1904年的日俄戰爭以前，日本在東北和內蒙古沒有什麼勢力可言。雖小日本經常派遣特務深入內蒙古，然其害怕俄國，有所顧忌，不敢輕舉妄動。日俄戰爭後，形勢大變，俄國答應盡撤東北駐軍，並以旅大轉租於日本，南滿鐵路亦拱手轉讓，日本終於在東三省南部和內蒙古地區爭得勢力範圍。
（在中國領土上開戰的“日俄戰爭”繪畫）
為了把內蒙古和東北變成自己的殖民地，排斥其他列強勢力的介入，日本於1907年4月在大連建立“南滿鐵道株式會社”（簡稱“滿鐵”，下同）。該組織是由日本政府直接控制，以經營鐵路為主的大殖民公司，也是日本帝國主義對內蒙古和東北地區進行經濟、政治侵略的總機關，其性質與任務同英國的“東印度公司”相同。它不僅直接經營南滿鐵路，而且還壟斷經營煤炭、木材、鋼鐵、化工、電力、航運、建築、郵電、農場以及文化教育等企事業活動。屬下有大型企業八十餘家。不僅如此，“滿鐵”還在東三省和內蒙古各旗縣設立“滿鐵”分公司，參與當地各項活動。到了1919年，“滿鐵”所屬各企業的總投資額達3.7億元。
通過這些深入各地的大小企業，日本掌握了內蒙古東部和東北地區的經濟命脈。“滿鐵”還可以在各地徵收稅項，制定行政條例，頒佈治安規則，把該地區變成獨立於中國行政系統和法律制度之外的滿鐵王國。
同時，日本還設立了所謂的“關東州都督府”，對旅大地區實行殖民統治。它以保護南滿鐵路的名義，由關東軍控制了南滿和內蒙古東部、南部地區。從此，關東軍和滿鐵株式會社，就成為日本帝國主義進行軍事、政治、經濟全面侵略和支配這個地區的主要武器，直到第二次世界大戰日本戰敗為止。
辛亥革命之際，日本侵略內蒙古的活動更加猖獗。它在給美國政府的通牒中，公然聲稱“日本不得不聲明保留東內蒙古，日本在該隅有自然利害關係”。顯然，日本是為其侵略政策製造輿論，混淆視聽，以便在內蒙古地區得到更多的權益。
1913年，日本提出修築滿蒙五條鐵路的要求。這是它為實現第三期吞併滿蒙計劃所採取的項重大行動。所謂“滿蒙五路計劃”，即(一)由開原至海龍;(二)由四平至洮南；(三)由熱河至洮南;(四)由長春至洮南;(五)由海龍至吉林。按此五條鐵路，除(一)、(五)兩條在長春以南地區外，其餘各條橫臥內蒙古地區東部。袁世凱政權因急於穩定其軍閥統治，竟同意對方的大部分要求，日本輕易取得四洮、開海、長洮三路的借款權，及洮承、吉海兩線的借款優先權。該項要求當時嚴加保密。直至1918年列強各國組織新銀行團，日本在英美等國的干預下被迫公開，並將部分路權劃歸新銀行團，日本獨佔內蒙古路權的陰謀才未完全實現。
在爭奪路權的同時，日本開始積極向沿線地區大量移民，以解決其國內地窄人稠，和發展農業所造成的農業危機。這個移民組織是滿鐵會社隸屬下的興農部農務課。它首先在南滿鐵路沿線的公主嶺、熊嶽建立農業試驗場，其後又在開原、大屯設立豆圃，在大榆樹、鐵嶺、鄭家屯、海龍等地修渠平地，開闢大片水稻種植田。日本殖民者的觸鬚己伸進內蒙古東部地區。大量移民是日本帝國主義強化滿蒙地區殖民統治，和解決國內政治經濟危機的一個重大步驟。眾所周知的日本移民開拓團就是從這個時候開始的。
日本在加深對內蒙古和東三省侵略的同時，於1915年向袁世凱秘密提出旨在進一步侵佔中國的“二十一條”要求。
（二十一條第一號）
該項要求共分五號二十一條，涉及內蒙古的條款是第二號。該條款為：日本人對在內蒙古的商業、農業佔地，擁有租借權及所有權;日本人可以自由居住往來，並從事各種商業及其他業務;日本人擁有礦山採掘權;中國自開商埠，須與日方“協商”後決定;未經日本政府同意，不得許與其他各國敷設鐵路之權，或從其他各國借款築路，及將該地稅課抵借外債;聘用政治、財政、軍事顧問教習時，須與日本政府“商議”。
