濾過是一種機械除菌的方法，將液體或空氣通過含有微細小孔的濾器，只允許小於孔徑的物體，如液體和空氣通過，大於孔徑的物體不能通過。主要用於一些不耐熱的血清、毒素、抗生素、藥液、空氣等除菌。一般不能除去病毒、支原體和細菌的L型。
濾過的效能的大小，取決於濾菌器濾孔的大小以及濾菌器的電荷等因素。常用的濾菌器有以下幾種：
1）張伯朗濾菌器：目前少用。
2）伯克非爾濾菌器：目前少用。
3）蔡氏濾菌器：為金屬圓筒漏斗狀，濾過部分是用石棉製成的濾板。濾板按濾孔的大小分三型，即K、EK、EK-S。K型濾孔最大，用於液體的澄清；EK型濾孔較小，一般常用此型濾板除菌；EK-S型濾孔最小，能阻止較大的病毒通過。
4）玻璃濾菌器：漏斗形玻璃製成，其濾板部分是以不同號數的玻璃細粉用一定壓力壓制而成，並鑲嵌在玻璃漏斗中，濾板孔從0.15～250µm不等，一般為G1、G2、G3、G4、G5、G6六種規格，G5、G6可阻止細菌通過。
5）薄膜濾器：常用的濾膜是由硝化纖維素酯或高分子聚合物製成，裝於濾器上，其孔徑大小不一，除菌過濾孔徑不應大於0.22µm。常用於氣體、液體的除菌，操作時應在無菌環境下進行。
現常用一次性針式濾器（無菌）進行濾過除菌，濾器一端為注射器接口，另一端為濾出端。使用前用注射器回抽插入濾器的注射器接口，推動注射器推進器，若有阻塞感，說明濾器完好可用。濾過液體時，要保證濾出端及其邊緣絕對無菌，切不可接觸任何物品。
非一次性針式濾器可反覆使用，洗滌時不能泡酸液，用2%NaOH泡6～12小時，或者煮沸20分鐘，常規沖洗乾淨，烘乾（60℃以下）備用。使用前首先裝好濾膜，安裝時注意光面朝上；然後用注射器回抽注入檢查膜是否破損，安裝好膜後將螺旋稍微擰鬆一些，放入金屬盒內（或用牛皮紙包裝），外層用紙包裝，滅菌備用。注意在超淨臺內取出，使用時應立即將螺旋旋緊。
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