作為世界警察(多半是自稱)的美國海軍，目前主要由九大核心部門組成，分別是：中央指揮部、大西洋艦隊、太平洋艦隊、歐洲艦隊、網絡戰爭指揮部、特種作戰部、補給司令部、研考部以及海軍預備隊。
美國海軍的主要作戰艦隊則分別有第二艦隊、第三艦隊、第四艦隊、第五艦隊、第六艦隊以及第七艦隊；除此以外還有一支第十艦隊，但其戰爭職能是海軍網絡司令部。其中第二和第六艦隊隸屬於大西洋司令部、第三和第七艦隊隸屬於太平洋司令部、第五艦隊隸屬於中央司令部、第四艦隊則屬於南方司令部。
美國海軍第一艦隊於20世紀70年代初被裁撤併編入第三艦隊。
美國海軍第二艦隊是美國海軍的主力艦隊，於2011年撤編，撤編前曾執行過1962年對古巴海上封鎖和1989年入侵巴拿馬任務。
2018年5月，美國海軍重啟這一艦隊，主要目的是遏制俄羅斯海上力量擴張。艦隊行動範圍將在美國東海岸與大西洋北部海域。8月24日，恢復第二艦隊建制的儀式在冷戰時期美國海軍的指揮部——諾福克軍港舉行。
2019年12月31日，美國海軍宣佈用於對抗俄羅斯的新艦隊已經投入全面運行。
美國海軍第三艦隊是六個被編號的海軍艦隊之一. 轄區在美國西部和北太平洋約五千萬平方英里的區域內（包括 白令海, 阿拉斯加 阿留申群島 以及北極的部分海域）。 這一區域是主要的石油運輸和海上貿易交通線的所在，對美國及其在環太平洋地區的盟國的經濟健康至關重要。第三艦隊總部設在聖地亞哥的洛瑪角海軍基地，現任司令為肯尼思·弗洛伊德（Kenneth E. Floyd）中將。
美國海軍第四艦隊（U. S. 4th Fleet）是美國海軍現在下轄艦隊之一。1943年3月時成立，第二次世界大戰時主要在南大西洋執行封鎖和防衛敵軍潛艇的任務。1950年解散，所轄艦隻併入第二艦隊
2008年7月1日再次成立，隸屬於美國南方司令部。重新組建的第四艦隊以佛羅里達州傑克遜維爾梅波特港為基地。
美國第五艦隊是美國在波斯灣、紅海、阿拉伯海、東非沿岸，南至肯尼亞區域的海軍力量。它與美國海軍中央司令部（U.S. NAVCENT）隸屬同一司令官管轄。現任艦隊司令官是威廉‧格特尼。
美國第六艦隊（United States Sixth Fleet），是美國海軍六大艦隊之一。轄區範圍是環繞歐洲和非洲的北冰洋、大西洋、印度洋一帶，司令部設置在意大利那不勒斯。現設置在意大利那不勒斯。現任艦隊司令官是弗蘭克·克雷格·潘多夫。第六艦隊旗艦和少數支援艦船的母港設在地中海地區，其餘艦隻均以美國東海岸為母港。
美國海軍第七艦隊（英語：United States Navy Seventh Fleet）是美國海軍旗下的遠洋艦隊之一，隸屬於美國印度太平洋司令部屬下的太平洋艦隊，成立於1943年3月15日，1949年8月19日改名為美國海軍第七特遣艦隊，1950年2月恢復第七艦隊的名稱。
第七艦隊司令部設在日本的橫須賀港，駐地包括日本佐世保基地、沖繩和韓國釜山、浦項、鎮海基地及新加坡等地，亦經常停泊香港補給，是目前美國最大的海外前線投送部隊，用於威嚇敵國和盟國合作，保護海上通道、協防美國盟國以及在恐嚇失效時動用武力，也經常充當美國對外進行軍事行動時的機動艦隊。
2017年8月23日，俄媒稱，由於美國軍艦在亞洲地區與其他船隻幾次相撞，美國海軍第七艦隊司令、三星將軍約瑟夫·奧庫安將被解職。
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