一般來說，在研究實施後，就要圍繞研究主題著手收集並積累相關材料，然後根據相關的統計學方法進行整理，以便後續的分析研究。對於醫學研究論文而言，材料收集與整理是撰寫高質量論文的重要條件，但論文材料來源於科學的課題設計和恰當的實驗方法，所以研究的科學性、創新性、合理性才是完成高質量論文的基礎。達晉編譯指出，醫學研究資料收集與整理的基本要求有：真實、系統、完整、典型、新穎，同時要符合 倫理學的要求。
1.材料的真實是對論文資料最基本的要求，只有從真實的資料中才能發現其蘊含的內在規律，若是從不真實的材料或隨意編造的數據中總結規律，得出的結論必然是錯誤的，這種錯誤不僅無助於臨床決策，還有可能導致臨床決策失誤，進而威脅患者生命安全。因而要尊重事實，從真實的資料著手科學研究。
2.醫學研究的對象通常是複雜並相互聯繫的，這就要求反映研究對象的資料有系統性和完整性，才能從整體上揭示事物的本質和規律，才能對研究對象有較深刻的認識。系統和完整不僅指研究樣本的數量要達到統計學要求，而且每個樣本的信息也必須全面，不能遺漏項目，否則可能使統計結果出現偏差，導致錯誤結論。
3.材料必須符合論文主題的要求並具有較強的代表性和說服力，所以選用的材料要有典型性，要善於從眾多繁雜的材料中選取具有代表性的材料。
4.創新性是研究者創造性勞動的體現，所以在收集材料時要特別注意對新發現、新思路的及時記錄；並要廣泛收集文獻材料，從中選取能反映新進展、新成果的新材料，將這些具有新穎性的材料納入論文之中。
5.醫學研究的目的在於促進人類對疾病的認識水平，進而提高診療水平，改善人類生存狀態。醫學科研的目的是為了維護和增進人類健康和造福於人類，因而醫學科研不同於其他學科科研活動的關鍵在於，它總是直接或間接地為人的生命和縫康利益服務，所以不管醫學科研工作者是否意識到，整個醫學科研活動都會始終在人類道德天平上，接受道德檢驗。
因此科學研究應注重研究對象的利益、符合倫理，在進行人體或動物的生物醫學研究時，要經過相關醫學倫理委員會的審查，以維護研究活動參與者的尊嚴、權利和安全。在收集資料時應向研究對象說明來意，徵得同意後才能開始收集資料；當研究涉及個人隱私時，更要尊重研究對象的要求。
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