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是的，Y染色體確實是從父系一直遺傳下來的，只是在這一代代的遺傳過程中可能存在著一些突變，所以，不可能完完全全與祖輩的基因組全部相同。但這也是我們能通過DNA（基因）檢測來確定親緣關係的原因。簡單點說就是：
Y染色體儘管會產生變化，但一直都是順著男方家族這條線往下傳的，與女方（母親、祖母、曾祖母等）無關，而其它染色體可能會被“稀釋”。
在生殖遺傳過程中，生殖細胞（精子和卵子）分別形成只有體細胞染色體（23對）中等位的一半染色體（23條）的單倍體細胞，在受精以後，又再次組合成了有23對染色體（46條）的受精卵。此後，受精卵不斷分裂而形成胚胎和個體的體細胞。
每一條染色體中，都有等位的兩條雙螺旋結構的基因（DNA），在分裂複製過程中，由於微生態環境的作用，基因可能存在著突變。
做個簡單比喻，一個細胞中的X和Y染色體，就像是一個家庭中的父親和母親一樣，他們都是獨立的，是不會互相交換手腳等組織器官的。
WILLSON39
看了這麼多評論，總結3條:1、Y染色體由男性傳下去，男人必須生兒子。2、線粒體由女性傳下去，女人必須生女兒。3、其它常染色體會遺傳下去，但是不穩定，無法追溯源頭。
完了，我老公三代單傳，生了我兒子穩了。我給我媽絕後了。[捂臉]得虧我姥姥還生了我姨，我姨有女兒，還有外孫女。
大花怪
首先肯定回答，你的理解是對的，但是Y染色體只要祖祖輩輩一直是男性，就會一直遺傳下來。
這個比較專業的詞語叫父系遺傳，簡單意思就是隻要子子孫孫生下去，就一直是家族的Y染色體，每一代會有少於的基因突變。
父系遺傳的優缺點。
【1】好處是家族感覺親切，保持基因單純，男性特徵的基因穩定性
【2】壞處是一旦Y染色體發生惡性基因突變或者Y染色體倍數異常，生男孩就會遺傳疾病，比如耳朵長毛病，鴨蹼病、箭豬病。唯一的辦法就是遺傳諮詢後，可以的話只生育女孩，才能避免悲劇的發生。
拓展一下，和父系遺傳對應的母系遺傳，母系遺傳是線粒體遺傳，只要女性一代代的生育女性，就會保持他們的線粒體遺傳特性。
母系遺也有明確的優缺點，但相對比較容易避免的：
【1】優點，一般生育女性提供的是23條X染色體，意味著哪怕基因不小心有問題，但是都有等位基因備用，簡單的試管嬰兒就可以生育健康的寶寶，
【2】缺點，線粒體疾病遺傳比如線粒體腦肌病，Kearns-Sayre綜合徵，這個只要生育了兒子，兒子攜帶，再生育後代就不會隔代遺傳了。
所以不論是男性的XY染色體，還是女性XX染色體，都是大自然對我們最大的恩賜。
90後聊基因
Y染色體是人類一對性染色體中的一條，另一條是X染色體。人類有23對染色體，其中22對常染色體男女都一樣，而性染色體決定性別，女性是XX，男性是XY。Y染色體是祖傳父、父傳子、子傳孫的，因此順著Y染色體，能找出一個家族的整個父系鏈條。理論上說，同一個姓的男子，Y染色體都應該是相同的。
線粒體基因組是母系遺傳的，但兒女都傳，不像Y染色體傳男不傳女。Y染色體就像父系社會中一個家族的傳家寶，只傳家族男丁，並在子孫世代之間相傳。
Y染色體在父子間流傳
但是，一些男權主義者想拿Y染色體給男尊女卑的封建糟粕思想找科學依據，還是醒醒吧。Y染色體在20世紀初才發現，父系社會早在5000年前就形成了，而且Y染色體的自然特性也和父權傳統文化相去甚遠。
Y染色體的遺傳貢獻太小
