德國人對戰略轟炸的研究早在二戰開始之前就已經開始了，德國人也曾設想過通過重型轟炸機遠程奔襲敵人後方，通過無休止的轟炸來破壞敵人的有生力量。德國人不是沒有重型轟炸機，但他為什麼沒能出現在人們的視野中，其中有著很多曲折。
1935年德國公然宣稱將重建新的德國空軍，當時的德國空軍辦公室主任沃爾特·韋弗爾將軍要求組建以4發轟炸機為主力的戰略轟炸機部隊。他的思想在很大程度上受到意大利杜黑將軍《制空權》論的影響，韋弗爾和杜黑一樣，認為重型戰略轟炸機部隊在戰爭中將起到決定性的作用，在德國空軍內部，這種觀點可算異類。而當時在德國，只有道尼爾和容克斯公司有能力設計和製造重型轟炸機。兩家公司因此得到德國空軍部授予的研製重型轟炸機的合同，受命各自建造兩架原型機。
Ju89V1正在進行實驗這是第一架進行正式試飛的德軍重型四發轟炸機
道尼爾公司的設計方案受到了Do-17的影響。容克斯公司方面，首席設計師恩斯特·岑德爾決定以Ju-86作為技術藍本。這可能是一個重大的失誤，因為Ju-86從沒得到納粹空軍的認可。
但無論是道尼爾，還是容克斯，在研製重型轟炸機方面都面臨同一個障礙———動力系統，或者簡單的說，當時德國的發動機生產商還不能提供可靠的高性能大功率發動機。最終，道尼爾公司選擇了布拉莫公司的322型發動機，容克斯公司則選擇了新的戴姆勒-奔馳DB-600A發動機，最大輸出功率為960馬力。布拉莫-322的前身SAM-22B在亨克爾He-46上使用時已經顯示出其原始設計的缺陷—運轉過程中存在嚴重的振動問題，安全性值得懷疑。而容克斯公司看中的DB-600A則受到DB-601發動機生產的衝擊，在戴姆勒-奔馳公司內部處於非優先地位，進展緩慢。對於容克斯來說，最好的選擇可能是他們自己研製的最大輸出功率為1075馬力的新型Jumo-211A發動機，但它當時剛剛投產，而且測試中也顯示還有某些技術問題沒有解決。因此，容克斯公司修改了設計方案，決定以Ju-89V1原型機和V2原型機為藍本研製新的重型轟炸機。
Jumo-211A發動機，容克公司本想將這型發動機安裝到Ju89轟炸機上，但是由於韋弗爾將軍的意外身亡計劃被擱置
1936年6月3日，韋弗爾將軍在德累斯頓附近墜機身亡。此時，道尼爾公司和容克斯公司的4發重轟炸機原型機已經處在製造階段。韋弗爾將軍的身故給德國空軍未來發展方向帶來了深遠的影響，是德國空軍發展的轉折點。他的繼任者凱瑟林將軍對空中作戰沒有任何概念，最重要的是，他對戰略轟炸致勝論並不感興趣。他認為德國最需要的是儘快建立一支結構完整的空中力量，而不是耗費時間等待遙遙無期的戰略轟炸機研製完成。作為務實主義者，凱瑟林認為戰爭即將爆發，德國空軍必須在最短的時間內裝備大量的轟炸機，能達到他的要求的只有結構簡單、技術成熟、製造速度快的雙發中型轟炸機。甚至4發重轟炸機巨大的燃料消耗也成為凱瑟林反對它的理由。在這樣的背景下，容克斯公司和道尼爾公司的重型轟炸機項目前景都蒙上了一層陰影。
這是Ju89正在試飛時的場景，可以看到其巨大的機翼
1936年1月，德國空軍對Do-19和Ju一89已基本不感興趣了。Do-19和Ju-89的最大飛行速度都只能達到290公里/小時，離空軍的要求有較大差距；此外，還有一個重要原因導致這兩種機型的下馬；當時，納粹空軍內部俯衝轟炸機派的意見已經開始佔據上風，他們認為德國轟炸機的水平轟炸精確度達不到要求，轟炸機必須具備俯衝轟炸能力。這樣的要求對於4發重轟炸機而言幾乎是不可能達到的。
1936年12月Ju-89V1原型機完成了它的首飛。飛行測試過程中，容克斯公司又對其氣動外形做了部分修改，如擴大了尾翼面。1937年初，Ju-89V2原型機制造完成並安裝了DB-600A發動機。第三架Ju-89也已開始建造。Ju-89V1/2原型機的評估工作進展順利，測試結果表明Ju-89的性能可以達到當時的標準水平。如果安裝上功率更大的發動機，該機的性能還有更大的提升空間與同時代美國波音公司的B-17對比，可以發現後者性能明顯優於Ju-89。然而，1937年4月29日，在戈林的命令下，Ju-89/Do-19項目被徹底中止、沒有利用原型機進入生產準備階段，也沒有通過安裝適合的發動機加以運行。而德國空軍發展方向開始轉向研製具備俯衝轟炸性能的新重型轟炸機上，這在當時技術背景下，這幾乎是不可能完成的任務。
