一、序言，華中理工寧當小弟的歲月
1987年國家組織第一次學科評估，武漢大學總計有辯證唯物主義與歷史唯物主義、現代外國哲學 、世界經濟、國際經濟法、中國古代史、空間物理、分析化學、植物學、病毒學9個國家重點學科，涵蓋哲學、法學、歷史、理學、醫學等學科，名副其實的綜合性大學，學科實力2倍於華中理工大學。
當時的華中理工大學只有機械製造、壓力加工、電廠熱能動力及其自動化、電機4個國家重點學科，全部為工科，學科結構特別單一，在武大這個綜合性大學面前就是典型的工科小弟弟。
二、轉折，同濟醫科大學的紛爭
這一切的轉折始於兩校對於同濟醫科大學的爭奪上，這一次，武大徹底的輸了。
1999年年中，武漢市政府初擬將華中理工大學（華中科技大學前身）與武漢大學合併，以建成全國首屈一指的名校。這樣便能拿到中央承諾的籌建第10所世界知名大學的名額。
但合併便意味著華中理工大學將成為歷史。這遭到華中理工大學創始校長在內的多名重量級院士教授的強烈反對，並聯名上書教育部阻止該方案通過。以免將自己辛苦一生的成果拱手讓人。最終該方案未能通過，但華科與武大的恩怨自此開始，首先便是爭奪全國最知名的醫科大學——同濟醫學院。
上述方案被否之後，1999年8月，湖北省政府作出了武漢大學、武漢水利電力大學、武漢測繪科技大學和同濟醫科大學四校合併的新方案，並上報了中國教育部。
由於當時的中國衛生部並未就同濟醫科大學的主管權是否下放做出明確表態，同濟醫科大學內部也有不同意見，因而這個方案亦未能實現。
2000年2月15日下午，時任中共湖北省委書記的賈志傑，談到武漢高校合併時稱：雖然中央答應在優先建設的一流大學中給湖北留一個席位，但這個承諾並非不可收回。只有把武漢大學、華中理工大學、武漢水利電力大學、武漢測繪科技大學、同濟醫科大學等強強聯合，組建成新的武漢大學，最大限度地強化新武漢大學的實力，才能與外地高校競爭全國高校優先建設的前十名席位。
同濟醫科大學是1950年上海同濟大學醫學院內遷武漢與原武漢大學醫學院合併後的產物。自1980年代以來，同濟醫科大學就與武漢大學保持著緊密聯繫。同濟醫科大學的部分醫學基礎課（與化學、生物學、基礎醫學、藥學等相關的部分學科）由武漢大學相關院系代授，上課地點也設在武漢大學校內。
因此，同濟醫科大學的師生校友大多認為，如果要和武漢的某所高校合併，選擇聯姻武漢大學是非常合適的。
然而，2000年2月下旬，經過了嚴格保密之後，在同濟醫科大學廣大師生和海內外校友毫不知情的情況下，該校高層突然宣佈同濟醫科大學將與華中理工大學合併。
2000年2月26日，同濟醫科大學公共衛生學院教師陳立功，在華中理工大學官方的白雲黃鶴BBS上發表了題為《我們的聲音——對武漢地區高校重組的沉痛思考》的長文，詳細闡述了他對當時湖北省內數所高校合併的個人觀點。《我們的聲音》一文發表後，立即引起白雲黃鶴BBS上的大討論。很快，該文被轉載到了武漢大學官方的珞珈山水BBS、武漢水利電力大學官方的凌波水榭BBS、北京大學官方的北大未名BBS等國內BBS，和以在歐美亞太地區留學的中國高校畢業生為主體的未名空間BBS等國外中文BBS上。此後短短數日，各相關高校的師生、校友在多個互聯網中文論壇上展開了激烈辯論。
與此同時，該文的影響範圍迅速突破互聯網的侷限。武漢大學、華中理工大學、武漢水利電力大學、同濟醫科大學等高校校園、教學樓、圖書館和學生公寓等處的佈告欄上，出現了《我們的聲音》一文的打印稿，吸引眾多師生駐足觀看點評。同濟醫科大學教師陳立功發表的《我們的聲音》一文，指責武漢大學在合併事宜上不尊重同濟醫科大學，導致兩校未能成功合併。