Y染色體上最重要的是SPY基因，該基因能觸發雄性發育，對精子合成至關重要。因此，有Y染色體才能成為雄性。但除此之外，Y染色體就沒有其他重要功能了，它與性格、智力、外貌等重要的特質統統沒有關係。
人類基因組測序現在已經完成，共有20412個編碼蛋白的基因，其中Y染色體上只有71個，在基因組中所佔比例還不到1%。X染色體比Y大得多，有842個基因，線粒體DNA有13個基因。
人類基因組
22對常染色體的編號是按大小排序的，1號最大，22號最小。X染色體與7號相當，而Y染色體和19、20號差不多大。1號染色體有2058個基因，連22號染色體都有488個基因。
父母基因重組產生子代的時候，雙方每人給子女一套常染色體，母親給子女一條X染色體，父親給兒子一條Y，給女兒一條X。線粒體位於細胞質內，因此全由母親提供（精子沒有細胞質）。由於常染色體決定了遺傳的99.9999%以上，父母對子女的影響大致均等，但還是有細微差異的。
從子女的角度看，由於X染色體大於Y，母親對兒子的影響大於父親。只考慮染色體的話，父母對女兒的影響幾乎均等。
性染色體遺傳示意圖
從父母的角度看，母親給予子女的是均等的，而父親給女兒的多於給兒子的。這些遺傳科學結論，與父權社會中輕視母系傳承、重男輕女的傳統做法正好相反。
Y染色體可追溯到侏羅紀
距今約1.66億年前，原始哺乳動物分化為兩支：南楔齒獸類和北楔齒獸類，分別是今天原獸亞綱和獸亞綱的祖先。Y染色體在北楔齒獸類中產生，並傳給所有獸亞綱成員。沿著Y染色體往上溯源，理論上能一直追溯到恐龍時代的中華侏羅獸，當時人的祖先還遠遠不是人。
現存哺乳動物除了原獸亞綱的鴨嘴獸和針鼴，都是有Y染色體的。動物沒有姓氏可言，但它們的主要財產——領地，卻是母系傳承的。女兒留在母親身邊繼承領地，兒子長大了遠走高飛，獨自闖蕩，雄性通過性選擇競爭獲取交配權，這才是最貼合自然的模式。而父系傳承是人類獨有的，是社會發展下統治者私慾的產物，與私有制、階級的出現相伴隨。
中華侏羅獸，北楔齒獸類，科學家親切地稱之為“來自侏羅紀的母親”，它也是來自侏羅紀的父親
Y染色體基因檢測顯示，現存所有人類的最晚共同父系祖先是23.6萬年前生活在非洲的一名男子，我們稱他為“Y染色體亞當”。而非洲之外的所有人類，均源自6.9萬年前中東的一名男子。要是沒有基因突變，全球所有男子的Y染色體應該都是相同的。
2003年的一項研究顯示，全球約有1600萬名男子的Y染色體非常相似，應該都源自12世紀的一名東亞男子，最有可能的就是成吉思汗及其家族。成吉思汗也因此成為古代最成功的“播種者”。
值得注意的是，果蠅的性染色體也叫X和Y，但只是用了相同的名字，和人類的性染色體不是同源的。果蠅的Y比X還大，不參與性別形成，性別取決於X的數量，一條就是雄性，兩條就是雌性。
鴨嘴獸是現存唯一一種沒有Y染色體的哺乳動物
爬行動物的性別主要決定於孵化溫度。而鳥類的性別決定系統和人類正好相反，它們是ZW系統，性染色體是ZZ為雄性，ZW為雌性。
Y染色體突變率極高
通過Y染色體溯源理論上可行，實際上只能用於最近幾千到幾萬年，原因就是它的突變率特別高，每代就能積累兩個突變。人類和黑猩猩99%以上的基因都是相同的，但Y染色體卻有高達30%的差異。
由於哺乳動物和早期人類都生活在母系群中，沒有固定婚配製度，一雌可以與多雄交配，精子活力最強的才能成功受精。因此，Y染色體對哺乳動物和早期人類發展很重要，這使它成為進化最快的染色體。
人類現存最近的親戚：黑猩猩
