日本武士本身不從事農業生產，專職練武，莊園主負責武士的生活，授予他們專門供養的土地，因此武士們只負責被自己的效忠的莊園主賣命，並不效忠天皇，甚至也不效忠僱傭他們的貴族，只聽命於直接領導自己的上級武士，而這些以莊園主、領主為核心的武裝組織，則被稱為“武士團”。
這些“武士團”平時都是獨立的，屬於各自的莊園、寺院、組織，他們更多在意的斬殺對方的武士，以獲得榮譽、獎賞和土地，對於戰役本身的勝負則並不在武士個人的考慮之內。和中世紀的歐洲情況相似，裝備精良的騎馬武士逐漸成為戰場的主力，一支軍隊的核心人數也大幅減少，原先由成百上千農民組成的“軍團”被幾十名專職武士所取代。
因皇室無力供養全部皇室成員，只得將大批的皇族下放到各地的國衙充任官吏，他們很多也發展莊園主，進而成為武士。日本上層社會也分裂為以天皇、皇親、大貴族為代表的“公家”，和與“公家”相對的“武家”。
為什麼中國沒有武士？
因為“武士”從一開始，就有其從屬性質，他們首先經濟上附庸所屬的領主，而其本身原來就是領主的子侄、親屬、族人、奴僕，不像中國的武將，可以自由選擇服務對象，經濟上也是獨立的。正如周作人所說：“武士的行為，無論在小說戲劇裡如何壯麗，如何華麗，總掩蓋不住這一事實：武士是賣命的奴隸。”
負責管理莊園的武士也不是通過考試任命的，而是私人憑藉關係任命的，即負責保護莊園，從事作戰，還要管理莊園，所以都是文武兼修，沒有出現中國的文官集團。
不僅莊園有武士團，寺院也有自己的武士團。當時商品經濟不發達，各莊園之間都是小農經濟，自種自吃，逐漸形成封建割據，成為“獨立王國”。長期生活於地方的豪強和原來朝廷委派到地方的官員，他們沒有朝中官員的品級高，即便是武士團的頭領最多也就是六、七品，普通武士更是不像中國武官那樣擁有品級，他們是遊離在國家正式官僚體系之外的。
到11世紀中葉，日本三分之二的土地已經歸莊園主所有，擁有自由身的農民已經很少了，日本各地的權利逐漸落入豪門貴族、寺院和神社手裡，天皇及其朝廷逐漸被架空。
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