科學性是醫學科技論文在方法論上的特徵，它不僅僅描述的是涉及科學和技術領域的命題，而且更重要的是論述的內容具有科學可信性。但很多作者寫作的醫學論文科學性並不強，比如，一些文章選題選得不好，影響了論文的科學性；亦有不少論文選題看上去似乎有創新性，但科學性很差，在研宄設計上存在各種各樣的缺陷，導致論文質量下降而被退稿。依據達晉編譯的經驗，醫學論文科學性不強的具體表現有：
一、選題缺乏科學性。論文選題必須符合最基本的科學原理和客觀事實，不可以憑想象來設計課題。雖然帶有探索性的意思，但缺乏理論依據，是不可取的，選擇治療方案必須要有充分的根據，不能隨心所欲。
二、缺少隨機對照。多數臨床類論文為單一的病例治療報告，做對照的很少，而設計隨機對照的則更少。有些設計了對照組，但並未做隨機對照，而作者為了提高自己論文的檔次，隨意加上“隨機”二字，治學態度極不嚴謹，大大降低了論文的可信度。對於一項臨床試驗來說，做隨機對照是一個基本的要求，有對照才有說服力，進行隨機才能做到治療組與對照組之間的各種因素的均衡，避免產生偏倚，得出不科學的結論；如能做到雙盲隨機則可以獲得更可信的數據，為循證醫學提供最可靠、最有力的證據。
三、治療與觀察指標不當。這是醫學論文中常出現的情況。各種治療方法均有一定的規範和適應範圍，但有些醫生不按規範進行治療，還有一些是檢測手段應用不當或不合理。因此常常會得出一些不科學的結論；亦有些作者文中方法交待不清，影響了論文的科學性。
四、樣本量不足。作為一項科學研宄，統計學要求的適當樣本量是能否得出科學結論的一個十分重要的因素，樣本量小，偏差會大，不足以得出令人信服的結論；當然樣本量過大，會浪費人力、物力、財力，亦無必要，因此適當的樣本量是科學研宄的一項基本要求。樣本量必須根據研究的需要而定。應該根據研宄的目的和要求，進行科學測算，得出本項研究需要的樣本量。
五、統計方法錯誤。釆用什麼樣的統計方法，直接關係到得出的結論是否科學、合理。許多論文對數據未進行統計處理；有些進行了處理，未交待採用的統計學方法；有些採用了錯誤的統計學方法，這些均難以得出科學的結論。因此必須掌握各種統計學檢驗的條件和適用範圍，不應盲目套用某些檢驗方法而發生錯誤。
六、數據前後不一。不少論文數據前後矛盾不統一，具體表現為：論文摘要中的數據與正文中的數據不一致；總例數與分型例數相加不一致；文字描述與圖表中的數據不一致；結果中的數據與隨訪的數據不一致。這些問題反映出作者對數據未作認真的統計和核對，工作缺乏嚴謹性，同時亦給審稿者產生一個疑問，資料的真實性是否有問題，數據可靠嗎？
七、研宄不符合倫理要求。有些研宄既沒有倫理委員會同意的批件，亦未寫明患者是否簽署了知情同意書，因不符合倫理要求而被退稿。
八、圖表質量不符合要求。由於圖表不符合要求，常導致退稿或要求返修。主要問題表現在：圖題、表題文字表達不能簡明扼要反映出圖、表的內容；未採用三線表；表中數據含義表達不清，難以看懂；圖中橫座標與縱座標表示的意思位置顛倒，或座標軸上的刻度值隨意標示，不能將內容正確表達；圖中線條未用容易讓讀者區分的線條表示出來；電泳圖、免疫組化圖、組織切片圖等拍攝質量差，或像素太低，不能說明相關問題。
九、參考文獻陳舊或編排不規範。引用參考文獻是為了說明論文的科學依據，便於讀者進一步査閱，也是尊重他人的科學成果和著作權的體現，同時還是反映作者對相關研究領域是否熟知的一杆標尺。在論文寫作中，不少作者引用的參考文獻陳舊，有些甚至引用的是二次文獻，未與原文核對。有些作者參考文獻的編排不規範，缺作者、雜誌名、卷、期、頁等；還有的文中的標註序號與文末的參考文獻對應不上，這些均影響對論文的總體評價和對作者治學態度的評價，降低了稿件的命中率。
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