此外，在減數分裂產生配子過程中，常染色體會進行同源染色體配對，同源序列進行交換和重組，從而修復突變基因。而Y染色體的同源染色體是X，它們多數基因序列不同，可重組區不足5%，因此Y上發生的突變難以通過重組而修復。
也正因為此，自然選擇無法對Y染色體上的單一基因起作用，只能將整條Y作為一個整體去選擇，導致選擇效率異常低下。有害基因可能搭鄰居有益基因的便車保留下來，有益基因也可能被有害基因包圍而遭淘汰。因此，Y染色體上的“垃圾基因”是整個基因組中最多的。
最後，Y染色體還特別容易因遺傳漂變而隨機消失。它在種群中的出現頻率只有常染色體的1/4，常染色體是每人有兩條，Y是一半的人有一條，因此遺傳漂變對Y的作用特別強烈。有名男子的Y可能很優秀，但他生的全是女兒，他的Y也會就此在種群中消失。
Y染色體主要單倍群的擴散
所以說，Y染色體在子子孫孫之間代代相傳只是理想狀態，現實中由於它的高突變率，用不了多少代就會面目全非。現代人類的Y染色體有近30個單倍群，每個單倍群都有幾百甚至幾千個變異型。
Y染色體終將消失
Y染色體產生之初有1400多個基因，現在已經失去了其中的95%，僅剩下71個。這主要是因為，其他染色體因突變而損傷的基因可以從同源染色體那裡拷貝一份，而Y是單個的，損傷了的基因只能消失。在漫長的演化過程中，其他染色體正在越來越多地接管Y的基因和功能。Y染色體終將消失。
不過，Y染色體在誕生之初下滑很快，後期就越來越慢，現在已經進入停滯狀態。700萬年前人和黑猩猩分化以來，Y染色體上就沒有丟失過基因了，而近2500萬年只丟失了一個基因。專家預測，人類Y染色體已經走完了其生命的2/3歷程，
將於8000萬年後完全消失，在那之後將產生新的性別決定系統。
鼴形田鼠
一些齧齒動物已經完成了這一進化，如裔鼠和鼴形田鼠，它們的Y染色體和SPY基因基因已經完全消失了，Y染色體上的部分基因已經重新轉移到X染色體上了。兩性的裔鼠性染色體都是XO，而鼴形田鼠都是XX。
綜上所述，
Y染色體和姓氏、祖產在父系傳承上的一致性只是一種巧合。Y染色體對遺傳的貢獻很小，突變率高，而且是未來將消失的東西。科學家利用Y染色體進行父系溯源是很有用的，有人想試圖以此來說明父權的合理性，註定站不住腳。動物博覽
是這樣。沿著Y染色體上溯，可以一直找到父系的整個鏈條。
但這倒並不代表“父系”就有什麼神聖的，因為還有一種“線粒體”，則是母女遺傳，一樣可以一直追溯出母系的鏈條。
科學的好處之一就是可以打破那些幻覺。當某人沉浸於其所屬種族民族地區甚至姓氏的自大情緒時，科學冷冰冰的告訴你：世界上所有（非洲以外）的男人都只有一個共同的父系祖先：
M168突變男
沒錯，只有一個，我們所有男人，都是這個10萬年前的隔壁老…M168的後代。
即使只考察智人來到中國地區以後的基因圖譜，科學也會告訴你，幾億漢族男性，只有3個（2-4萬年前）的超級祖父。
無獨有偶，通過隊線粒體的研究，我們也發現世界上所有女性都來自於20萬年前的一個超級非洲大妞（好吧，她的名字就是“夏娃”）。直到智人分散到全世界所有地區以後，也只有36個超級外祖母。
當然，這並不意味著幾十萬年裡出現的其他男人和女人都沒有基因留下來，因為男人也會繼承母系的基因，女人也會繼承父系的基因。
只是說，遠古的男人裡，除了M168男，都絕後了。而你也絕不用擔心幾代單傳的壓力，因為只要多數幾（千）代上去，四海皆兄弟，武大郎和西門慶也一樣。郭敬明和姚明也一樣。
帖木兒