而武漢大學校方則認為，《我們的聲音》一文對武漢大學的指控完全不符合事實，遂馬上發表公開聲明，就合併真相做出澄清（大意如下）： 武漢大學拒絕與同濟醫科大學合併的問題是根本不存在的。同濟醫科大學從未就有關合並體制的事宜與武漢大學進行過任何協商。《我們的聲音》一文損害了同濟醫科大學領導人的形象。由此，各相關大學校方開始陸續介入此事。
2000年2月29日，迫於多方壓力，陳立功在白雲黃鶴BBS發表了《我的檢討》（大意如下）： 出於維護母校的榮譽，發表了《我們的聲音》一文，為此感到遺憾和愧疚。公開發表撤回《我們的聲音》一文的聲明，並向“受到傷害，或可能受到傷害的兄弟院校的領導和廣大師生”道歉，以挽回不良影響。今後將“加強政治學習，認真改造思想，提高政治覺悟和政治敏銳性”。《我的檢討》發表後，一片譁然，很快再次引起白雲黃鶴BBS上的大討論，並被迅速轉載到了國內外多家中文BBS。
這篇檢討不但沒有減退當時互聯網中文論壇上曠日持久的大討論的熱度，反而火上加油，使得當時互聯網中文論壇上的相關討論一直延續了數十日之久。
2000年5月26日，華中理工大學、同濟醫科大學、武漢城市建設學院和科技部幹部管理學院合併組建成華中科技大學。6月1日，同濟醫科大學正式更名為華中科技大學同濟醫學院，保留“同濟”名號，並享有諸多獨立管理權。而當初以反對華中理工大學捲入合併、保留該校校名為由，集體簽名上書中國教育部的該校部分師生校友，不得不尷尬的接受華中理工大學校方不但主動參與合併，且自願更改校名的現實。
2000年8月2日，原武漢大學、武漢水利電力大學、武漢測繪科技大學和湖北醫科大學合併組建成新的武漢大學。合併後經過校內院系調整，武漢大學醫學部誕生。至此，武漢地區合併組建的兩所新高校都無法爭得優先建設的大學席位，從而也就失去了中央許諾在優先建設的一流大學中留給湖北的一個席位。
當時的武漢大學校方拒絕保留“同濟”品牌，及其在人、財、物、外事[5]等方面的獨立管理權，是導致同濟醫科大學不願與武漢大學合併的重要原因。
三、失去同濟醫科的武大醫學之路
失去了同濟醫科大學後，武漢大學為了恢復失去50年的醫學院，考慮邀請位於武漢的另一所醫科大學——湖北醫科大學加盟。與同濟醫科大學類似，湖北醫科大學與武漢大學也有較多合作。但兩校的區別也很大：湖北醫科大學是湖北省屬高校，而同濟醫科大學是中國衛生部直屬高校。合併前，湖北醫科大學除口腔醫學等少數專業位於全國前列外，臨床醫學實力明顯不及同濟醫科大學。湖北醫科大學就在武漢大學旁邊，而同濟醫科大學在長江對岸的漢口，相距較遠。經過再三權衡後，武漢大學向湖北醫科大學伸出橄欖枝，後者與武漢水利電力大學、武漢測繪科技大學一同併入武漢大學。合併後，武漢大學醫學部誕生。這是陳立功的文章中沒有預料到的重要變數之一，即武漢大學與同濟醫科大學兩校由2000年前的合作伙伴，轉變為2000年後的競爭對手。由於武漢大學有與醫科大學長期合作的基礎和經驗，能夠大力扶持學校在醫學和生物學的發展，湖北醫科大學的師生校友願意融入合併後的武漢大學，學校也與武漢大學校區毗鄰，整合後的武漢大學醫學部發展較快。考慮到華中科技大學同濟醫學院在臨床醫學領域實力較強，武漢大學醫學部結合自身特點，著重加強了在基礎醫學、口腔醫學、藥學等學科的扶持力度，一定程度上與華中科技大學同濟醫學院形成錯位競爭。2004年，以武漢大學為主、中國科學院武漢病毒研究所聯合申報的病毒學國家重點實驗室獲准建設，這是目前湖北省內唯一涉及醫學領域的國家重點實驗室。
因為武漢大學與法國高等教育界關係密切，武漢大學醫學部與法國同行開展了頻繁的合作交流。2006年10月27日，正在中國進行國事訪問的法國總統雅克·希拉剋及夫人，和由法國外交部長、財政部長、設備交通部長、外貿部長、前總理、法國駐華大使、法國駐武漢總領事館總領事等組成的政府代表團以及法國企業家和法方記者等隨行人員共約200人，在中國國務委員陳至立、湖北省省長羅清泉等官員以及武漢大學校長劉經南等校方人員的陪同下，來到位於武漢大學醫學部校園內的武漢大學中南醫院，參觀中法兩國在武漢大學中南醫院的醫學合作項目。
