說脫脫帖木兒走上歷史舞臺，脫脫是回族中的一個姓，作為姓不是念做（ tu ō tu ō ） ，而是念做（ tu ì tu ì ） ，雖然是姓，但是人們都稱脫脫帖木兒為脫脫，而不是帖木兒。 至元五年（ 1339 ），脫脫曾兩次準備下手，均因準備不足而未下手。至元六年（ 1340 ）二月，伯顏邀請元惠宗去柳林打獵，由於此時君臣二人已經攤牌，元惠宗自然是託疾不去。可是伯顏怕元惠宗在京中生事，可又想打獵，於是便帶著太子燕貼古思同往。在他看來，皇位繼承人在手，皇帝要是敢作亂，自己也可用太子號令天下。
伯顏一離京，脫脫等人立即開始了行動。與元惠宗的心腹世傑班、阿魯合謀將所掌握的衛軍控制了京師，將各門的鑰匙收在手中，派親信列布城門下。之後，元惠宗在玉德殿下詔給近臣汪家奴、沙剌班及省院大臣先後入見，接著下詔貶黜伯顏，詔曰：“朕踐位以來，命伯顏為太師、秦王、中書大丞相，而伯顏不能安分，專權自恣，欺朕年幼，輕視太皇太后及朕弟燕帖古思，變亂祖宗成憲，虐害天下。加以極刑，允合輿論。朕念先朝之故，尚存憫恤，今命伯顏出為河南行省左丞相。所有元領諸衛親軍並怯薛人等，詔書到時，即許散還。”
與此同時，脫脫派太子的怯薛（禁衛軍）月可察兒率三十騎暗中潛到柳林太子燕帖古思的大營，連夜將燕貼古思接回京師，斷了伯顏後路。待到第二天天明，得知消息的伯顏匆匆率兵回京，卻只見大都城各門緊閉，派人叫門，無人應答。而侄子脫脫則倨坐城門之上宣讀罷黜伯顏的聖旨，並明言“有旨黜丞相一人，諸從官無罪，可各還本衛”。伯顏沒了太子，便沒了武力相抗的憑藉，諸衛士兵見伯顏失勢，哪裡還願為他賣命，四散歸營。有著二百四十六個字官銜的伯顏頓時成了光桿司令，最後要求“陛辭”，見惠宗一面。但元惠宗哪裡還願見他，把伯顏流放南恩州陽春縣（今屬廣東）安置。無奈之下只能啟程南下而去，真是應了那句童謠，讓伯顏“望南飛”了。
被侄子一舉扳倒本已經淤積於胸的伯顏又遭打擊，年過半百的他哪裡還能承受的住，終於沒能到達廣東，便於途中病死在龍興路（今江西南昌）驛舍。這真是那句電影名言：“出來混，遲早要還的。”伯顏倒臺，惠宗終於拿回了皇權，成為大元朝真正的主宰者。壓在他心頭的仇恨終於可以宣洩了。
伯顏死去三個月後，至元六年（1340年）六月，元惠宗正式下詔將文宗牌位遷出宗廟，廢除其廟號，對元文宗皇后卜答失裡，更將太皇太后名號革去，流放東安州。至於燕帖古思，也廢除太子名位，流放高麗。因為元惠宗妥懽帖睦爾當年被元文宗流放高麗，自己得勢後也將其兒子流放高麗，可算是特意的報復。但元惠宗再一想，他自己是從流放的境遇中死灰復燃的，當然不希望燕帖古思重蹈覆轍，就密令處死燕帖古思。那位曾經到柳林接燕帖古思的太子的怯薛月可察兒一接到皇帝的命令，就在流放途中將燕帖古思殺害。不久，得知兒子遇害的元文宗皇后卜答失裡也在貶所淒涼死去。元惠宗完成復仇之舉後，祭告父親元明宗，並追上諡號。次年正月，元惠宗改元“至正”，任命脫脫為右丞相，宣佈將“與天下更始”，準備大展宏圖、中興元朝。
脫脫上臺後，即大刀闊斧地廢除伯顏“舊政”，推行一系列新政，史稱“脫脫更化”。首先是恢復伯顏廢黜的科舉制度；接著設置宣文閣，恢復太廟四時祭；然後平反昭雪了一批冤獄；還開馬禁、為農民減負，放寬政策。可以說，脫脫上臺後，下令免除百姓拖欠的各種稅收，放寬了對漢人、南人的政策。中國曆來有修前朝歷史的傳統，元朝建立以後，宋遼金三朝的歷史一直沒有正式編寫過。至正三年三月，公元1343年，元惠宗妥懽帖睦爾下詔修遼、金、宋三史，任命脫脫擔任總裁官。後來，這三部史書被列入中國正史《二十四史》，而二十四史中，只有《宋史》《遼史》《金史》三部是少數民族宰相主編的，也只有這三史是漢族和其他少數民族歷史學家共同完成的。
脫脫在四年多時間的改革中，使元朝末年的昏暗政治一度轉為清明，取得了不少成績。在元惠宗的勵精圖治與脫脫的勤勉能幹之下，至正初年的元朝一度呈現迴光返照的局面，在伯顏時代受壓抑的漢族儒生也為之振奮，當時的歐陽玄寫道：“至正賓興郡國賢，威儀重見甲寅前。杏園花發當三月，桂苑香銷又七年。豹隱山中文澤霧，鵬搏海上翼垂天。明時禮樂須奇俊，莫道儒生自聖顛。”
《元史·蘇天爵傳》）記載當時皇帝用功讀書，注意節儉，頗有“勵精圖治之意”，《元史·脫脫傳》記載，脫脫治國有方，“中外翕然稱為賢相”。至正四年（1344年）五月，脫脫因病辭相。至正七年（1347）六月，馬札兒臺被右丞相別兒怯不花彈劾，元惠宗把馬札兒臺貶去甘肅，脫脫力請同行以照料父親，於是一起到甘州（今甘肅張掖）就養。同年十一月，馬札兒臺病死，脫脫就回京師。轉年，元惠宗任命脫脫為太傅，負責東宮事務。
脫脫辭去相位後，阿魯圖、別兒怯不花、朵兒只先後任右丞相。這段時間有5 年多，元惠宗雖仍有勵精圖治之志，曾推出一些新政，但從整體來說，元朝政治腐敗已不可挽救。加之天災頻繁，農民起義和少數民族起義此起彼伏，社會矛盾進一步激化。面對日益加深的社會危機，妥歡貼睦爾於至正九年（1349）閏七月命脫脫復為中書右丞相。脫脫復相後，慨然以天下為己任，下決心治理這瘡痍滿目的社會
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