南美洲国家秘鲁与厄瓜多尔原都属于西班牙殖民地，1542年，西班牙王室在利马设总督府，建立秘鲁总督区，秘鲁属秘鲁总督区管辖。厄瓜多尔原属秘鲁总督区管辖，后划归新格拉纳达总督区管辖。秘鲁、厄瓜多尔两国独立后，由于在前殖民统治时期对边界定义模糊不清，边界一直没有正式划定。
1、双方对东方省的争夺
秘鲁和厄瓜多尔二国独立后，二国为了争夺东方省及当地的野生橡胶资源而多次爆发冲突，争执领土位于马拉尼翁河、纳波河和科迪勒拉山脉之间，面积约8万平方英里。双方为了领土争端，时而在谈判桌上唇枪舌剑，时而于高山丛林间武装冲突。但囿于实力和环境所限，动作都不大。
第二次世界大战爆发前，美孚石油公司在亚马孙河上游发现了石油，双方冲突进一步加剧，争夺遂愈演愈烈。
1941年7月12日，秘鲁军队全面闪击厄瓜多尔，于北方边境的东西两端同时发难。居民们一觉醒来，只见满天密密麻麻的降落伞，美洲大陆上第一次空降作战大获成功。秘鲁军不但攻入了争端的东方省，而且进攻了沿海的埃尔奥罗省，并占领了首府马查拉港。
7月22日，在东部萨鲁米利亚地区丛林，装备落后且士气低下的1800多名厄瓜多尔军被1300名秘鲁军彻底击溃，不仅被逐出了全部争议地区，连原本通往亚马逊河的多条通道也都先后丢失。
当厄瓜多尔面临丧失全部科迪勒拉山脉以东领土的危险时刻，美国不希望看到后院动荡干扰迫在眉睫的第二次世界大战，于是联合阿根廷、巴西和智利作为保证国展开了调停。1942年初，秘鲁和厄瓜多尔签署了《里约热内卢议定书》，根据该议定书：
厄瓜多尔丧失了西部埃尔奥罗省的一部分约5000平方英里的土地，放弃了对东部亚马孙河流域秘鲁实际控制区的领土要求,并被剥夺了共管亚马逊河的权利。新的边界线不仅使厄瓜多尔丧失了三分之二的东方省，而且失去了通向亚马逊河的通道。
2、双方对塞内帕河谷的争夺
按照《里约热内卢议定书》的规定，双方开始漫长的实地勘界，谁知又横生枝节。在同为南北走向的萨莫拉河和圣地亚哥河一带，议定书规定以流域分水岭为边界。但到1946年首次飞越该地区的飞行员发现，两条河之间原来还有一条塞内帕河，也就是说存在大致平行的两条分水岭。那么边界到底应该划在哪里？担任仲裁的美国认为西边的萨莫拉河由南向北流，而塞内帕河和圣地亚哥河都是由北向南流，因而裁定靠西的孔多雷山脉为主分水岭。这等于彻底封死厄瓜多尔通往亚马逊河的水上航线，因而招致他的强烈不满，使得这一带78公里长的边界始终未有定论。
二十世纪八十年代初，在有争议的孔多雷山脉—塞内帕河谷地区发现了蕴藏丰富的金矿和铀矿，两国的争议再一次升温。
1981年1月，一支秘鲁的巡逻队发现厄瓜多尔军队在孔多雷山南侧修建了一个名叫帕奎沙的前哨据点(厄瓜多尔军队在孔多雷山北侧也有一个叫做帕奎沙的据点)。秘鲁军队开始组织对厄瓜多尔哨所的进攻，秘鲁空军出动战斗轰炸机对厄瓜多尔军哨所进行轰炸，随后，秘鲁陆军航空兵直升机搭载空降兵夺取帕奎沙哨所。
1995年初，两国开始在塞内帕河谷地区集结军队。1月27日，十万秘鲁军和四万厄瓜多尔军被紧急动员，大量装甲车太平洋沿岸边境集结对峙，全面战争一触即发，《里约热内卢议定书》的四个保证国——美国、阿根廷、巴西和智利强烈要求双方立即停火。
2月10日下午，到了最后摊牌的时刻，双方爆发了美洲大陆的首次大规模喷气式战斗机空战。
2月22日，一支大规模的秘鲁陆军部队乘坐运输直升机越过边境线进入厄瓜多尔境内，双方在提温扎哨所附近地区展开了大规模血战。战至此时，厄瓜多尔空军已经完全占据了战场上空的制空权，因此虽然在距战场32公里远的秘鲁空军机场就停着几架攻击机，但是他们始终不敢出动支援地面战斗。
由于缺少空中支援，秘鲁人的最后一次大规模进攻草草收场。利马当局宣布：提温扎哨所是有争议的地区中厄瓜多尔占据的最后一个边境哨所。
1998年10月26日，秘鲁总统藤森和厄瓜多尔总统马瓦德签署了《巴西利亚总统条约》。参加签字仪式的还有《里约热内卢议定书》四保证国代表美国总统克林顿特使麦克拉蒂、巴西总统卡多佐、阿根廷总统梅内姆和智利总统弗雷以及西班牙国王和王后的代表与教皇的代表等。
《巴西利亚总统条约》的签署结束了两国间一个多世纪的边界冲突和领土争端
最终塞内帕河谷边界
最终双方边界
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