全長轉錄組分析大升級

二代轉錄組測序因其讀長較短的原因，需要通過拼接來重構轉錄本，往往難以獲得RNA的完整序列。基於三代測序的全長轉錄組技術，憑藉超長讀長的優勢，可以輕鬆獲得轉錄本的完整序列，全面解析基因的結構，如可變剪切、融合基因、可變多聚腺苷酸化（APA）及其他的基因結構或變異等。

經過數月的精心打磨，安諾基因對原有的全長轉錄組標準分析內容進行了全面升級優化，涉及純三代與二三代聯合分析這兩大模塊的9個條目，並新增3項高級分析條目，只為提供更全面、更便捷、更細緻的服務！

全長轉錄組信息分析流程

升級No.1：匹配最優分析軟件

以可變剪切（AS）、融合基因（fusion gene）為主的分析內容，安諾基因參照近年來已發表文獻，經多項測試綜合對比，篩選出檢測靈敏度最佳、性能最優的軟件，並調整參數設置，將目標轉錄本的檢出率成功提高數倍，大大提高了數據的有效利用率，為後續分析提供更多候選基因。

如AS分析部分，研發人員對比了AStalavista、SUPPA、SpliceMap-LSC-IDP pipeline等軟件的表現，將原有的SpliceGrapher軟件替換為AStalavista，對某人源細胞樣本的數據進行重新分析，同一數據中各類AS事件的檢出效率提升16倍（見下圖）。

AS分析軟件效果對比

除AS事件詳細的註釋信息外，本次還追加了各個基因涉及的AS事件的詳細統計信息，方便從不同維度進行數據追溯（見下圖）。

各個基因涉及的AS事件統計

升級No.2：優化註釋細節

以lncRNA、APA、突變分析和功能註釋為主，優化註釋文件展現形式、追加註釋細節，使所在染色體位置、參考基因、多種數據庫註釋等信息更完善，方便篩選目的基因與深入的數據挖掘。

如lncRNA分析部分，除預測新lncRNA外，還增加了對已知lncRNA的詳細註釋信息和長度統計圖表；fusion gene分析部分，則是追加了發生融合的兩個基因的位置信息等詳細註釋（見下圖）。

融合基因位置文件

升級No.3：增加3項高級分析

1）增加無參物種的可變剪切分析：基於高質量的全長轉錄組測序數據，利用Cogent軟件對基因組編碼區進行重建，創建偽基因組，以此來獲得isoform的信息

Cogent流程[1]

2）針對多樣品項目，增加共有/特有轉錄本分析，幫助深入挖掘具有時間、組織特異性的轉錄本，揭示目的基因特定的生物學功能

3）針對多樣本項目，增加差異可變剪切分析，結合二代定量，探究可變剪切事件在不同樣本中類別、數量和表達量的差異

本次產品升級除了新增3項高級分析內容外，更重要的是通過細節優化增加了報告的可讀性和功能性，提升客戶體驗感，為更深入的數據挖掘提供助力。此外，為了進一步回饋大家的支持，

測序週期、品質享雙重保障，詳情可諮詢當地銷售

疫情期間，正是養精蓄銳，等待厚積薄發的好時光，安諾三代測序助力各位老師們宅在家裡也可以輕輕鬆鬆獲得數據~待春暖花開，安諾基因和你不見不散~

自2017年推出三代測序服務以來，安諾優達先後引進了10臺PacBio Sequel和7臺Sequel II測序儀，產品服務類型涵蓋三代基因組組裝、人重測序、動植物重測序、全長轉錄組測序等，累計完成三代項目超800+。2019年7月，安諾優達測序實驗室又榮獲PacBio官方認證測序服務商證書。安諾優達將秉承客戶至上的服務理念為合作伙伴提供更快速、更優質的三代測序服務。

參考文獻

1. 圖片來源： https://www.jianshu.com/p/ddacf47e128e

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