莘縣行政區劃隨朝代和區域變更而多有變化。清康熙年間，全縣分5個鄉：東為陽平，南為武陽，北為弇山，西為斗城，中為莘亭。1887年（清光緒十三年）廢除舊制，全縣以剛、健、中、正命名分為18個裡，每裡10甲，每甲1至8村不等，共轄540村。1931年（民國二十年）全縣劃為6區98鄉鎮，轄450村。1939年9月，莘縣抗日民主政府建立，按原區劃設6個區，建立6個抗日政權。1943年7月，莘縣和朝北縣合併稱莘朝縣，成立莘朝縣抗日民主政府，全縣設5個區。1945年5月，莘朝縣撤銷，恢復莘縣建置，成立莘縣抗日民主政府。原朝北部分與元城縣合併，稱元朝縣。莘縣設7個區。一區駐縣城，二區駐大楊家，三區駐孫莊，四區駐紙坊、董王莊，五區駐大宋莊，六區駐李大廟，七區駐城南位莊。1946年6月，莘縣抗日民主政府改稱莘縣民主政府，仍設7個區，各區駐地未變。1949年8月，元朝縣撤銷，朝北部分劃歸莘縣，為莘縣八區、九區。一區至七區駐地未變，八區駐王奉，九區駐北莊。
1949年10月，全縣仍設9個區，各區駐地未變。1950年初，全縣調整區劃，設6個區，一區駐縣城，二區駐燕店，三區駐王奉，四區駐張魯，五區駐大宋莊，六區駐李大廟。1955年9月，6個區改按駐地名稱呼。一區至六區依次改稱城關區、燕店區、王奉區、張魯區、俎店區、十八里鋪區。1956年3月，觀朝縣撤銷，朝城、妹冢2區劃歸莘縣，時為8個區，77個鄉鎮。1958年2月，撤銷區建置，莘縣劃為15個鄉（鎮）。1958年9月，全縣實現人民公社化，撤銷鄉鎮成立8個人民公社。1958年12月，莘縣建置撤銷，除燕店、王奉2社劃歸冠縣外，其它劃歸範縣。
1961年7月，恢復莘縣建置。除俎店公社更名為董杜莊公社外，其餘未變，仍為8個公社。1962年9月，改設8個區。1964年4月，範縣的王莊集、觀城2個區和古城、古云、櫻桃園3個區的大部劃歸莘縣，時為13個區，共轄91個公社。1971年1月，調整區劃，撤13個區設21個公社。1983年，城關公社改為城關鎮，其餘未變。全縣轄1鎮20個公社，1116個生產大隊。
1984年，機構改革，撤銷人民公社，實行鄉鎮制。全縣設5個鎮，23個鄉。1987年，撤銷古云鄉、大張家鄉，設立古云鎮、大張家鎮，其行政區域和政府駐地不變。張魯鎮改稱張魯回族鎮。1988年，全縣設7個鎮，21個鄉。1996年，撤銷十八里鋪鄉，設立十八里鋪鎮，其行政區域和政府駐地不變。1999年，撤銷單廟鄉，設立莘亭鎮，其行政區域和政府駐地不變。2000年，撤銷燕店鄉、董杜莊鄉，設立燕店鎮、董杜莊鎮，其行政區域和政府駐地不變。2001年，調整鄉鎮設置和行政區劃。撤銷巖集鄉，將其行政區域併入王奉鄉；撤銷鄒巷鄉，將其行政區域併入魏莊鄉；撤銷劉莊鄉，將其行政區域併入張魯鎮；撤銷王鋪鄉，將其行政區域併入十八里鋪鎮；撤銷馬集鄉，將其行政區域併入王莊集鄉；撤銷舍利寺鄉，將其行政區域併入古城鎮。城關鎮更名為莘城鎮，其行政區域和政府駐地不變。撤銷櫻桃園鄉、王奉鄉，設立櫻桃園鎮、王奉鎮，其行政區域和政府駐地不變。此時，全縣轄13個鎮，9個鄉。2002年，王莊集鄉蘇村、邱寺、東節村、寨節村等劃歸張寨鄉管轄。同年，撤銷妹冢鄉、河店鄉，設立妹冢鎮、河店鎮，其行政區域和政府駐地不變。2009年，撤銷莘城鎮、莘亭鎮，設燕塔、莘亭、東魯、莘州4個街道。原莘城鎮、莘亭鎮轄區及十八里鋪鎮部分轄區劃歸4個街道。同年，撤銷張寨鄉、魏莊鄉，設立張寨鎮、魏莊鎮，其行政區域和政府駐地不變。2011年，撤銷大王寨鄉，設立大王寨鎮，其行政區域和行政駐地不變。2012年，撤銷徐莊鄉、王莊集鄉，設立徐莊鎮、大王寨鎮，其行政區域和行政駐地不變。2013年，撤銷柿子園鄉，設立柿子園鎮，其行政區域和行政駐地不變。2014年11月，撤銷俎店鄉，設立俎店鎮，其行政區域和行政駐地不變。至2016年底，全縣20個鎮、4個街道。即：俎店鎮、張魯回族鎮、朝城鎮、觀城鎮、古城鎮、古云鎮、大張家鎮、十八里鋪鎮、燕店鎮、董杜莊鎮、櫻桃園鎮、王奉鎮、河店鎮、妹冢鎮、魏莊鎮、張寨鎮、大王寨鎮、徐莊鎮、王莊集鎮、柿子園鎮；莘州街道、東魯街道、莘亭街道、燕塔街道；全縣有1116個行政村，10個城市社區。
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