公元184年，黃巾大起義爆發了，起義軍連戰連捷，奪取了許多城鎮。消息傳到京都，東漢統治集團感到驚恐萬分，連忙調集大軍前往鎮壓，此時曹操感到自己大顯身手的機會已經到來，於是馬上寫奏章，要求參加軍隊與黃巾軍作戰，曹操被任命為騎都尉，跟隨左中郎將皇甫嵩，右中郎將，開赴前線作戰，官兵力量強大，很快打敗了起義軍，屠殺了幾萬起義的農民，由於作戰有功，曹操被提拔為濟南相。
曹操在濟南任上這段期間，主要乾了兩件比較有影響的事，一件是上任不久檢舉免罷了八名貪髒枉法的縣級官吏，另一件事下令拆除祠堂，禁止祭祀等迷信活動。這兩件事在當地引起很大震動，那些不法之徒不是遠走他鄉，就是有所收斂，濟南地界的社會風氣有了很大改變，曹操的做法自然要觸及地方上的豪強勢力，難免要得罪朝中朝廷有之聯繫的一些權貴，所以，他遭到了有些人聯名狀告和詆譭，曹操一氣之下上書朝廷，辭官回家。
曹操是個雄心勃勃的人，他不甘寂寞，去過那種百無聊賴的隱居生活，在漢靈帝建西園新軍的時候，曹操重新受到朝廷重用，他接到任命後，又回到洛陽，擔任了點軍校尉。
第二年，漢靈帝病死，由年僅14歲的劉辯即位，這就是漢少帝，這時朝廷內部接連發生兩次政變，一是國舅何建，想除掉弄權的一些宦官，並打算藉助董卓的力量，結果事情敗露，何進反被官宦殺死，二是野心勃勃的董卓，率領大軍開進京都以後，獨攬朝政大權，竟殺了何太后，又廢掉少帝，另立比劉辯更小年僅九歲的劉協為獻帝，自封為相國，把朝中大權全部抓到自己手中，董卓這個人十分殘暴兇殘，縱容手下將士燒殺搶掠，無惡不作，城內外屍橫遍野，田園荒蕪，當官的和平民百姓整天在驚恐中度日，這是京都大亂景象十分悲慘。
董卓想鞏固自己的地位，便不惜重金籠絡人才，曹操也是他極力拉攏的一個，他見曹操很有才能，認其為驍騎都尉。但是曹操看清董卓所作所為，不得人心，難免要垮臺的，不肯接受官職，後來他前去謀殺董卓，不成便連夜逃回家鄉。
曹操回到家鄉後，立即著手建立軍隊，他一面家庭打造武器，一面散發家財，招兵買馬，準備出兵討伐董卓。由於曹操建立軍隊打出的是興復漢室，討伐國賊的旗號，所以得到當地一些人的支持和贊助，很快就招募了3000人。這時曹操的親戚，夏侯敦，夏侯淵和弟弟曹洪，曹仁等，也帶領2000多人馬來投奔他，曹操當時共有5000多人馬，便正式豎起大旗，起兵討伐董卓。
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