克林顿总统还交给《日本是第一》一书的作者、哈佛大学的艾兹拉·伯肯鲁教授一克林顿个任务，命令其与奈一起，决不能让日本成为第一。为此，美国政府从国家利益的战略高度重新调整了对日政策，决定动用1988年美国国会为对付不公正贸易而通过的以超级301条款为核心的“综合贸易法案”。1989年美国以不公正贸易为由正式向日本提出了“超级301条款”，对日进行制裁。同时，美国认为，它的商品不能打入日本市场还与日本的经济结构有关。1989年5月，布什总统指示与日本交涉有关经济结构问题。1989年9月，日美结构协议谈判开始举行。美国提出了200项以上的改善结构障碍的条款。改造协议实际上是美国对日本的制裁。它从对日本贸易政策的批评开始，涉及到日本的经济政策，企业行为，商业习惯，甚至于日本的产业文化，最后归结到打击和“改造日本”的目的。接着，1993年7月，新当选的美国总统克林顿在《美日结构协议》中，要求日本进一步开放国内市场，并为减少贸易顺差确定数字指标，日本拒绝。
1994年初，日本宣布调整对美国零部件的采购政策，美国则以“超级301条款”相威胁。1995年日本在谈判中仍拒不接受美国市场开放的数字目标，并提出了5年过渡方案，受到美国强烈抨击。美国不失时机地抓住占对日贸易全部赤字60％的汽车贸易（1004年达370亿美元）这一最大元凶进一步对日开刀。当95年5月5日的日美高层汽车贸易谈判中因各不相让而宣告破裂时，美国为逼使日本就范，根据“超级301条款”断然宣布了对日实行贸易报复的清单，即对日本向美国出口的五大汽车公司在日本本土生产的13种，20万辆高级轿车征收100％的关税，惩罚金额达59亿美元。
与此同时，美国向世界贸易组织提出申诉，要求对日本封闭市场行为予以处分。日本对美国的压打，虽然曾毫不示弱进行“反抗”，但在最后关键时刻还是“屈服”了。仅如此，而且美国还与西方各国联手，通过操纵国际外汇市场的走势促使日元升值来打击和制裁日本。如前所述，进入90年代后，日本国内“泡沫经济”破灭，经济陷入衰退（也称平成萧条），股价、地价暴跌，消费萎缩，公司倒闭，金融机构陷入困境。正是在这种情况下，日元出现了与其实际经济情况截然相反的变化。1993年初，美国财政部部长劳埃德·本森表示，强势日元有利于美国经济，于是美元便在美国政府的主导下一路贬值。1992年1月20日，日元兑美元由144.79急升122:1，1993年8月17日再升到100:1。
之后，在西方各国持续推促日元升值的情况下，1995年4月19日，日元更升到79.75:1的高价。对“外部环境”严重依赖，尤其对美欧操纵着的“国际经济环境”十分敏感的日本，由于同美欧经济上的对立和摩擦，自然失去了西方的特别照顾。外部环境的不断恶化和“打喷嚏”，使得日本经济连连“感冒”而久病不愈，饱受着折磨和“摧残”。日元的急剧升值，无疑使处于萧条、急待恢复的日本经济更是“雪上加霜”，破坏了日本国内的价格体系，使企业收益降低，资本纷纷外迁转移，国内投资不振；同时，产业空洞化加剧，失业率上升，收入增长停止，消费低迷，从而使日本经济的复苏更加举步艰难。于是，日本由最初的急躁、沉不住气开始向怨天尤人、唉声叹气的悲观情绪转化，“日本完蛋了”，“日本从此以后将潇洒地走向衰落”“日本是19世纪的英国”等论调开始取代“日本神话论”“21世纪是日本的世纪”“日本是不可战胜”等论调。加上1995年的神户大地震，奥姆真理教，一种世纪末的悲哀如同迷雾阴云般弥漫覆盖在整个日本岛的上空。
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