一般情況下，番茄第一序果在激素點花留果時保持兩至三個果實就可以了（點化溫度掌握在15-30度之間最為適宜，根據溫度的高低加減激素濃度），因為此時根系尚未發達，植株生長勢還很弱，葉片的光合作用不夠充足，過多留果容易導致植株營養生長偏低，株型瘦弱，形成墜秧現象，不利於根系發育和植株的抗病抗逆性。
番茄
正確的管理方式是；第一序果實根據株型生長勢的強弱，保留兩至三個果實，其它的花序摘除，第二序果實保留最多三個，以利提高營養生長和生殖生長的平衡。到第三穗花序留果時，可以保留四至五個果實（最多六個果）。此時植株葉片光合作用明顯加大增強，根系進一步提高了吸收水肥的能力，營養物質同工酶和碳水化合物轉化吸收能力已顯著增強了。至此以上花序點花留果時，始終保持四至五個果實，其餘摘除不要。
點花時需要注意的是；早期出現的第一個花朵，一般不予保留，因為過早形成的第一個花朵生長勢強，極易爭奪此果穗的營養物質，出現個體果實營養過多，過於偏大或者因營養元素過剩，形成畸形果和裂果，最終導致後期發育的花蕾營養輸送不及時同步。營養生長和生殖生長極不平衡，這樣就人為延長了開花生殖週期和點花週期，加大了勞動強度。從而形成膨果不一致，果實大小極不均勻，嚴重影響商品果的品相，損害菜農經濟效益。
番茄點花
合理的管理方法是；摘除最早形成的第一個花朵，在預期留果的數量達到理想數值時，一次性沾點激素留果。同時加強溫度管理和水肥條件的合理利用，促進營養生長和生殖生長的平衡。該措施能使果實營養吸收膨大均勻，大小一致，轉色同步，採收期整穗收穫。
近幾年，高產抗病，硬度好的無限生長的高端品種越來越多，菜農在整枝留果管理中還沿用過去老的管理方式，也出現許多不應有的失誤。比如，概念上的錯誤認識。覺得品種是高產抗病的，就應該多留果多施肥，形成結果數量上去了，而整體產量上不去，還容易造成燒根傷葉。導致單果重量及不達標，裂果、斑痕果較多，色澤不亮麗，商品性欠佳，不易出售。
為什麼會出現這種情況呢？主要原因是留果太多，點花不科學合理，生殖生長掛果過多，營養生長極不平衡。一穗果花蕾形成多少就點留多少，果實品相極差。管理費力費時，好的品種沒有形成好的產量、好的效益。主要原因就是不合理整枝，不合理留果造成的。這種原因主要是清除葉片過多過早。管理上為了提高光照作用和通風條件，甚至因病害葉片較多，害怕繼續感染病害，把功能葉片過多過早摘除，只留下果實。導致果實因功能葉的缺乏，營養和水肥條件的嚴重不足，形成果實不膨大轉色慢，甚至出現僵果現象。反之，有些菜農不及時清除側枝，不合理的亂留側枝，過多留果，消耗了過多的營養物質，果實多而萎縮偏小，碳水化合物輸送嚴重不足，形成僵果、裂果、空洞果、畸形果、茶色果。
番茄大棚高產
那麼合理的整枝應該是怎樣的呢？在三穗果以上根據植株整體生長勢留側枝，植株整體光合轉化輸送作用此時已經很旺盛，生長勢強勁，花芽分化能力速度加快，同時根系吸收水肥的能力已經很強大，營養轉化物質也量大提高了，這一階段正是結果最佳時期。此時的植株整體健壯，葉片光和儲存能力旺盛，膨果速度快，果型好。需要說明的是；番茄在第一穗至三穗果以下側枝一般不要保留，要求全部清除，以促進營養生長為主，儘可能創造結果空間外部環境條件。三穗果以上保留側枝，當側枝生長出第二片葉子時，側枝花序就已經分化形成，在花序以上再保留兩片葉子，摘除側枝的頂尖，保持主莖的繼續生長，從而能明顯增加結果部位和結果率，最終促進產量的形成。
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