如果樹知道》是由歡娛視線影視製作公司拍攝製作，女童保護、河南慈善總會、姐妹心靈義工隊聯合出品，河南省司法廳、檢查日報《公訴人》、河南省婦聯聯合監製的中國首部關注留守兒童性侵公益電影，影片關注未成年人特別是留守兒童被性侵現象，倡導關注留守兒童人身安全，注重留守兒童心靈成長，保護留守兒童合法權益。
小蓮是個住在山區的留守兒童，父母長期不在身邊，小蓮和奶奶過著相依為命的生活。她將自己的所有心思和想法都寫在紙條上，然後放進一個樹洞裡，樹洞裡存滿了小蓮的秘密。小蓮有一個小夥伴叫做小胖，兩人經常一起上下學。小胖告訴小蓮自己即將要去城裡上學了，而小蓮的父母因為無法供養她和弟弟兩個人，因此並沒有這個打算，這讓小蓮很是失落。
一天放學，小胖因為要去玩耍，並沒有等小蓮一起回家。小蓮一個人在放學回家的路上遇到了一個伯伯，大伯送給了小蓮一支筆，在小蓮放鬆警惕的時候，伯伯對小蓮對了壞心思。於是這個回憶就像噩夢一樣一直纏繞著小蓮。
第二天小蓮躲在自己的房間裡，遲遲不肯去上學。奶奶發現小蓮的嘴角受傷了，以為是小蓮和小胖打架受傷的，並讓她趕緊去上學。小蓮離開了家，並沒有直接去學校上課，而是來到了自己的秘密樹洞旁邊。將這個小秘密存放到了樹洞裡面，直到下午才去學校。
老師發現了小蓮的異常，但小蓮始終不肯告訴老師發生了什麼。於是老師跟著小蓮，看見了小蓮正在對著一棵樹說話，此時的小蓮似乎產生了輕生的念頭。回到家中，小蓮接到了媽媽的電話，小蓮告訴媽媽自己生病了，想要媽媽暑假回來看望自己。但母親卻說廠裡不好請假，拒絕了小蓮。到了晚上，小蓮在房間燒作業時被奶奶發現。奶奶知道了小蓮的遭遇後，小蓮大哭起來。
第二天，老師來到了小蓮的家中進行家訪。想要了解小蓮的情況，但奶奶卻什麼都不肯說。放學後，老師再次跟著小蓮來到了那個樹洞旁邊。當小蓮離開了以後，老師打開了那個樹洞，發現了小蓮的秘密。因此她想要幫助小蓮，將那個壞伯伯繩之以法。到了放學的時間，奶奶發現小蓮一直沒有回家，於是她出門尋找小蓮，在一個棚子裡發現了正在哭泣的小蓮。
奶奶來到了那個壞伯伯家裡，警告他如果再這麼做，自己將會去報警。但大伯卻說自己沒有做壞事，不怕遭報應。奶奶看到大伯強硬的態度，向他跪下，懇求他不要再欺負小蓮了。大伯答應了下來，只要奶奶不說出這件事，他也不會告訴任何人。此時老師來到了小蓮的家中，勸告奶奶一定要讓壞人接受法律的制裁，但是由於奶奶的封建保護思想，她認為這樣對小蓮不好，是一件很丟人的事情，於是她堅決反對。
小蓮每天都被噩夢纏繞，奶奶也沒有辦法，只能在一旁守著她。老師為了小蓮的安全，特地親自送小蓮回家，單她的好意卻遭到了奶奶的拒絕。奶奶告訴老師，自己會親自來接她。一天 老師來到樹洞旁邊找到小蓮，小蓮告訴老師自己遇到了壞人。老師給小蓮的媽媽打了電話，但媽媽卻讓老師不要到處亂說，這樣會毀了小蓮的一輩子。
老師將小蓮送回家中，老師再次勸告奶奶一定要將壞人繩之以法，要不然這件事情不會結束。可奶奶告訴老師以後小蓮不會再去上學了，但小蓮懇求奶奶讓自己去學校上課。在上學的路上，小蓮再次遭到了大伯的侵犯。奶奶拿著刀想要去殺了那個大伯，但卻沒有成功，反而遭到了大伯的打罵。最後奶奶終於想清楚了，她找到了老師帶著小蓮一起向公安機關報了案，而那個壞大伯最後也被判了死刑。
當痛苦無處安撫的時候，樹洞雖然可以容納自己的秘密，但卻無法解決任何問題。在教育知識匱乏的山區裡，像小蓮一樣受到欺凌的兒童不在少數。但他們大多數都選擇了沉默，因此縱容了罪犯的張狂，幸運的是影片的最後奶奶和老師帶著小蓮去了公安局。可不幸的是，在世俗的面前因為害怕承受周圍人的同情和異樣的眼光，才會造成一次又一次相同的悲劇，因此需要完善和健全的不僅只有法律，還有人們的觀念也需要轉變和改善。
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