中國科學院動物研究所團隊開發新型遺傳篩選系統 BioArt 今天


正向遺傳學篩選技術是目前研究表型和基因之間關係的重要手段。隨著高通量測序技術的發展,正向遺傳學篩選技術被越來越多地應用於複雜生命過程的研究。傳統的正向遺傳學篩選常採用物理或化學誘變法,即實驗對象經過射線照射或化學誘變劑處理後構建突變庫,然後從突變庫中篩選出具有特定表型的突變體,最後鑑定這些突變體在基因組上發生了哪些變化,從而建立起基因與表型之間的關係。近些年,基於可編程核酸內切酶(例如CRISPR-Cas9)技術,人們構建了一套集成文庫設計與合成、載體構建與轉染、變體篩選與鑑定的實驗流程,用來研究表型與基因型之間的關係。儘管這套實驗方案能夠高效準確地篩選出調控相關表型的基因,但是在操作過程中具有成本高、費時費力等缺點。


2020年3月20日,中國科學院動物研究所李偉研究員和張映副研究員合作團隊(博士生毛俊傑許凱韓稼葆為共同第一作者)在Protein & Cell雜誌上發表文章 Rapid construction of a whole-genome mutant library by combining haploid stem cells and inducible self-inactivating PiggyBac transposon ,構建了“One-Shot” 篩選系統。


中國科學院動物研究所團隊開發新型遺傳篩選系統  BioArt 今天


在這項研究中,研究人員結合了轉座子技術和單倍體幹細胞技術,將包含誘導自失活PiggyBac基因捕獲元件(induced self-inactivating PiggyBac gene trapping element)的slingshot篩選系統定點整合到單倍體幹細胞的mRosa26位點中,構建了“一”個細胞只包“一”含個捕獲元件、每次誘導轉座只發生“一”次基因捕獲的單靶點篩選系統,命名為“One-Shot” 篩選系統。由於“One-Shot”篩選系統將篩選元件定點整合到了基因組中,且該篩選元件為4-Hydroxytamoxifen (4-OHT)誘導的轉座系統,所以“One-Shot“系統在誘導之前是均質的,能夠凍存和擴增。在篩選之前,只需要用流式細胞分選技術富集”One-Shot“中的單倍體,經過細胞擴增,加入4-OHT誘導3天后,即可獲得突變體庫,從而省略了文庫合成、載體構建、細胞轉染等步驟。除此之外,“One-Shot”系統避免了轉染過程中一個細胞進入多個篩選元件的弊端,從而降低了篩選過程中的假陽性率。運用“One-Shot“系統,研究人員進行了幹細胞多能性相關基因以及嘌呤黴素(puromycin)抗性基因的篩選。


通過對篩選得到的基因進行功能驗證,證實“One-Shot”系統是一個方便、高效的高通量正向遺傳學篩選工具。

未來結合單倍體胚胎幹細胞分化成單倍體體細胞的能力,這個系統也能夠轉移到體細胞上進行遺傳篩選。同時,如果用其他元件(例如CTCF binding site)替代”One-Shot“系統中的trapping元件,也有望進行非loss-of-function的其它類型的遺傳篩選。


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圖注:One-Shot篩選系統


原文鏈接:

https://link.springer.com/article/10.1007/s13238-020-00702-0


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