希拉剋總統親自為武漢大學中南醫院急救中心竣工剪綵，併為中法兩國在基礎醫學和臨床醫學領域的國家級合作項目——武漢大學中法肝膽疾病研究院奠基。[8]這是自1945年聯合國成立以來，聯合國四大常任理事國（英、法、蘇或俄、美）的在任國家元首或政府首腦首次訪問武漢，海內外眾多新聞媒體廣泛報道。此次外交訪問被看作武漢大學醫學部在錯位競爭六年後，終於與華中科技大學同濟醫學院開始正面競爭的標誌。
而湖北省有武漢大學醫學部與華中科技大學同濟醫學院的良性競爭，有利於該省在醫療衛生領域整體實力的上升，從而惠及當地居民。 “同濟”品牌之爭 起初，同濟醫科大學曾經試圖遷回上海與同濟大學合併，但未能如願。2000年，位於武漢的同濟醫科大學與華中理工大學等校合併後，同濟醫科大學成為華中科技大學同濟醫學院；位於上海的上海鐵道大學與同濟大學等校合併後，上海鐵道大學醫學院成為同濟大學醫學院。於是，中國出現了兩個使用“同濟”品牌的醫學院，品牌之爭就此開始。
從歷史看，位於武漢的華中科技大學同濟醫學院的“同濟”血脈比新成立的同濟大學醫學院更為正宗。1984年10月，聯邦德國總理科爾到武漢訪問時，就曾專門參觀當時的武漢醫學院（同濟醫科大學前身）。從地理和經濟上，位於上海的同濟大學醫學院更佔後發優勢。這種特殊情況，使得短短數年內，“同濟”品牌之爭從開始時的平淡逐漸演變成目前的激烈。例如，華中科技大學同濟醫學院和同濟大學醫學院都申報了建設中德友好醫院作為延續“同濟”品牌、加強中德合作的計劃。2005年11月10日，同濟大學醫學院取得階段性勝利，中德兩國政府同意在上海建設中德友好醫院作為同濟大學附屬醫院。[9]而華中科技大學同濟醫學院則未能如願。但在整體科研實力上，目前華中科技大學同濟醫學院仍佔有交大的優勢。
四、去“同濟化”與華科的崛起
“去同濟化”由於很多不瞭解同濟醫科大學歷史的人，一聽到“同濟”，往往以為是上海的同濟大學。華中科技大學校方逐漸認識到，在宣傳華中科技大學同濟醫學院的“同濟”品牌時，卻面臨著幫同濟大學及其醫學院做宣傳的尷尬。另一方面，華中科技大學同濟醫學院享有人、財、物、外事等獨立管理權，華中科技大學校方感到不易統一管理，阻力較大，學校合併後長期處於磨合狀態。因此，華中科技大學校方逐漸開始整合同濟醫學院。此舉被同濟醫科大學的部分師生校友形象的比喻為“去同濟化”。
在合併五年後的2005年6月19日，華中科技大學校方發佈《關於屈伸等同志職務任免的通知》、《關於田玉科等同志職務任免的通知》等文件，對華中科技大學同濟醫學院的領導班子作出了重大調整。調整後，在1999年-2000年期間放棄聯姻武漢大學、選擇與華中理工大學合併的過程中起決定性作用、並要求保留“同濟”品牌和一系列獨立管理權的同濟醫科大學元老們，被華中科技大學校方免職或冷落。而在合併談判過程中同濟醫科大學一直要求保留的、並得到當時華中理工大學校方承諾的一系列獨立管理權，在合併五年後被華中科技大學校方部分收回。附屬於華中科技大學同濟醫學院的兩所醫院從醫學院中脫離出來，改為與同濟醫學院平級。自此，同濟醫科大學的元老們已被架空。但“同濟”二字依舊保留。
2006年9月25日，華中科技大學校方發佈《關於同濟醫學院機關和部分單位歸口合併到學校相應職能部門和單位及有關幹部職務任免的通知》、《關於設立華中科技大學醫科管理委員會及其幹部任職的通知》等文件，對華中科技大學同濟醫學院進行徹底的機構改組。此次改組後，華中科技大學正式成立華中科技大學醫科管理委員會（該委員會已取消“同濟”二字），華中科技大學校長擔任委員會主任。華中科技大學同濟醫學院在校方2005年重大調整後得以部分保留的一系列獨立管理權，終於被華中科技大學校方完全收回。同濟醫學院從此徹底虛體化，華中科技大學校方整合同濟醫學院成功。
