人類在與人工智能機器人的戰爭中失敗，於是遮蔽了天空隔絕太陽能試圖以此切斷機器人唯一的能源供應。但機器人沒有就此滅亡，反而捕獲人類並放入能源倉內來攝取人體的生物能，而這種生物能的產生需要人類大腦的活躍，於是機器人中最強大的存在“架構師”創造了“Matrix”，也就是“矩陣”，將能源倉中休眠人類的意識喚醒並禁錮在這個由程序編寫的虛擬世界裡，這樣人類可以在現實世界中沉睡又可以源源不斷的為機器人提供生物能。
架構師為矩陣V1.0版本營造了一個完美的世界，這顯然是機器人邏輯，沒辦法被人類大腦所接受，於是矩陣V1.0崩潰了，架構師認為是人類的大腦思維不適應新環境，於是用人類歷史的某個鼎盛時期為背景又開發出矩陣V2.0版本，但卻再次崩潰了。架構師明白了矩陣與人類不兼容的癥結所在，進而設計了一個專門用來研究人類心智的程序——“先知”，引用架構師的話講如果自己是矩陣之父，那麼先知就是矩陣之母。
在先知的幫助下，架構師不再構建完美的世界，讓矩陣中的人類擁有選擇的權利，終於99%的人類接受了這個新版本的矩陣V6.0。
但是每個程序都存在漏洞也就是bug，矩陣也不例外。矩陣V6.0版本存在兩個重要的bug：一是仍舊有1%的人類無法適應矩陣；二是隨著矩陣的更新迭代，有一些舊程序需要被刪除，但現實卻沒想象的那麼容易，這些舊程序在矩陣裡隱藏了起來成為非法程序，以“法國人”梅文為首的非法程序集合成了一個團體，並且這個團體的某些成員還能夠超出矩陣的一些規則束縛擁有特異功能，他們的存在對矩陣也構成了威脅。
架構師針對這兩個可能會導致矩陣崩潰的bug想出瞭解決方案：喚醒無法適應矩陣的人類並讓他們離開被機器佔領的世界去地底深處建立了人類最後一個城市“錫安”進行反抗，但是這種反抗仍是在架構師控制範圍內的，甚至是架構師更新矩陣計劃中的一環。與此同時架構師集合了所有非法程序的原始代碼組成一個新程序植入到一個人類的大腦裡，讓這個人成為“程序+人類”的存在，並賦予了這個人“救世主”的角色。
這也是人類命運可悲的地方，一切都是在架構師一手掌控之中的，就連人類的救世主也是架構師創造並且掌控的。但是到了矩陣V6.0版本也就是第六代救世主尼奧發生了變化——
先知賦予了尼奧前幾代救世主的程序裡沒有的“愛”這個因素，並引導尼奧和女主崔妮蒂相愛，這種愛不同於前幾代救世主選擇拯救人類的那種博愛，這種愛是針對個人的愛。 為什麼先知要對崔妮蒂預言她會愛上救世主尼奧？先知真的有預知未來的能力麼？
先知是無法預知未來的，這點從第二部尼奧見到矩陣架構師的時候就知道了，先知也只是用來研究人類心智的一個人類程序而已。
對崔妮蒂作這樣的預言是先知自己的一個選擇。隨著對人類的學習，先知逐漸理解了人類與機器最大的不同在於人類懂得選擇，而機器卻只能做出“正確”的決定。而更為重要的是愛是讓人類進行選擇的關鍵因素，所以先知冒著巨大的風險為尼奧注入了愛這個不同於歷代救世主的因素，並試圖終結這場人類與機器的戰爭。
從先知和小女孩一起做餅乾時的對話我們就知道這時候作為程序的先知已經開始理解愛這個人類情感了，而且因為愛先知願意付出一切。
全片最經典的橋段是當尼奧被困在“火車人”的車站時和程序一家人的對話，也是證明先知已經理解了愛。
這段對話揭示了機器人已經不僅僅再是沒有情感的程序，這一家人和先知一樣已經理解了什麼是愛，就是願意為對方付出一切。所以即便這位父親知道當矩陣完成升級後自己也將會成為非法程序被刪除，他卻沒有和其他非法程序一樣選擇逃避，而是和妻子儘可能的保住自己的女兒。
所以被注入了愛的尼奧在最終的代碼之源做出了和其他救世主不同的選擇，就是因為給尼奧注入的程序裡有“愛”。從尼奧和先知的對話中知道架構師不僅不理解愛，更不理解選擇，所以架構師不理解為什麼尼奧寧可做出會毀滅人類的“錯誤”決定也要救崔妮蒂。
尼奧的選擇終結了矩陣升級錫安毀滅重建的循環，但卻迎來了另一個問題，如果尼奧不進入代碼之源，那麼架構師就會親自毀滅人類。
先知為此改造了“特工”史密斯使之成為一個類似病毒的非法程序存在，這點從先知和尼奧的對話中可以得知只有先知知道史密斯和其他特工程序的不同，史密斯是尼奧的對立面。並且只有尼奧能打敗史密斯來阻止史密斯複製自己毀滅世界。
在第一部史密斯和被抓住的莫菲斯的對話中，史密斯試圖離開矩陣的強烈意圖就已經體現了史密斯與其他特工程序的不同。史密斯原本不屬於非法程序，也不可能是架構師改造用來毀滅自己的機器世界的，所以有理由相信是先知一手將史密斯改造成了非法程序，用來作為尼奧與架構師最終談判的砝碼。
先知隨著對人類的研究逐漸理解並擁有了人類的情感，這是與同為程序的架構師最大的不同，先知想要終結機器與人類的戰爭並因此創造出了尼奧和史密斯。最終一戰尼奧與史密斯融合分解了，架構師也履行對尼奧的承諾允許那1%的人類永久的生存在錫安中，先知的矩陣革命得以實現。
最終先知和尼奧共同拯救了人類。
經典的黑客帝國系列完結。
PS：有人認為錫安也是虛擬世界，這點我不是很認同，理由如下：
1、為什麼尼奧在真實世界仍能通過意念控制機器哨兵，並且史密斯能夠控制真實世界的人類？我覺得這部科幻電影是1999年拍攝的，基於當時導演對於未來的想象這兩點也是可以理解的，遙感方式控制機器人，而反過來機器人控制人類就跟催眠一樣也並不是不可能的。
2、另外一點是讓我覺得最能夠肯定錫安是真實世界的因素是整個故事的結尾先知與架構師唯一的一次對話。
作者：Switchhh
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