1993年的夏天，林一第一次见到周小栀，拿下黑色小孔眼镜的第一眼，林一对周小栀一见钟情了，发誓：“总有一天，我会带你去一个只有我们俩的地方。”
1993年的夏天，周小栀转学同桌是林一，第一句话就让自己做他女朋友，周小栀果断举手报告老师。
林一总是关注着周小栀的一举一动，时时刻刻逗她开心，看到有人欺负她更是站出来“维护正义”，然后被胖揍一顿。
周小栀腼腆内向，在学校总被欺负，看到林一为自己出头，然后看到他那被揍得很惨的脸，听到林一对全班宣布“往后，谁都不准动周小栀的东西”，然后周小栀开始喜欢上这个痞痞的，却对自己很好的林一。
升高中后面对分班，林一私自转去文科班，只因那里有周小栀。看到周小栀受伤把他急坏了，然后来回路上当护花使者。当中国大使馆遭袭，林一气愤的要去抗议，全班都没去却惊喜的见到了周小栀，然后连累她和自己一起吃了处分。失落的林一意外收到来自周小栀的纸条“考进同一个大学就做你女朋友”，知道周小栀的目标是北大，从此林一发愤图强，认真备考。
升高中后面对分班，周小栀意外看到搬着座椅到自己班的林一，她想他是为自己转的吧?看到别的女生接近林一，吃醋的逞强擦窗框摔伤了腿。见林一坚持接送自己，暗自开心林一对自己的关心，面对林一傻气的抗议举动自己还跟着吃了第一个处分。不忍心林一就此消沉，承诺进同一所学校就做林一女友，偷偷查看林一要报考的大学。
高考结束，林一考进厦大，在军训时意外见到周小栀。为了周小栀的一句话努力做标兵，然后顺利成为周小栀的男朋友，不过当的是5分钟的男朋友。然后为了当21分钟男友，挖空心思过英语四级。直到知道周小栀是为自己放弃了北大甚至放弃了斯坦福，林一决定努力学习陪周小栀一起去美国。
高考结束，周小栀放弃了北大选择和林一一样的学校。处于害羞和让林一上进，要求林一做标兵，答应做他的5分钟女友。为了让林一大学顺利毕业，用做21分钟男友刺激他。一直到他决定和自己一起留学时，幸福的把自己给了林一。
面对Tom对周小栀的纠缠，林一生气的和Tom发生了冲突，因此吃了处分，周小栀对他惩罚是21分钟缩减到13分钟。随后林一就面临一个巨大的难题——周小栀怀孕了，茫然无措的林一陪周小栀流产，随后就是周小栀的大出血进医院抢救。林一面对周父的责备内心彷徨，也第一次听到周小栀要求的分手。
原本还生气林一冲动的周小栀面临了人生第一个惩罚——她怀孕了，她想找林一商量，但是他却来问自己怎么处理。周小栀看到没有担当的林一，果断的打胎了，但是术后大出血进了抢救室。周小栀一直等不到林一的出现，她气愤地找到林一，告诉他分手，原因就是他没有男人的担当，没有责任感。
分手的林一很难过，他不知道为什么会这样，看到别人成双成对更是失落。没来得及想后续就面临了非典爆发，林一被隔离了，周小栀半夜来找他，但是他不愿意让周小栀接触自己，毕竟非典很可怕。但是面对砸破玻璃也要让自己离开的周小栀，林一伸手拉住了周小栀，两人和朋友一起逃跑。最终所有人都一起得到了学校的处分，林一和周小栀复合了，13分钟多了一分钟，现在是14分钟。
准备离开林一，努力出国的周小栀遭遇了非典，林一成为疑似患者被隔离。看到有同学感染死亡，周小栀决定救出林一。周小栀让林一和自己离开，答应两个人复合，把13分钟还给林一。随后被学校批评通告，周小栀心里却是很甜蜜，给林一加了那一分钟。
转眼到了毕业，林一顺利通过面试，拿到了去美国的签证。周小栀却失败了，但是林一还是踌躇满志，他要为周小栀打前阵，提前把美国的一切安排好。临别时面对周小栀一遍遍的叮嘱，并不为将来担忧，因为在他心里一年后就是他们的团聚。林一带着周小栀给他的盒子，盒子里是他们的点点滴滴，然后向着未来出发。
周小栀面试签证失败了，她去机场送走林一，心里面都是不舍和对未来的不安。她让林一带着盒子，让盒子代替自己陪伴他。林一告诉她如果她不来美国了，他就立刻回国。两人这一分开就是10年，岁月不曾厚待他们。
10年了，林一独自在美国生活了10年。没有当初的踌躇满志，得到的是周小栀的失约了。他没有成为大老板，也没有等到该等的人。他也在美国买了不怎么好的房，有了未婚妻，她当他面出轨了，生活就是这么残忍，直到他收到周小栀的快递——一封结婚请柬。
10年了，周小栀一直在努力申请学校，但是一直失败，她不想耽误了林一就骗他说自己不想去美国了，然后再也没有联系他。每天每夜周小栀思念在异乡的林一，她关注他的生活和工作，却不敢联系他，直到自己快要结婚了。
10年后的聚会，林一带着当初周小栀给的盒子，见到了周小栀。宴会结束后，他和周小栀一起干了10杯，他问周小栀爱不爱她的未婚夫？得到了是当初的真相，听着周小栀对他的一切如数家珍，他忍不住哭了。这是他从初中就爱的姑娘啊~她说她不欠他的，她说一切都回不去了，她说他们都败给了现实，可是心还是太苦太痛。
10年后的聚会，周小栀终于见到了林一，她心心念念的心上人，她对林一在美国的一切都很了解，她一直默默的关注林一，如今她即将嫁给别人，而林一也会属于别人。命运就是这样捉弄人，如果当初林一没有出国，如果知道自己出不去后叫回林一，如果……没有那么多的如果，这就是生活。
婚礼上，周小栀和她的未婚夫站在牧师前，林一幻想着自己放着《同桌的你》站出来反对，勇敢的牵起周小栀的手，带着她逃跑，告诉她让她信守诺言5211314=我爱你一生一世。但是幻想终究只是想，林一听着周小栀的我愿意，最后看着她把自己交给另一个男人，以后的自己只能像陌生人一样问候“你好吗？”。
教堂里，周小栀听着神父的询问，她犹豫了一下，也许她是期待林一能站出来反对，但是全场是沉默的。周小栀最后说出了“我愿意”，这场爱情长跑她终究是输了……
这个结局看得人特别的遗憾，其实明明可以挽回的，但是生活把勇气和坚持都磨光了。
如果最后林一站出来了……
如果最后周小栀没有说我愿意……
一切也许就是想象的那样圆满，我们最终握住了对方的手，将爱情继续下去！
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