在一个破旧肮脏的渔场里，伴随着一个卖鱼妇女的阵痛，故事的主角格雷诺耶诞生了。出生在鱼摊旁的他极有可能和鱼肠类一起，统统被铲进河里。可他的命运，注定不那么简单。
他的一阵啼哭惊动了路人，他的母亲因谋杀婴儿的罪名被送上断头台。
他被送进孤儿院，在一群孩子怕自己以后吃不饱而想要闷死他时，警觉的他嗅到了一丝危险的气息。紧接着，一阵啼哭。又救了他一命。
他五岁时还不会说话，但是却发现了自己对气味奇异的天赋。他闭上眼睛可以闻到几公里以外的草，石头，水，青蛙，以及水里的青蛙卵。他闻死老鼠，可以闻到它体内的蛔虫。
再长大一点，他被卖去做苦工。某次偶然的机会，他和工头去巴黎市区送货。他好像来到了一个崭新的世界，各种各样的气味让他应接不暇。他闭上眼睛，对这些气味他并不挑剔。
突然，他闻到了一种很特殊的气味。这气味对他有种特别的吸引力。他一路跟随气味找到了一个卖黄杏的少女。没错，正是她的体香。
他一点一点的靠近她，在她背后深嗅她的气味。她回过头，伸出手拿着黄杏问他要不要买。他却捧着她的手闻了起来。少女被吓的赶紧逃走。
凭着他特有的天赋，他还是找到了她。少女尖叫，他便失手误杀了她。他撕开她的衣服，贪婪的闻着她的气味。像小孩对待自己珍视的宝贝一样，小心翼翼的，想把少女身上所有的气味吸进鼻腔里。可过了一会尸体冷却，味道不再。他有些失落。他好像突然明白了自己活着的意义，他悲惨的生活终于有了目标也有了新的使命。他要学会保存气味，这样才不会遗失这种超凡的美。
他找到了一个江郎才尽，店铺已经无人问津的香水师兼老板。他想尽办法说服老板，并制作出上乘的香水央求老板收他为徒。老板最终被他的天赋所折服，同意教他制作香水。老板教他怎么把玫瑰花制作成香精来保存玫瑰花的香味。他却用同样的方法蒸馏了铁，玻璃，铜以及猫。他失败了，这根本不可行。他因此大病了一场。
老板告诉他，格拉斯有一种神秘的技艺叫油脂离析法。或许是他想要的，在给老板说完将近一百种香水制作配方后，他义无反顾的踏上了前往格拉斯的征程。
在路上一个山洞里他几乎快要忘记自己的计划时，却梦见了那个卖黄杏的少女。他站在少女面前，少女却看不见他。他醒来拼命的嗅自己，冲进大雨里将自己洗净，发现自己没有任何气味。他好像不存在这个世上。
第二天，晨曦出现，格雷诺耶有了新的计划。他要向世人证明他的存在，他要自己非常重要并且出类拔萃。
前往格拉斯的路上电影整体的色调从灰暗到明亮。这好像预示着，他有很大的把握能够成功。
他成功了。在格拉斯，他学会了保存气味的方法，并且成功谋杀了26个少女，从每个少女身上提取香精最终混合在一起融成了一瓶香水。
他的罪行被世人发现，他们痛恨他，恨不得将他千刀万剐，就像影片一开始他们在下面骂他那样。他们发誓要将他送上断头台，要看着他受尽折磨然后痛苦的死掉。
可他们并没有得逞，他的那瓶香水，融合了世间所有的美好，仿佛能够操控人的内心。能够激发人们内心最纯粹的爱。
他架着马车，穿了身礼服，在身上擦了些香水，来到刑场。人们一闻到他身上的香水味就好像被操控了般，忘记了他的罪行。甚至不相信他是杀人犯。人们叫他天使，称他为上帝。看着他的眼神里满是爱慕。他手一挥就引起下面一阵轰动。他把滴有香水的手帕扔了下去，引起众人群交。
这大概是整部影片最让人震撼的地方。用非常直白露骨方式展现出了香水的威力。
他站在台上，看着下面的众人，他又看到了那个卖黄杏的少女，幻想他们互相拥抱亲吻。他流下了眼泪。
众人天亮后醒来，仿佛昨天是一场宿醉，窘迫的拾起自己的衣服一个接着一个离开。再也没人提起这件事。
他则回到出生的地方，将香水全部倒在自己的身上，一群人扑上去，分食了他。
最后几个孩子发现了他在地上的夹克，他们不知道是谁的，便把它带回了家。
不惜杀掉26个少女来达成自己的目标，却又选择用这种方式结束自己的生命。为什么呢？
他能够凭借这一瓶香水征服世界，可以轻易的操控任何人。他明白这没有用。他在知道自己并不存在于这个世上，并没有获得被世人认知的那种存在感。这香水也无法使他如常人一般爱与被爱。就连最后被人分食，也没能被人记住，留下的，只有掉落在地上的夹克。
看完这部电影对气味也开始敏感起来。隔着屏幕都好像都能闻到香水的气味。对这个变态杀人狂也无法厌恶起来，看到最后觉得他就是一个悲剧。至始至终都在被人遗忘。
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