由於19世紀中葉始祖鳥化石的發現，人們一直堅信達爾文的說法：鳥是由爬行動物演化來的。而始祖鳥正是這一進化過程的中間產物。
傳統觀點：鳥是恐龍的後代
學術界大多數人認為，鳥是恐龍的後代，很多鳥都能在恐龍家族中找到自己的“親戚”。鸚鵡的嘴與鸚鵡嘴龍的嘴十分相似；鴕鳥的腳與駝鳥龍的腳一樣，都有兩個腳趾頭，善於走路，而且兩者嘴中都沒有牙齒；鴨嘴龍的嘴活像鴨子嘴，鴨嘴龍游水也像鴨子戲水。鳥類的骨骼是中空的，它們的外貌和身體結構都很像鳥。
那麼，一些恐龍是怎樣從地棲生活轉變為飛翔生活的呢？一種說法認為，盜龍之類的動物在樹上攀緣，逐漸過渡到短距離滑翔，進一步變為飛翔。另一種說法認為，有些雙足奔跑動物，靠前肢捕捉小型動物，前肢在助跑過程中發展成翅膀，如始祖鳥。
爭議一：始祖鳥不是最早的鳥
20世紀末期，科學家發現了一種奇怪動物的化石，將其命名為“始祖鳥”，認為它才是最早的鳥。
始祖鳥與現代鳥有很多相似之處。它們具有非常大的胸骨和肩骨，這證明它們的骨架上曾附著了足以撐起羽毛的結實肌肉；而且它們也具有跟飛翔有關的骨骼特徵；此外，它們還殘存了一些古代爬行動物的特徵。於是人們相信，鳥類的起源還在始祖鳥之前。
爭議二：始祖鳥是蜥蜴的後代
很多研究人員贊同最早的鳥是始祖鳥這一觀點，但他們認為始祖鳥不是由恐龍演化而來的，而是由蜥蜴演化而來的。因為在乙發現的一些化石裡，始祖鳥長著蜥蜴一樣的尾巴。
其實，關於鳥類的祖先是什麼的問題，學術界還有不少爭議。也許只有在發現了更古老的鳥類化石等新的證據後，科學界才能做出最後結論。
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