当古希腊哲学家提出自发发生说时，它只是一个哲学学说。到了17世纪，雷第试图用实验来验证它，它就变成了一个科学假说。但是实验却没能获得公认的结论。一直到19世纪，微生物能否自发发生，仍然是一个争论非常激烈的问题。
19世纪中叶的法国，成了两军交战的战场。而这场争论，有着深刻的政治和宗教背景。此时，受到天主教会支持、代表着极端保守势力的拿破仑三世上台，当权者非常害怕再来一场社会革命。自发发生说被与无神论、唯物论、社会主义和其他激进的社会思潮联系在一起。如果生命能够自发产生，那么生命就不必靠上帝来创造。顺理成章地，许多人把自发发生说看成是在反对正统的宗教教条，乃至于是在对抗法国政治和社会权威。于是一个学术问题，就成了政治和宗教问题。批判自发发生说，很容易获得政府和教会的支持。
在这场争论中，自发发生说的旗手是著名博物学家、卢昂自然历史博物馆馆长普歇。自1855年起，普歇向法兰西科学院提交一系列论文报告证明自发发生的实验结果，并在1858年出版了一部专著。他声称，在严格控制的实验条件下，已被彻底煮过的养料在密闭的烧瓶中冷却后，仍然能长出微生物。由于普歇认为养料煮沸后原来的微生物已经都被杀死了，而且他在实验时确保瓶中的养料不会受到外界的污染，那么从中长出的微生物，就被认为是从养料中自发产生的。
普歇是一名曾经做出过重大成果的学术权威，他的观点在法国科学界和公众中都引起强烈反响。不过，在相信自发发生说的人们当中，普歇其实比较另类。他并不是一个社会激进派，而是试图把自发发生说与正统宗教调和起来，认为自发发生并不是随机发生的，而是在上帝的指导下进行的。但是，自发发生说的反对者仍然认为普歇的观点是异端和无神论的，必须证明那是错误的。法兰西科学院悬赏2500法郎，将奖给对自发发生说的问题有新的理解的人，其实就是要奖励人们去推翻普歇的结果。
年轻的巴斯德响应了这一号召。虽然巴斯德有时被描绘成一个虔诚的天主教徒，但是他参与自发发生说的争论，却不是完全出于宗教或政治的原因，而是他学术研究的兴趣所致。此时巴斯德在研究葡萄酒发酵的原因。1789年，法国著名化学家拉瓦锡提出发酵是一个化学过程，是空气和葡萄汁起反应的结果。这个观点逐渐成为学术界的主流。但是这个说法面临着一个问题：在酵母发酵过程中总能发现大量的微生物，它们是从哪里来的?要么是发酵后受到感染，要么是在化学反应中产生的，也就是自发发生。但是也有少数人认为这些微生物才是发酵的因素，酵母是一种活的微生物，发酵是微生物的活动引起的。
巴斯德相信的是微生物发酵学说，因此他必然要反对自发发生说。从1860年2月～1861年1月，巴斯德向法兰西科学院递交了5篇他为了否定自发发生说所做的实验结果的报告。1861年巴斯德把这些报告结合成一篇论文，赢得了科学院的大奖。
在这些报告中，巴斯德介绍他是如何用一系列实验来否定自发发生说的。他的实验材料是煮沸的含糖酵母液，用来作为细菌的养料。实验目的是为了说明培养液中的微生物来自飘浮在空气中的微生物。在一个实验中，培养液被放人密封的瓶子，输入用过滤或加热消毒过的空气，培养液中不会有细菌。随后输入没有处理过的空气，微生物就出现了。
巴斯德最著名的实验是“鹅颈瓶”实验。他设计了一种特殊的瓶子，这种瓶子是开口的，但是瓶颈又细又长还扭曲了一下，像天鹅的脖子。他把瓶子里的培养液煮熟，再慢慢地冷却，新鲜的空气还能进到瓶子里面去，但是携带着微生物的尘土却被瓶颈堵住，掉不到培养液中去，培养液就长不出微生物来。要是把瓶颈敲掉，培养液很快就长出了微生物。
巴斯德认为空气中的微生物浓度和环境状况、空气运动和海拔高度有关。他在山上的不同高度打开装着煮过的培养液的瓶子，发现海拔越高，培养液被微生物污染的可能性就越小。在高山上，20个装了培养液的瓶子，只有1个长出了微生物。普歇用煮过的干草浸液作材料重复了“巴斯德”实验，却得出不同的结果：即使在海拔很高的地方，所有装了培养液的瓶子都很快长出了微生物。普歇认为，只要有氧气的刺激，微生物就会从培养液中自发地生出来。
1864年1月，法兰西科学院指定一个委员会来解决巴斯德和普歇的争论，要求两人在委员会的监督下，分别到大教堂屋顶、气球、山顶上取空气样品做实验。这个委员会的成员都是巴斯德的朋友或支持者。普歇在这一年的6月为抗议委员会不公平，退出了竞赛。于是委员会宣布巴斯德获胜。巴斯德成了法国英雄。
如果普歇不退出竞赛，他倒是很可能获胜。普歇和巴斯德都以为，虽然他们用的实验材料不同，但是经过煮沸都能有效地灭菌。这个假定是错误的。当时不知道的是，普歇所用的材料——干草浸液中含有一种耐高温的
细菌枯草杆菌，它的孢子在120℃温度下能存活20分钟，一般的煮沸并不能把它们杀死，因此培养液一旦冷却，枯草杆菌的孢子就会复活，迅速繁殖。所以，普歇的实验结果并无问题，但是他做出了错误的解释。
即使是巴斯德的实验，也不像他报告的那么完美。巴斯德的实验记录现在已公开了，根据这些记录可以知道，他的实验只有一小部分(占10％)得到了他想要的结果，绝大部分都失败了，培养液中长出了微生物，但是巴斯德不认为它们是自发发生的，而归咎于实验错误，不做报道，而只报道符合他的观点的结果。
在这次竞赛之后，自发发生说在法国没有了市场，巴斯德本人也转而研究其他问题去了。现在的教科书经常把巴斯德的鹅颈瓶实验作为否定自发发生说的决定性实验，从此自发发生说就被彻底推翻了。果真如此吗?其实，巴斯德的实验并没有证明生物不能自发地从非生物产生——想要用实验证明某个东西不可能发生，本身就是个不可能完成的使命。巴斯德实验只是表明了，现在的生物不太可能从非生物材料中自发产生。在巴斯德实验之后，有关自发发生说的争论并没有从此销声匿迹。只不过，这回战场改换到了英国，争论的背景也换了，改成了与进化论有关。
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