兩架Ju-89原型機保留了下來作為容克公司進行試驗的母機，特別是作為後續機型Ju-90的測試平臺。兩架原型機在測試中表現出很好的性能，事實上，Ju-89V2原型機在1938年6月4日和8日創下了2項飛行高度世界紀錄：5000公斤載荷情況下達到9312米的飛行高度，在10000公斤載荷下飛行高度達到7242米。岑德爾則被批准使用Ju-89V3原型機的部件和機體來建造大型商用客機。這樣，Ju-90V1原型機在被斃掉的Ju-89項目上誕生了。
Ju89V1正在服役，其參加了之後入侵挪威的戰役，作為運輸機運載武器彈藥，之後就再也沒有這兩架飛機的消息了
戰爭爆發後，所有的Ju-89都被德國空軍徵用，作為運輸機參加了對挪威的入侵。這些飛機都在這次行動中損失掉了，因為之後的行動中再也找不到它們出現的身影。
1939年初，德國軍方再次對遠程海上巡邏機產生了興趣，主要的需求動力來自德國海軍，德國海軍希望其未來在大西洋的行動中能夠得到遠程作戰飛機的掩護。為此，福克·武爾夫公司被要求在Fw-200客機基礎上改進研製海軍用遠程作戰飛機。德國空軍同時還要求建造雙發的He-177，但必須具備俯衝轟炸能力。然而，它一直沒能完全達到這一標準。
He177型重型轟炸機，由於德國空軍過於苛刻的要求，使得其在設計中也漏洞百出，直到戰爭結束也未解決
早在容克斯公司進行Ju一89研製項目期間，德國漢莎航空公司就對其產生了濃厚興趣，希望將它作為運輸機使用。1935年，德國空軍作出決定：容克斯公司在完成Ju一89V3原型機建造後須將其轉交給漢莎航空公司，供後者做飛行測試之用。這說明，可能在當時，德國空軍就已經準備將Ju-89V3作為純粹的運輸機項目發展。1937年4月，德國空軍放棄了Ju-89項目。而漢莎航空公司在1936年初提出了對大型客機的需求，要求客機最多可搭載40名乘客，巡航速度300公里/小時，航程2000公里。容克斯公司很快以Ju-89V3為技術藍本，完成並遞交了設計方案，其中機翼、氣動控制面和起落架直接從Ju-89上照搬過來，未作任何改動。但機身結構完全重新設計。新的方案被定名為Ju-90。
1936年4月，Ju-90V1原型機開工建造。由於部分部件來自建造了一半被停下來的Ju-89V3原型機，因此Ju-90V1的工期比較短，只用了16個月，原型機就開出了組裝車間。綽號“德紹的大傢伙”，動力系統為4臺戴姆勒一奔馳DB-600A1發動機，單臺最大輸出功率1050馬力，持續輸出功率為800馬力。Ju-90採用了現代化的鋁合金承力蒙皮結構，機翼後緣安裝了縫翼。
Ju90繼承了Ju89的一些設計，但針對Ju89的缺點進行了一定的改進，另外該機作為運輸機對機身進行了改造
1937年8月28日Ju-90V1原型機進行了首飛，試飛員是齊默曼上尉。飛行測試顯示飛機設計沒有重大問題，只是垂直尾翼面積需要加大。另外，它們適合空氣動力學的平衡，使操作更容易。Ju-90V1原型機也在試飛中創下了兩項飛行高度世界紀錄：5000公斤載荷條件下達到9312米的飛行高度；10000公斤載荷下升限達到7242米。
DB601發動機，是Bf109的心臟，由於要保證這型發動機的產量DB600計劃被擱置了
