本系列Quantum ESPRESSO教程將在計算設置講解的基礎上添加結合Pymatflow工具簡化計算流程的內容。話不多說,本文將為您帶來Quantum ESPRESSO系列教程中的體系結構優化部分。
簡介
在pwscf模塊中,進行結構優化有兩種類型,其一是固定晶胞參數並只對原子位置進行優化,其二是對晶胞參數和原子位置同時進行優化。本文講述的為第一種,固定晶胞參數優化原子位置。
關鍵設置
- &control中需要設置calculation = 'relax'
- &ions中設置離子優化相關參數
下面我們將以NaCl晶體的結構優化為例,展示如何使用matflow命令來進行體系結構的優化。
使用Pymatflow高效完成任務
為了完成利用pwscf來優化離子位置,只需使用matflow一條命令即可:
<code>~$ matflow qe -r 1 --ecutwfc 40 --kpoints-mp 3 3 3 0 0 0 -d nacl-relax --cif nacl.cif/<code>
上述命令會在當前路徑創建nacl-relax目錄,然後在其下自動生成輸入文件並進行作業任務的提交。默認使用PBS作業調度器。
你也可以通過--server指定其它服務器類型,比如呂梁天河二號超算系統請使用--server llhpc參數。如果你只是想在本地單節點運行,請使用以下參數組合: --runopt genrun、--auto 0。
簡單後處理:
<code>~$ postflow qe -r 1 -d nacl-relax/<code>
每個離子步的總能量
每個離子步的原子間作用力
每個離子步的scf迭代步數
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Pymatflow是一個用於第一性原理模擬的工作流自動化管理軟件,目前支持的計算程序有VASP、Qutum ESPRESSO、Abinit、SIESTA、CP2K。
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