地督察並沒有寫入土地管理法規定中，作為獨立法律制度。在充分總結國家土地督察制度實施成效的基礎上，新《土地管理法》在總則中增加第五條，對土地督察制度作出規定：國務院授權的機構對省、自治區、直轄市人民政府以及國務院確定的城市人民政府土地利用和土地管理情況進行督察。以此為標誌，國家土地督察制度正式成為土地管理的法律制度。
新修訂的《土地管理法》將已實踐13年的土地督察制度正式上升為法律制度，是實施督察制度的里程碑。原國家土地督察機構改革為國家自然資源督察機構後，土地督察業務仍是自然資源督察機構的核心業務之一。
本次《土地管理法》修正主要是將農村土地制度改革三項試點中取得共識的制度創新經驗上升為法律。新《土地管理法》允許符合一定條件的集體經營性建設用地入市，相應地縮小了可以徵收土地的範圍，並規範了徵地程序、完善被徵地農民生活保障機制。這改變了過去農村土地必須徵為國有才能進入市場的情況，打破了城鄉土地市場的二元體制，促進城鄉統一建設用地市場的建立，對城鄉融合發展具有重要推動作用。與此同時，各類建設項目違法違規佔用耕地甚至永久基本農田的情況也日益多發。集體經營性建設用地入市等政策在全國範圍的實施，將進一步激發各類市場主體在農村地區的投資熱情，土地市場會更加活躍；同時，借新《土地管理法》實施之機“打政策擦邊球”、以集體土地入市之名行亂佔耕地之實的現象也可能不斷出現。
自然資源督察機構具有督察落實最嚴格耕地保護制度的職能，是18億畝耕地紅線的堅定守護者。保護耕地的核心在於嚴格控制建設用地佔用。因此，自然資源督察機構應對城市地區建設用地有力監督的同時，加大對廣大農村地區建設用地的監督，促進自然資源依法規範利用，堅守“土地公有制性質不改變、耕地紅線不突破、農民利益不受損”三條底線。土地督察制度在土地執法中將會在三方面發揮作用：一是及時跟蹤集體經營性建設用地入市和土地徵收制度改革的總體實施情況，對入市條件、使用管理以及徵地範圍、徵地程序及農民補償等進行監督；二是警惕有的基層政府與開發商藉機利用農村土地違規開發住宅類房地產的情況。目前新《土地管理法》規定，工業、商業等經營性用途的集體經營性建設用地可以入市，但未明確開放到住宅領域；三是遏制假借農業園區、一二三產融合、生態建設等名義獲取農村集體土地，卻違規建設所謂“私家莊園”“旅遊度假”“休閒農莊”等非農設施，或破壞自然生態環境違規建設各類人造景觀等現象的蔓延。
加強對地方政府用地審批的監督，推動地方依法依規管地用地。 “放管服”改革是我國全面深化改革和轉變政府職能的重要內容。本次《土地管理法》修正貫徹了“放管服”的改革思路，下放了用地審批權限，規定在強化永久基本農田保護的前提下，永久基本農田以外的農用地轉用可以由授權機關審批，並取消了省級政府批准徵地報國務院備案的規定。
新《土地管理法》實施後，原為中央一級的部分用地審批權落到了地方政府，原來對農用地轉用行為事前、事中的審查把關將轉變為以事後監督為重點。在以往督察實踐中，自然資源督察機構較多發現地方政府用地審批方面的問題。據自然資源部通報的數據，2019年自然資源督察機構開展的耕地保護督察發現，28個省份補充耕地數量不實，涉及16.98萬畝；部分省份為規避佔補平衡，將耕地按照建設用地等其他地類上報審批，涉及9.49萬畝。因此，自然資源督察機構需加強對地方政府用地審批制度實施的監督，重點關注突破用途管制制度審批、耕地佔補平衡制度執行不到位、土地利用粗放浪費、違規下放審批權等方面問題。通過發現問題和督促糾正整改，推動地方依法依規管地用地。
《土地管理法實施條例》公開徵求意見草案，對土地督察制度進一步完善，第二條、第五十五條、第五十六條，分別明確土地督察範圍、督察方式、督察意見和建議。相信隨著，《土地管理法實施條例》正式內容的確定，土地督察制度將在土地執法中，真正發揮“利劍”作用。
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