但和Ju-89一樣，Ju-90項目也命途多舛。第一個打擊來自於由於帶有燃油噴射裝置的DB-601發動機獲得了奔馳公司的內部生產優先權，原因是DB-601是德國空軍部批准的Bf-109戰鬥機專用動力系統，在生產上擁有絕對優先權。因此，DB-600的測試.生產、改進都被擱置。所以，接下來的兩架Ju-90V2原型機和V3原型機不得不改裝BMW-132H發動機，這種發動機最大輸出功率只有880馬力，持續輸出功率560馬力。安裝BMW-132H發動機的Ju-90被稱為Ju-90B，小批量生產了10架，由於發動機的緣故，它們顯然不能表現出令人滿意的性能。但漢莎航空公司只收到了訂購的8架Ju-90B中的4架，其餘4架被德國空軍拿走了。南非航空公司訂購了2架安裝BMW-132H發動機的Ju-90B。但隨著戰爭爆發，合同中止。
作為客機的Ju90，其擁有出色的航程和承載量，但也因為發動機的無奈，未能達到設計要求
對漢莎航空公司的第二個打擊更嚴重：Ju-90V2原型機在1938年5月交付漢莎航空公司，隨後飛往非洲接受遠程飛行及熱帶環境測試。1938年11月21日，在一次惡劣氣候條件下起飛時，飛機一側的2臺發動機同時失靈，飛機墜毀在巴瑟斯特。漢莎航空公司3名最好的飛行員在事故中遇難。只有3名機組人員倖免。
由於Ju-90B的性能難以令人滿意，容克斯公司最後又製造了第四架原型機——Ju-90V4。相比前三架，Ju-90V4更換了機翼，採用了結構更結實的起落架和功率更大的發動機。新的機翼實際上分為兩段：根部和中部為矩形平直翼型；外翼段則為錐形。原計劃準備採用BMW-139發動機，但由於BMW-801發動機具有優先權，BMW-139的生產受到影響。隨後製造完成的u-90V5原型機就裝備了新型BMW-801發動機，起飛時的最大輸出功率達到1580馬力。除發動機外，V5事實上與V1-V4原型機完全一樣。大概是該機的機身結構不能承受重量和推力都有所增加的動力組件，在驗收試飛中，飛行員駕駛的飛機空中解體。沒人確定到底發生了什麼。
BMW-801發動機，該型發動機安裝在FW190戰鬥機上，所以能提供給容克的發動機少之又少
1939年4月，德國空軍要求容克斯公司在Ju-90基礎上進行進一步發展，研製軍用運輸機。Ju-90V6和V7成為軍用運輸機項目的原型。它們被裝上了新的機翼和改進過的氣動控制面，尾翼部分和起落架設計也做了修改。並在飛行測試過程中按照軍用標準完成了整合和調試。在機身地板上安裝了液壓裝卸滑道，可以使得貨物裝卸更加方便。指揮車、輕型偵察車和輕型半履帶牽引車或20毫米高炮可依靠自身動力直接開入貨艙，在空中飛行時，裝卸滑道也可以開啟，便於空投。V6和V7原型機都安裝有完整的自衛武器系統，包括1座DL-131炮塔；1個裝有MG-15航炮的尾炮位以及1座裝在機身下方吊籃內炮塔。此外，在機身中部兩處都加裝了側向開火的航炮。
在Ju90基礎上進行改造的Ju299型轟炸機，在JU90的設計上進行了局部修改增加投彈倉和自衛武器
Ju-90V7被認為實際上是Ju-290項目的試驗平臺。Ju-90V7在地中海接受了戰火的考驗，並證明了它可靠的性能。隨後，德國空軍又訂購了V8原型機。Ju-90V8是作為轟炸機項目發展的，它也被稱為Ju-90S。V8在1941年9月首飛。德國空軍部此後還訂購了2架原型機（V9和V10），但似乎二戰開始後，它們的製造工作就停頓下來。直到1941年，德國空軍部再次要求容克斯公司繼續進行Ju-90運輸機的發展，並訂購V11和V12兩架原型機。
漢莎航空最終提供了12架Ju-90，但只有6架在1939年9月歐戰爆發前交付。它們連同後續交付的6架在戰爭爆發後被德國空軍徵用。12架Ju-90都參加了挪威的入侵行動，後來，其中的一些回到漢莎航空進行了幾個月的商用飛行，但最終，所有Ju-90都加入了德國空軍。
其實德國人對於戰略轟炸的研究並不比美英等同盟國晚，但受制於戰術戰略的需要而且自身資源的匱乏，德國人不能像美英那樣可以慢慢研究重型轟炸機。這也是德國人最終沒有選擇戰略轟炸的原因之一。這也導致了在戰爭後期遭到英美轟炸時幾乎沒有還手之力的境地。
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