首先我告訴你，xy只能決定性別，但是靠y染色體來追蹤祖先是不可信的，因為同源染色體xy基因是互補配對的，形成精子的過程會交叉互換，也就是x上的基因會轉移到y染色體上。同理亦然，而女性的細胞質遺傳是可以追溯到祖先，但是人類的繁衍年代久遠，說不定大家都是同一位祖先，追溯不追溯沒有任何意義，不同人的基因重複概率已經特別大了，親子鑑定都是99.99才確認是生物學上具有親子關係。
一隻懶的思考的蟲子
如果題主的希望說明的是父系優越感的話，那麼可能要失望了。
男性和女性都有單獨遺傳的物質特點
在這個觀點糾纏的話，一定會被噴的，因為很多人會認為這樣的基因觀點，是為了維護男權社會，為男性生男孩傳遞香火找藉口，並且有現有結論再找證據的嫌疑。
其實不論是男性或者女性，都有自身兩種遺傳物質是代代相傳的，並不奇怪。
男性當然就是題主提到的Y染色體，而女性則是線粒體。
科學家研究人類遷徙歷史，種族問題上常常用到Y染色體是不錯，但其實，在同樣的問題上，我們使用線粒體的機會一樣多！
在遺傳特性方面，男女也還是平等的。不會讓爺爺獨大，奶奶也是同樣重要的哦。
Y染色體其實在消亡
Jennifer Graves，澳大利亞La Trobe大學教授，是當今世界上最著名的基因組學和表觀遺傳學專家之一。2002年，她在《自然》雜誌上發表了一篇論文，提出Y染色體正在快速退化，在一千萬年後可能會徹底消失。
還沒等各位鐵血真漢子回過神來，她已經修改了自己的論文，說自己搞錯了！不用一千萬年，其實只需五百萬年就夠了！大家徹底嚇尿。
這不是謠言，這是基於Y染色體一直在不斷退化萎縮的事實。
女性的性染色體是由兩條X染色體相結合而成，彼此的結構基本相同，雙方不僅可以完美結合，而且能同源重組。簡單的講，出了差錯，隨時可以修補。
Y染色體，只能從父系繼承，這就扯淡了，Y染色體除了一小部分與決定性別無直接聯繫的區域能和X染色體進行重組外，其餘的部分都是孤立無援，一旦這一部分上的某個基因出現問題或丟失，Y染色體就徹底懵逼。
從誕生至今，經過3億年的折騰，這個象徵著雄性的“偉大基因載體”顯得形容猥瑣、所攜帶的基因也寥寥無幾，只有大約45個，不足X染色體的5%。
因此，才有上面提到的偉大的科學家老太太提出的，Y染色體在一千萬年內消失。
男人要完蛋了是事實嗎？
大家不要過於傷悲，雖然Y染色體好像已經被判了死緩，但不代表男人就要從地球上絕種了。
有性生殖是億萬年來自然進化的成果，是高等生物的生殖方式，人類不可能再走回頭路。
但我們心裡還是有點慌啊，也不用太緊張，舉個例子：東歐和中亞生活著一種長得像鼴鼠的田鼠——北鼴形田鼠（Northen Mole Vole），這些兄弟們就已經丟失掉了令男人自豪的Y染色體好多年了！測序結果是個個都是XX，但人家一樣雄風依舊好不好。
不相信？再來一個例子：還有一種更神奇的土黃鼴形田鼠（Transcaucasian Mole Vole），它們的性染色體居然只有孤零零的一條X染色體。都被從XY或者XX系列中除名了，直接新命名為XO系統啦。這些兄弟老鼠們，也一樣有雌有雄，分工明確，幹勁十足。
結語
說到最後，我稍微總結一下，Y染色體實在不值得我們太驕傲，因為性染色體遲早是X的世界。
男同胞們也不要灰心喪氣，老鼠們已經做出了表率，其實有和沒有，都一個樣。
另外，最近流行的偶像鮮肉娘化風，Y染色體表示絕對不背鍋！老子還得存在一千萬年呢！
貓先生內涵科普
