在日軍的暴行中，受難最深的要算婦女。她們除了與男子一樣，到處遭到屠殺外，大多還要先被強姦或輪姦，遭到非人的凌辱。據後來遠東國際軍事法庭判決書稱：
全城中無論是幼年的少女或老年的婦人，多數都被強姦。並且在這類強姦中，還有許多變態的淫虐狂行為的事例。許多婦女在遭到強姦後被殺，還將她們的軀體加以斬斷。在佔領後的一個月中，在南京市內發生了2萬起左右的強姦事件。
日軍的姦淫，不分白晝，也不管在什麼地點。當時負責管理金陵大學附屬醫院的美國麥卡倫牧師12月19日的日記在東京審判法庭上曾朗讀：“談這樣可怕的事情，我真不知如何從頭說起，我從未聽到過，也沒有讀過這樣殘忍的事情。強姦，我們估計每夜最低限度有1000件，白天也很多。如果有反抗或表示反對，則償以刺刀或槍彈。”
有一個白天，竟有17名日軍公然在宗教場所金陵大學神學院裡輪姦一名婦女。日軍屠刀下的金陵神學院可見索耐教授於1938年1月16日致必範宇博士的信，其中一段：“南京幾乎成了或地獄，沒有地方沒有人是安全的。日本兵喜歡什麼就拿什麼，不要的就破壞，公開的並在眾目之下強姦上千的婦女和女孩。如果她們拒絕，便當場刺殺。有一四五個月的嬰兒再旁發出叫聲，這個日本兵繼續強姦，但把嬰兒悶死。在聖經師資學校的一名逃難女孩造日兵輪姦17次，最後我們請來日本衛兵把守大門，但是他們自己常去強姦婦女，每天不論白晝都發生無數次的強姦案。”
許多避入安全區的婦女，仍不能倖免。據統計，事實上大多數強姦都發生在安全區中。國際委員會總幹事費吳生在1938年1月10日稱：“單以金陵大學職員家庭以及華僑住宅而論，我就有關於100次以上強姦案的詳細記錄。以及約300次強姦案的確實報告。”12月15日夜，大批日本兵闖入金陵大學校舍，當場強姦婦女30人，12月19日，一批日軍闖入寧海路的洞內，強姦婦女20人。金陵女子文理學院是收容婦孺較多的難民收容所，收容月1萬人。這裡雖有美籍華群女士等3人值班，門口又有日本領事館的衛兵把守，但還是不斷有婦女遭到日軍強姦。據武漢大公報報道：一到夜間，日軍就從學院很低的竹籬上爬過去。利用沒有電燈的條件，樓上樓下亂摸一氣，摸到哪個就對其實施姦淫，數日內，被其姦淫的婦女約佔半數。
日軍還不顧估計信義，任意闖入外僑住宅，強姦婦女。根據估計委員會委員、美國人李格思報告，住在他家的兩名婦女，於12月17日遭到日軍強姦。12月20日，數名日軍闖入外僑鄧妮爾醫生的住宅，將兩名婦女從樓上拖到樓下，強姦、揉虐達3小時之久。
殘暴的日軍，在對南京婦女實施強姦暴行時，不分對象、不管老幼、不問僧俗概莫例外。安全區國際委員會總幹事貝德士後來在軍事法庭作證說：“在金陵大學校園內有一位9歲女孩與76歲的祖母被姦汙。難民區 西橋街41號，一位12歲的啞女，遭到3名日軍輪姦，其狀慘不忍睹。12月26日一位11歲的幼女在金陵大學內被輪姦致死，令人不敢直視。三牌樓鄧姓家中，一位60多歲老婦遭到輪姦，其孫哭泣不止被連刺兩刀。”
日軍為發洩獸慾，竟連孕婦和剛分娩的婦女也不放過。12月19日一名懷孕的9個月的17歲少婦，在被兩名日軍輪姦後神經發生錯亂。另一名即將分娩的孕婦，在遭到日軍輪姦後，其腹部被刨開嬰兒被取出玩弄。家住賽虹橋北村55號的張孟氏，於分娩期中遭日軍強姦後傷重而亡。
12月16日日軍將陸軍大學內7名16歲刀21歲的姑娘架走，每人每天被強姦六七次之多。12月底，鐧銀巷6號的6名婦女，白天為日軍官洗衣晚上遭輪姦，年級較大的每夜被輪姦10—20次，年輕貌美的每夜多被輪姦40次之多。
日軍往往還於姦淫婦女後，在強迫父奸其女，子奸其母，翁奸其媳，僧奸少女以取樂。據記載，在日軍進城第4天，一夥日軍闖入水西門劉姓家中，見一少女，強令其脫去衣服。又迫其父母各執一足，遂行輪姦後令其父奸女，父不允，日軍以刺刀猛刺，致父女均斃命。其他實在是不忍心寫下去，真是慘絕人寰。
許多日軍在施行強姦和輪姦之後，又用各種殘暴手段將父女殺死。許多被摧殘致死的婦女赤身裸體，倒臥在街頭巷尾。李克痕先生於1938年2月下旬進南京城居住，於6月3日離京曾寫《淪京五月記》，7月連載於漢口大公報，轟動一時。李目睹婦女被姦殺的悲慘情景，他寫道：“街頭上很多被姦殺致死的女同胞的屍體，通身剝得精光，有的乳房被割下，有的小腹被刨開腸子都湧出來等等。李在文中也報道，到5月初，由紅十字會掩埋的屍體27萬，婦女3分之2被姦汙。”
究竟日軍在南京姦汙多少婦女並無確切數字，不過按當時留京國際人士推斷，至少有8萬多婦女被姦汙。日軍殘暴姦淫婦女的暴行，遭到國際社會的痛斥。連當時日本的盟友德國官方也將日軍稱“獸類集團”。德國駐華大使館發出的電報稱：“
犯罪的不是這個日本人或者那個日本人，而是整個日本皇軍，它是一部開動著的野獸機器。”我們手無寸鐵的無辜同胞，遭到野蠻失掉人性的日本軍人的屠殺，更何況是強姦並屠殺婦女，此一歷史上空前的慘案不僅違反國際公法，更為人類道德與文明社會所難容。南京大屠殺之發生，是1937年12月13日開始。當時佔領南京的日軍對自身的暴行，當然竭力不使證據外洩。但事實究竟難以全部掩蓋，對鐵證如山的大屠殺，多年來日本政府要員不斷否認，目的無非是在掩飾惡行，規避責任，怎不令人髮指。我中華兒女，豈甘默爾而息，為我們34萬同胞的冤魂伸冤！
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