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兄妹結婚現象在古代日本比較普遍，主要有同父異母兄妹婚、同母異父兄妹婚和表堂兄妹婚。而在現代的日本，前兩種兄妹婚已被禁止，僅表堂兄妹婚未禁。
日本民法典規定：直系血親或三等親內的旁系血親間，不得結婚。請注意，日本的“三等親內旁系血親”與我們所說的“三代以內旁系血親”的概念不同。
日本的“三等親”是以自己為原點，向外每連一根線為一個親等，父母與子女是一等親關係，親兄妹是二等親，姑舅是三等親，而表堂姐妹則屬於四等親。
由此可知，日本民法中並不禁止表堂兄妹婚。
日本的兄妹婚歷史很悠久，皇室和民間都比較常見。其中同父異母兄妹婚是合法的，而表堂兄妹婚和同母異父兄妹婚雖然被禁止，但皇室中還是屢有發生。
日本古代的皇室婚配，主要是為了維護皇室血統的純正。儘管古代日本從中國學習了許多的文化和制度，但在皇室制度方面，日本還是開創了有不少先例。
第十六代仁德天皇有兩位后妃都是自己同父異母的妹妹，其大妹八田若郎女後來還被扶上皇后之位。隨後仁德天皇又將自己的小妹宇遲能若郎女納為嬪妃。
八田若郎女與妹妹宇遲能若郎女都嫁給了哥哥仁德天皇，後來宇遲能若郎女與天皇的同胞弟弟隼密處，仁德知道後非常憤怒，派人將胞弟隼和小妹妹處死。
第十七代履中天皇即位時已經是花甲之年，六年後他將同父異母的妹妹幡梭皇女立為皇后。第三十代敏達天皇，同樣將自己同父異母的妹妹推古納為妃子。
除了天皇外，還有不少皇子娶同父異母妹妹的現象。比如，敏達天皇的嫡長子押坂彥人大兄皇子將田村皇女、小墾田皇女、櫻井弓張皇女三個妹妹納為妃。
還有很多，此處就不再羅列。由此可見，古代的日本皇室同父異母兄妹婚很普遍。這種婚俗源自母系氏族社會，與當時日本的招養婚和服役婚有密切聯繫。
魏晉時期的日本實行一夫多妻制婚姻，到唐代時發展成招養婚，即女性將男子招到自己家裡做上門女婿。到了日本平安時代，招養婚逐漸發展成為服役婚。
所謂服役婚，指的是男方要在女方家中勞作三年才能將女方娶走。這兩種婚姻中的女性佔據絕對的優勢地位，這種優勢一直延續到室町時代嫁娶婚的出現。
古代的日本，非常注重學習中國的文化和制度，但對“同姓不婚”制度卻視而不見。古代中國的表兄妹婚姻講究的是親上加親，而日本人對此卻是很排斥。
他們貌似很早就知道表親婚對後代不利，但卻唯獨對同父異母兄妹婚不禁止。除為保持血統外，兄妹間的陌生感和女性的優勢地位也是這種婚姻的主因素。
除皇室外，日本民間的同父異母兄妹婚也比較流行。其願意主要是為了維護家族利益和權勢，正所謂肥水不流外人田，民間的兄妹婚就是為維護家族地位。
再看同母（異父）兄妹婚，這在日本是被禁止的，通常以私婚的方式存在。中大兄皇子與間人皇女是親兄妹，間人皇女嫁給了自己舅舅孝德天皇成為皇后。
但兩人經常揹著孝德天皇相處，知道真相的孝德抑鬱而死。中大兄皇子為了與妹妹間人長相廝守，請出母親即皇位成為齊明天皇，直到間人死後他才即位。
除此之外，第十九代允恭天皇的長子木梨輕皇子和同母妹輕大娘私婚，後來二人雙雙自殺於流放地。還有第十代崇神天皇娶同母妹御間城姬，並立為皇后。
綜上，古代日本兄妹婚較普遍，同母異父兄妹婚在一千二百年前被禁止，而同父異母兄妹婚卻一直存在，直到十九世紀末《日本民法典》制定後才被禁止。
但表堂兄妹婚在現代日本是不被禁止的，它不屬於民法中規定的三等親。日本兄妹結婚的歷史比較悠久，原因也很複雜，但主要還是為了維護血統與地位。