很可能不是，據2015年的一份調查顯示，中國女性出軌率高達15%。所以遺傳父親Y染色體的概率為85%，爺爺為72%，太爺爺為61%，太太爺爺就只有52%了。所以Y染色體很可能不是來自祖上，而是某個隔壁老王
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我來回答一下這個問題：由於有尋祖溯源的想法才逐步接觸到分子人類學這個比較新的領域，我從初級檢測到中通量檢測知道最後的Y染色體全序列檢測都做了一遍，所以淺談一下Y染色體檢測我還是有一點發言權的。總所周知基因檢測的結論是人類非洲起源說的基石，一個遠古的男性祖先可以通過子孫後代（男性）把自己的Y染色體進行傳遞，每隔若干年會出現一個小小變異（改變），但是這個變異會繼續出現的下一代子孫的Y染色體中，就好像一顆大樹的若干個分叉一樣，隨著檢測樣本增多，還可以分析出這個變異出現的年代，值得一提的是前幾年破獲的白銀強姦殺人案就是通過Y染色體的基因檢測找到了殺人兇手！公安系統增加基因採樣的留證步驟，發現了與強姦殺人案現場證據Y染色體基因樣本共祖時間較短的樣本，（兇手的族兄弟），在進行了分析摸排，找到了兇手！公安機關使用的基因檢測是最初級的8str,目前商用的初級檢測為36str，價格在100元左右！分析民族成分和基因關係的中通量檢測也不過300元左右，還能得到一下關於疾病遺傳方面的結果（不能作為醫學方面的參考）總之Y染色體檢測可以準確無誤的分析出你的男性祖先或後代，我曾經幫助同姓的宗親驗證了他們家300多年前編修的家譜裡的內容的真實性，找到了他們分開500多年的支系。最後一句話：分子人類學讓我們想找到祖先的想法成為可能！
始於竹下
在大多數情況下，答案是肯定的。也就是說Y染色體就是從男性祖先那裡祖祖輩輩傳下來的,而且幾乎沒有什麼改變。
理解性染色體的遺傳規律
我們會從父母那裡分別繼承了23條染色體，總共46條，且兩兩配對。但其中有一對在男性體內會有些不對稱，因為其中包含了一條來自父親的Y染色體和一條來自母親的X染色體。而女性則是一條來自父親的X染色體和一條來自母親的X染色體。
母親總是向子女遺傳自己兩條X染色體中的任意一條，而父親則會向兒子遺傳自己唯一的那條Y染色體，但向女兒遺傳自己的唯一的那一條X染色體。當然這條唯一的染色體也是來自男人的母親的兩條X染色體之一，也就是說來自於男人的外祖父或者外祖母。所以：
男性的Y染色體只可能來自於父親，如果再往上追溯一代的話，就是來自於祖父。
男性的X染色體只可能來自於母親，若再往上追溯一代的話則可能來自外祖父或者外祖母。
女性的兩條X染色體，一條來自於父親，一條來自於母親，如果再往上追溯一代的話則可能來自於祖母、外祖母或外祖父，但絕對不可能來自於祖父。
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在有性生殖的過程中，來自父母的兩組染色體將“重組”它們的基因，有點洗牌的意味，這意味著這些染色體彼此交換遺傳信息，達到某種隨機混合的效果。從短期來看，這種“洗牌”的過程意味著兒子或女兒的性格和生理特徵的組合很難嚴格復刻父母。從長遠來看，這形成了某種遺傳多樣性，並有助於消除可能對後代不利的性狀。
上圖：Y染色體主要基因的功能是涉及性決定以及精子發育。而X染色體涉及的問題就多了，諸如眼睛白化症基因、杜氏肌營養不良症、雄激素不敏感症、嚴重的組合免疫缺陷、血友病、色盲症，與這些疾病相關的基因都在X染色體上。這導致只有一條X染色體而沒有備份的男性更容易患這些遺傳性疾病。
