馬蹄寺石窟是一規模宏大的石窟群體，它包括七個小石窟群，《甘鎮志》講“神驥足跡”。民間傳說：天馬下凡時一蹄落在了這裡的一塊岩石上，踩下了一隻蹄印。寺院由此而得名。如今這塊蹄印石被保存在馬王殿內。馬蹄寺石窟群，包括千佛洞、南北馬蹄寺、上中下觀音洞和金塔寺七個小石窟群。每個小窟群，多的有三十餘窟，少的有兩窟，總共有七十多窟。馬蹄石窟由於歷史悠久，同敦煌的莫高窟、安西的榆林窟齊稱為河西佛教勝地的三大藝術寶窟。
各處石窟以金塔寺保存最完整。洞窟坐北朝南，開鑿在馬蹄寺西北15公里山谷中高約60米的崖壁上，現存2箇中心塔柱式窟。東窟高7米，寬12.4米，殘深10.5米。中心柱座基之上分3層造像。下層四面各開1個圓券形龕，龕內塑一坐佛，龕外兩側脅侍除北面塑二弟子外餘三面均為二菩薩，龕楣上方各懸塑飛天6～8身。中層每面開3個小龕， 除東西兩面中間龕內塑交腳佛外，每龕內各塑一坐佛；西面南側龕內為釋迦苦修像，其龕外南側脅侍為一天王，此外各龕外兩側均為菩薩立像。上層北東
南三面均塑10坐佛10菩薩,西面為元代補塑5坐佛。四面壁間以影塑坐佛、供養菩薩填補。西窟高4.3米,寬10米，殘深4米，形制與東窟相仿。中心柱四面僅下層各開1個大龕，東、南面龕外兩側塑一菩薩一天王，餘皆為二菩薩。中層東、南、 西、北面居中分別塑倚坐佛、坐佛、半跏菩薩和交腳佛，其兩側除北面塑4菩薩4弟子外均為8菩薩。上層塑5佛、供養菩薩等。
北朝石窟較多地集中在千佛洞。位於馬蹄寺東北約3公里的崖壁上,共10餘窟。第2、8窟為中心塔柱式，塔柱四面分 4層造像，現存部分北魏、北周的造像和壁畫。第1、4窟類似新疆克孜爾石窟的龜茲式窟形，現存造像塑於北魏或西魏,經後代重修。第6窟內初唐石雕一立佛二弟子二菩薩，高約3米。
位於馬蹄山東崖的馬蹄寺北寺，計有大小窟龕30多個,多為北朝和西夏、元、明以來的殘窟。第8窟名藏佛殿，規模最大，深33.5米，寬26.3米，開龕40餘個，大約建於西夏至元代。此外僅第1窟藥王洞、第4窟北坐佛洞殘留一些元代造像和壁畫。
南寺和上、中、下觀音洞各有4～6窟不等，開鑿時期雖早，但均僅剩殘窟。
古往今來，歷史上不少帝王將相和文人墨客，在馬蹄寺都留下了許多蹤跡和詩章。如今，留在普光寺的天馬神蹟，薤谷石室，八功德水井，高王古墓，單于王古城，自然形成的孔雀石綠度母石像裝藏綠度母塑像，自然形成的馬頭明王瑪瑙石裝藏的馬王塑像，斬斷孽龍的七星智慧利劍裝藏的佛塔，以及觀世音菩薩，二郎神和格薩爾王的美妙傳說，都給我們留下了許多優美的遐像。西藏、青海等地藏族信教群眾和從事佛教教業者，稱馬蹄寺為"卓瑪讓像"，即菩薩自然出現的地方，若一生沒來馬蹄寺朝拜，會感到終身遺憾。
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