人們在長期的醫學實踐活動中，形成了以文字或圖形等形式表達、交流醫學研究成果或實踐經驗的特殊文體，也就是醫學論文。醫學論文寫作是一門文理滲透、相互交叉的邊緣學科，它既涉及醫學領域的各個方面，也涉及語言、文字、邏輯學、倫理學、哲學等。下面，達晉編譯從三個階段闡述醫學論文的形成過程。
一、準備階段。前瞻性研究類醫學論文寫作的準備階段，實際上是從實驗論證和實驗設計時開始的。因為，論證過程所獲得的文獻資料及實驗設計的具體細節等都是為寫作充分準備材料的過程，所以，論文能否寫出水平，首先取決於科學、充分的實驗論證和嚴謹、合理的實驗設計，並注意實驗過程的記錄、資料收集和整理。論證和設計工作越充分、越嚴謹、越具體，寫作時就會越順利。假設由於論證有缺陷，設計分組缺乏可比性，控制條件不嚴或記錄疏漏等，均可使寫作難以順利進行，甚至出現無法彌補的後果。
臨床資料回顧性論文寫作的準備階段，表面上看是從到病案室查找資料開始的，實際上是從病人的經治醫生記錄病歷首頁就開始了。例如，病案記載不全或必要的檢查未做等，就有可能不被列入應收集的資料。因此，病案記錄是十分重要的。同樣，其他類醫學論文寫作同樣有其準備階段。
總之，這一階段就是充分佔有資料或寫作素材的階段。當然，準備階段還應對原始資料進行鑑別、統計分析等。例如，根據資料的性質和特點，確定寫成一篇論文還是幾篇論文？哪些用文字表達，哪些用圖或表表達？如何處理涉及保密的內容？此外，還應熟悉擬投期刊的稿約、編排規則，擬定題目和提綱等。
二、寫作階段。一般包括初稿寫作、修改、潤飾和謄寫四個步驟。但是，根據個人寫作能力和隨著計算機的廣泛應用，這四個步驟不是絕對的，如在計算機上寫作就可免除謄寫。對於初學寫作者或寫作能力較差者，應按以下具體寫作步驟進行：
1.初稿寫作：根據掌握的素材，確定相應的論文體例後，以寫作提綱為主線，爭取一氣呵成，連續寫完，不必刻意追求語法、修辭、名詞術語、縮寫形式等方面的完善。
2.修改：應先從題目、分級標題、結構安排等入手，然後再考慮邏輯、語法、修辭、專業術語、縮寫、圖表等。否則，修改得很好的段落或句子，有時不得不服從總體而刪除或再次修改。修改時應認真推敲題目是否概括了全文的核心內容，標題與標題之間、標題與正文內容之間是否銜接緊密，圖表是否需要刪改、簡化、合併或補充，有無設計或繪製錯誤，自明性如何，邏輯推理、語法、修辭、專業術語或縮寫形式等均應一一推敲。
3.潤飾：是修改的延續或深化。潤飾前最好將修改稿請有關專家或同行審閱，徵求他們的意見。在以自己為主，同時又充分聽取別人意見的基礎上，對全文進行潤飾加工，作最後敲定。
三、處理退修稿階段。修稿是醫學論文寫作的重要組成部分，作者需要結合原稿仔細閱讀審稿意見、所提疑問等，並分析、判斷這些意見是否正確，確定哪些意見應該採納並遵照修改，哪些意見有待協商，哪些應該堅持自己的見解並與審稿專家或編輯商榷、探討或說明等。對正確的意見應逐條修改；對有待協商的問題應開誠佈公地提出自己的見解，並提出可供參考的依據；對認為不正確的意見，應採取慎重態度，反覆查閱有關資料，認真核實原始記錄，並證明自己是正確的。對這類情況，作者不應迴避問題，而應真誠地進行書面答辯或必要的解釋。
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