Y染色體上有什麼？
儘管X和Y染色體有一小段是相同的，但是基因測序已確定，超過95％的Y染色體是雄性所特有的，這部分DNA序列被稱為Y或MSY的雄性特異性區域。實際上，該區域與X染色體天差地別，以至於我們必須給人們經常引用這個事實：“人類具有99.9％的遺傳同一性”加上“僅適用於同性間比較”的這個前提。如果拿男人與女人的遺傳物質進行比較，同一性就達不到99.9%了。所以文藝界說“男人來自火星，女人來自金星”還是有點點似是而非的科學根據的，如果有外星人初來乍到，或許他們會認為男人和女人可能是基因略有差異的兩個物種。O(∩_∩)O~
Y染色體的男性特異性區域部分在生殖過程中不會與X染色體發生重組，這意味著當父親在有性生殖過程中貢獻Y染色體時，該染色體上的大多數基因都不會與X發生混合。從基因學上講，Y染色體可以算是無性傳播的。
上圖：染色體重組示意。兩個配對的同源染色體會發生局部遺傳物質的交換（不僅僅是DNA哦，還包括纏繞DNA的組蛋白及其表觀遺傳信息）。
儘管基因重組可以在後代中表達多種性狀，但Y染色體的大部分線性傳播（n代單傳）並不一定是一件壞事。實際上，這種特徵使科學家能夠了解男性血統的歷史。
使用Y染色體來認祖歸宗
由於大多數Y染色體是不經重組傳遞的，因此該染色體上的DNA提供了男性父系祖先系的遺傳史。[相對地，線粒體（細胞中產生能量的細胞器）中的DNA被用於母系的遺傳研究，因為線粒體具有不同於核DNA的自身DNA，而我們僅從母親那裡繼承線粒體DNA。實際上最近的研究發現父親精子中的線粒體DNA也可能遺傳給子女，這有可能會擾亂母系線粒體DNA的世系研究。]這裡只講父系，就不展開線粒體DNA了。
例如，2003年的一項研究對蒙古人的遺傳世系進行了研究，蒙古人的領土曾經跨越人類歷史上擁有最大連續領土的帝國。研究人員研究了整個亞洲範圍內超過2100名男性的Y染色體，發現一項特徵標記出現在從太平洋邊緣到裡海的大約8％的男性當中，約佔全世界男性總數的0.5％，通過分析發現此Y染色體上的這一特徵起源於約1000年前的蒙古。
研究人員得出結論，該Y染色體遺傳特徵的廣泛傳播不是偶然發生的，而可能是蒙古帝國首領成吉思汗的男性後代在如此廣泛的地域上強勢傳播的結果。
雖然無法直接測試成吉思汗的Y染色體，但研究人員測試了巴基斯坦哈扎拉人的Y染色體，其族譜表明它們是成吉思汗的直接父系後代。該研究得出的結論是，根據代表各地區的2100多名男性樣本推算，那麼將有大約1600萬具有Y染色體特徵的男性可能都是成吉思汗的後代。
上圖：歐亞大陸成吉思汗Y染色體攜帶者分佈情況。內蒙古的蒙古族和漢族人以及巴基斯坦的哈扎拉人具有最多的攜帶者。圓圈越大則採樣樣本數越多（結果越可信），墨綠色的扇形是樣本中陽性比例。
其他研究也發現了起源於中國和愛爾蘭的其他非常成功的男性血統。儘管並非每個父親在基因上都能如此繁榮，但使這些研究成為可能的是Y染色體上的那段微小的DNA序列。
如此微小的片段，就像是一塊傳家寶，從父到子幾乎沒有變化。這意味著某些特徵確實僅通過Y染色體在父子之間傳遞。估計父權主義這時要熱血沸騰了——請打住。實際情況並不像聽起來那樣意義重大，因為Y染色體只包含了很少量的DNA和有效基因，父親唯一能通過Y染色體傳遞給兒子的特徵只是那些將胚胎變成男性的特徵，以及使男人一旦進入青春期就能夠繁殖的特徵，而不涉及任何其它特徵，諸如身材、外貌、性格等等。所以那些被稱為“成吉思汗”後代的男人們未必就長得像或者性格有半點像成吉思汗（之前看到過一個英國人也被檢測出來說是成吉思汗的後代，而且據說歐洲還有十來萬人都是如此）。