此條約內容一經透露，立即引起全國人民的共同反對。日本被迫稍作修改，又提出修正案二十四條，有關內蒙古的條款要點是:如用內蒙古地方稅抵借外債或借款造路時，先與日方“商議”;開放商埠須經日本同意；日本人有權與華人在該處“合辦”農業和製造業。
修正案提出後，日本政府立即發出最後通牒，聲稱“南滿與東內蒙，就地理上、政治上、商工利害上，皆與日本有特別關係”，並限令中國政府四十八小時內答覆。
袁世凱為了取得日本對他的帝制活動的支持，換取一紙“承認”照會，竟冒天下之大不韙，於5月9日接受了日方的大部分侵略條款。但日本並不以此為滿足，接著又拋出一個《關於南滿洲及東部內蒙古修約》，即《民四條約》。修約內有“在東部內蒙古合辦工農業”，及中國“從速自開東部內蒙古合宜地方為商埠”的條款。以後日本以"合辦”名義，侵佔了不少內蒙古土地。比如，日本人荒井泰治和巴林旗札薩克王爺訂立的合同。後者以一千八百九十公頃的土地作抵，取得十五萬元現款，共同合辦了“蒙古產業公司”。荒井利用這個公司大量收買和出租蒙古的土地，獲取了大量的利益。
日本除在內蒙古地區進行政治、經濟侵略外，還採取軍事入侵行動，以搶奪更多的權益。它提出二十一條"未久，突然製造了"鄭家屯事件"，對內蒙古進行武裝侵略。鄭家屯原在內蒙古哲里木盟境內，後改為遼源縣。該地既不在南滿鐵路附近，又非商埠，日軍根本無權駐紮此地。然而，日本人於一九一六年八月調集軍隊，殺入奉軍二十八師二十八團團部，武裝強佔鄭家屯。日本人蠻橫地提出，中國軍隊須聘用日軍將校為名譽顧問，日本於必要地點派駐警官等要求，並不顧中國反對，強行在鄭家屯等地建立警察署。這次事件是日本對內蒙古地區進行軍事侵略的開始。
（日偽時期的鄭家屯）
1917年，俄國十月社會主義革命引起帝國主義各國的極大驚恐和仇視。日本帝國主義一方面主張一國干涉，企圖趁火打劫，搶佔蒙古和東北全境，進而侵犯西伯利亞。它同美國私自簽訂《蘭辛一石井協定》，使其在內蒙古和東三省的特殊地位獲得西方列強默認；另一方面，日本勾結奉系軍閥張作霖，並暗向中國政府施加壓力，迫訂中日陸海軍《軍事協定》，以共同防敵之名，迫使中國政府允許日軍開入東北全境和外蒙古。之後，所有的外國武裝干涉者被蘇維埃人民所擊潰，日本軍被迫從西伯利亞撤退，但中國的東北和蒙古大部分地區從此陷入日本武力控制之下。
同年，日本帝國主義還強迫段琪瑞政府簽訂《滿蒙四鐵路借款預備合同》。規定由中國政府向日本興業銀行、臺灣銀行及朝鮮銀行借款修築滿蒙四條鐵路。借款條件是年息八釐，並以四條鐵路資產和收入作擔保。所謂“滿蒙四鐵路”為:(一)由開原經海龍至吉林的開吉路(二)由長春至洮南的長洮路;(三)由洮南至熱河的洮熱路;(四)由洮熱線至某海港的鐵路。上述鐵路大半沿襲1913年的"滿蒙五路"而來。除第一路外，其餘都貫穿內蒙古東部地區。日本處心積慮要在內蒙古建立鐵路大幹線，其目的在於以此作為侵略該地區的大本營，以便進步推行其大陸政策。
日本自1904年從俄國手中取得南滿權利，漸次窺視內蒙古以來，十數年間，日本初與沙俄狼狽為奸，將中國權益私相受授，繼則公然威脅、逼迫中國訂立喪失內蒙古權利的條約。以致日本國內政客、軍人的侵略胃口大開，提出武力征服滿蒙的主張。日俄戰爭時的日本陸軍參謀、後任首相的田中義一，曾在給天皇的奏摺中道出日本軍國主義集團征服滿蒙、中國和吞併世界的狂妄計劃。他提出，“惟欲征服支那，必先征服滿蒙，如欲征服世界，必先征服支那”。日本帝國主義後來正是按照這一侵略計劃，於1931年在中國東北發動了“九一八事變，武裝侵佔整個東北三省，建立偽滿洲國，內蒙古大部也相繼落入日本人手中。
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