兩校合併紛爭中出現了著名的陳立功事件，是2000年前後中國高校大合併浪潮裡，為數極少的發源於互聯網中文論壇並在現實社會中產生一定影響的歷史事件。由於醫療衛生領域高等教育和科學研究的特殊性，該事件所涉及到的從1998年至今的一系列變化，折射出中國的部分普通高等醫科院校在是選擇單獨發展還是與其它高校合併，與什麼類型的高校合併，以及合併後是選擇部分獨立運作或保留自有品牌還是徹底融合等諸多問題上的複雜心態。無論如何選擇，都有利有弊。
單獨發展
利：擁有完全的自主性，無需考慮合併後的各種限制和羈絆。
弊：不易進入“211工程”甚至“985工程”，發展所需的資金可能較少，難以形成新的學科增長點。
與其它高校合併
利：較易進入“211工程”甚至“985工程”，發展所需的資金可能較多，容易形成新的學科增長點。
弊：沒有完全的自主性，需要考慮合併後的各種限制和羈絆。
合併後部分獨立運作或保留自有品牌
利：自主性較高。
弊：合併後的磨合期較長。
合併後徹底融合
利：合併後的磨合期較短。
弊：自主性較低。
目前，繼續單獨發展的普通高等醫科院校有：首都醫科大學、天津醫科大學、山西醫科大學、中國醫科大學、哈爾濱醫科大學、南方醫科大學、重慶醫科大學等（不含軍醫院校）。
合併後部分獨立運作或保留自有品牌的高等醫科院校有：北京大學醫學部（原北京醫科大學為主體）、吉林大學白求恩醫學部（原白求恩醫科大學為主體）、復旦大學上海醫學院（原上海醫科大學為主體）、中南大學湘雅醫學院（原湖南醫科大學為主體）、中山大學中山醫學院（原中山醫科大學為主體）、四川大學華西醫學中心（原華西醫科大學為主體）等。
合併後徹底融合的高等醫科院校有：上海交通大學醫學院（原上海第二醫科大學為主體）、浙江大學醫學院（原浙江醫科大學為主體）、山東大學醫學院（原山東醫科大學為主體）、武漢大學醫學部（原湖北醫科大學為主體）、西安交通大學醫學院（原西安醫科大學為主體）等。
五、華科的逆襲與超越
武漢大學和華中理工大學（合併後更名為華中科技大學）都經歷了相關院校合併後，在隨後的2001年進行的學科評估中。
武漢大學總計20個學科入圍國家重點學科，分別是馬克思主義哲學、西方經濟學、世界經濟、環境與資源保護法學、國際法學、馬克思主義理論與思想政治教育、中國古代史、無線電物理、分析化學、地圖學與地理信息系統、微生物學、發育生物學、水文學及水資源、水利水電工程、大地測量學與測量工程、攝影測量與遙感、口腔基礎醫學、社會保障、圖書館學、情報學。
華中科技大學14個學科入圍國家重點學科，分別是機械製造及其自動化、機械設計及理論、材料加工工程、熱能工程、電機與電器、電力系統及其自動化、物理電子學、系統工程、計算機系統結構、水利水電工程、內科學(心血管病,呼吸系病)、外科學（普外）、婦產科學、勞動衛生與環境衛生學。
這次評估中，兩所大學相差6個學科，華科還無法與武漢平起平坐，然而，華科從此發力，工科優勢被髮揮的淋漓盡致，醫科除保留傳統優勢外，新發展出一系列交叉學科，直到最新一輪學科評估，可以說與武漢相比毫不遜色，甚至強於武大。
雖然在第四輪學科評估中，A類學科華科比武大少了5個，主要少在A-上，但是在B+學科，華科比武大多了9個。
華中科技大學B+學科
武漢大學B+學科
至此，在綜合實力上，兩校不相上下，考慮到華科上榜的學科大部分為應用性質較強的學科，而武大上榜學科中人文社科理論性質學科較多，因此，民眾甚至認為華科才是武漢高校老大。
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