上圖：Y染色體上僅有不到30個基因。因此父親的傳家寶並不是那麼豐厚，就是留了一個男人的標籤給你而已。呵呵~~
請注意，之前提到了Y染色體從父親到兒子的傳遞幾乎沒有變化，但實際上它在代際相傳時也會有所改變，甚至在此過程中也吸收了母系一方的一些基因，只是它不像我們大多數其他常染色體那樣改變那麼多。
Y染色體可以與X染色體以及自身發生重組
要了解DNA交換如何作用於X和Y染色體，我們需要追溯到大約3億年前（三疊紀開始時，原始哺乳動物剛剛進化出來）。那時我們的祖先都有兩個X染色體，沒有Y染色體。
在某個時候，一對染色體中發生了DNA突變，產生了SRY基因，這就是使胚胎髮育為雄性的基因。發生這種情況後不久，X和Y染色體就停止了重組，從而防止新生的SRY基因被“修復”。
隨著時間的流逝，Y染色體失去了許多基因，並縮小為我們今天所瞭解的那個迷你染色體。發生這種情況的部分原因是，大多數Y染色體上的遺傳物質無需進行重組。
上圖：Y染色體是怎麼通過縮短進化出來的？越來越短，直至消失？
最早兩條染色體一樣長，沒有XY之分；
其中一條發生突變，產生了SRY基因；
隨著時間推移，其他與性別相關的基因（藍色）聚集到SRY基因周圍（根本就是由於單傳的原因，跟男性繁殖優勢相關的基因就保留下來了，在X染色體上存在因而無關緊要的其他基因就飄走了）；
到今天，XY染色體就只有很少的部分能對得上。
Y染色體上只有大約5％的序列能夠與X很好地匹配，並且可以發生重組（也就是說相互交換混合）。但是Y染色體上剩下的95％的序列需要能夠找到重組的“對頭”，否則它可能會完全消失！（就像已經失去Y染色體的南高加索鼴形田鼠一樣）。
幸運的是，我們的Y找到了一個可以重組的夥伴——自己！
Y染色體內部保有其最重要基因的第二副本。這些副本以鏡像或迴文的形式存在，它們從前或從後讀取都是一樣的（例如，“ABCCBA”）。而Y染色體可以在自己內部的這些基因之間交換DNA片段。此第二副本很有用，因為它意味著Y染色體可以與其自身進行重組，以修復可能的錯誤並生成唯一的新的Y染色體以遺傳給後代。因此，男性傳遞給兒子的可能是相似但不完全相同的Y染色體。
但是，這些並不是Y染色體發生的唯一變化。由於Y染色體的重組的效果比不上“正常”的重組，Y染色體就產生了容易吸收額外DNA突變的傾向，並將這些突變傳遞給子孫。
Y染色體吸收了世代之間的額外變化
當DNA複製並分裂成新細胞時，複製機制有時會出錯。但幸好我們的細胞具有出色的修復機制，可以捕捉其中的大多數的複製錯誤，並且幾乎所有錯誤都可以通過重組來解決。
但是Y染色體因為沒有正常的重組夥伴而不同，Y染色體的複製錯誤無法通過重組形式解決。這意味著兒子的Y染色體很容易與父親的Y染色體產生一些差異，也意味著，父親的Y染色體新產生的一些差異可以n代單傳給男性後代。
如此就可以根據不同地域人群所擁有的突變來了解人類遷徙的歷史（因為外遷者會帶著原住民的Y染色體獨特的突變標記），畫出人類遷徙路線圖。
上圖：世界主要Y染色體DNA單倍群類型遷徙路線圖。
總結
Y染色體確實是祖祖輩輩的父系遺傳下來的，可以用作家族譜系分析，這在如今這個商業基因測序如此發達的時代很方便就可以檢測和了解自己的祖源。讀者可以到網上搜一下基因檢測，一般幾百塊錢就可以做幾十萬點位的檢測，祖源信息是最標準的報告內容。
