日本國土面積狹小，2010年全國農用地總量僅為459萬公頃，從事農業生產的農戶約為390萬，農戶人均農用地面積為1.18公頃，遠低於歐美髮達國家。然而，在資源稟賦極其不足的條件下，日本政府及時調整農業方向，發展生態農業，逐步實現了農業的現代化和農民增收等多項目標。
日本的果樹枝條平面生長，以便更好地接受陽光
基於土壤改良的有機農業
日本目前注重有機農業的發展，即在生產中不採用通過基因工程獲得的生物及其產物，不使用化學合成的農藥、化肥、生長調節劑、飼料添加劑等物質，而是遵循自然規律和生態學原理，協調種植業和養殖業的平衡，採用一系列可持續發展的農業技術，維持農業生產過程的持續穩定。
- 農戶通過選用抗性作物品種，利用秸稈還田、施用綠肥和動物糞便等措施培肥土壤，保持養分循環；
- 同時，採取物理和生物的措施防治病蟲草害；
- 採用合理的耕種措施保護環境，防止水土流失，保持生產體系及周圍環境的生物多樣性。
最初日本的有機農業是從土地整治和改良開始的。在日本農業的發展過程中，也曾經因為農藥、化肥的過量施用，造成土壤的板結、酸化、鹽漬化、水資源汙染等問題。意識到“化學農業”弊端之後，日本開始進行了大規模的土地整治和改良。
從20世紀60年代中期開始，日本就開始推行這一計劃，一直到21世紀第一個10年才基本完成。該計劃主要是將原本小片、分散、坡度高且難以適應機械化耕作的水田標準化，通過工程改造，統一為長100米、寬30米、水平高度小於2.5釐米的“標準水田”，以方便機械化作業。這一措施，通過零碎農田重新規劃，將日本分散的農田加以集中，並在此基礎上，為改造後的水田提供良好的農業作業輔助措施，如興修排灌設施、平整農田道路、加強農田連片等，有利於耕地標準化作業和管理，使新的農業作業區能夠適應機械化耕作。在耕作方式上採取輪作休耕，保持生物多樣性平衡。
日本農地改良成效十分顯著，截至2015年，日本全國共建立了4710所土地改良區，共新造農地110萬公頃，約佔總耕地面積的1/4，有效彌補了耕地的非農佔用。儘管受工業化、城鎮化影響，日本的耕地面積總體不斷下降，但耕地質量和農業綜合生產能力明顯提高。
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