現代針灸教材論述腧穴的作用，僅僅只論及腧穴的治療作用，而且就是治療作用，也只提到局部治療作用、遠端治療作用和特殊治療作用，而忽視了最為重要的
整體治療作用。腧穴對人體的作用，與臟腑、經絡有密切關係，應從生理、病理、診斷和防治疾病幾個方面來全面認識。
(一)溝通內外、轉輸氣血
溝通內外，轉輸氣血，是腧穴生理作用的基本點。腧穴是我國古代醫家和勞動人民在長期同疾病作鬥爭的醫療實踐中逐步發現的，為人體臟腑、經絡之氣血輸注於體表的部位。人體絕大部分腧穴分佈在經脈循行線上，它們與經脈的關係，猶如各種交通幹線與沿線大大小小的車站、碼頭一樣。由於經脈“內聯臟腑、外絡肢節”，“運行氣血、營養周身”。也就決定了腧穴有溝通內外、轉輸氣血的生理功能。
腧穴既聯繫肌表的皮肉筋骨，又溝通體內的臟腑組織，從而才構成了腧穴——經絡——臟腑這樣一種貫通內外、聯繫上下的經絡系統。腧穴既是臟腑、經絡功能活動在體表的反應點，又是體表感受各種刺激的敏感區。這種特殊功能，決定了腧穴能作為針灸治病的施術部位。
(二)反應病證、輔助診斷
人體在病理狀態下，腧穴具有反映病證的作用。臟腑有病，可以通過經絡的聯繫，在體表出現多種不同形式的病理反應點、反應區。表現在腧穴方面，主要有壓痛、敏感、麻木、遲鈍、舒適或皮下組織隆起、結節、鬆軟、凹陷等。《靈樞·百病始生》說:“察其所痛，以知其應。”《素問·刺腰痛論》所記：“在郄中結絡如黍米"，就是穴處有結節出現的病理反應。這些病理反應，都可以為臟腑、經絡病證的診斷提供依據。腧穴是臟腑、經絡之氣血聚匯、轉輸的部位，特定穴與臟腑、經絡的關係更為密切。所以，有關病理反應，在特定穴上體現最為明顯。《靈樞·九針十二原》說:“五臟有疾也，應出十二原”。《靈樞·背俞》說:“則與得而驗之，按其處，應在中而痛懈，乃其俞也。”例如手太陰肺經的原穴太淵和背俞穴肺俞出現壓痛或其他不良反應，可斷定肺臟有疾；足厥陰肝經的原穴太沖和其背俞穴肝俞出現不適或其他異常變化，即可知病邪在肝；按壓足少陰腎經的原穴太溪和背俞穴腎俞，指下有虛浮空軟之感，表明腎經虛弱。
原穴、背俞穴如此，郄穴、募穴、八會穴、下合穴等也是如此。例如足陽明經郄穴梁丘出現壓痛，可見於急性胃痛；脾經郄穴地機出現敏感，常見於痛經；氣之會穴膻中出現麻木，提示氣病；血之會穴膈俞出現結節，預測血病；中府穴壓痛，可診斷肺癆，且左側壓痛病灶在左，右側壓痛病灶在右 ；巨闕、膻中二穴敏感或遲鈍，可確定心(經)或心包(經)的病變；大腸經下合穴上巨虛壓痛見於腸癰；膽經下合穴陽陵泉出現結節或隆起，無外乎肝膽系統病變。
由於督脈腧穴、華佗夾脊和足太陽膀胱經腰背部腧穴與臟腑、肢體有著十分特殊的內在聯繫，在按壓診斷內臟和肢體病證方面具有特殊的指導意義，所以，常常成為針灸臨床循經按壓的首要步驟和重要內容。
(三)接受刺激、防治疾病
腧穴不僅是氣血轉輸的部位和病證的反應點，還是針灸防治疾病的刺激點。腧穴防治疾病，就是接受適當的刺激，以通經脈、調氣血，使臟腑趨於調和，陰陽歸於平衡。《千金翼方》中說:“孔穴者，經絡所行往來處，行氣遠人抽病也。”腧穴的防治疾病作用有近治作用、遠治作用、全身治療作用、特殊治療作用以及防病保健作用五個方面。
1.近治作用
近治作用，也即局部治療作用，這是所有腧穴都具有的共同治療作用。也就是說人體的所有腧穴，均能治療該穴所在部位及其鄰近部位臟腑、組織、器官的病證，例如眼區及其附近的睛明、承泣、四白、太陽等穴均能治療目疾，耳區及其周圍的耳門、聽宮、聽會、翳風等穴均能治療耳病，腹部的中脘、下脘、梁門、天樞等穴均能治療胃腸病；膝部的膝眼、鶴頂、膝陽關、陽陵泉等穴均能治療膝關節3病。這種治療作用，體現了“腧穴所在，主治所在”的治療特點。
2.遠治作用
遠治作用是十四經穴主治作用的基本規律，尤其是四肢肘、膝關節以下的腧穴更能治療本經及表裡經循行所及遠端部位臟腑、組織器官的病證。如《四總穴歌》 中“肚腹三里留，腰背委中求，頭項尋列缺，面口合谷收 ”就是這方面的典型例子。這種治療作用，體現了“經脈所通，主治所及”的治療特點。
有許多病證都表現出全身的症狀，而不能用部位來表示。諸如發熱、貧血、白細胞減少、失眠、高血壓、低血壓以及多種亞健康狀態等等。而人體有不少腧穴對這些全身性病證有著明顯的治療作用，這就是“整體治療作用”，也即“全身治療作用”，例如合谷、外關、曲池、大椎清熱解表，治療熱病；氣海、血海。脾俞、足三里補益氣血，治療氣血不足之證；安眠、心俞、脾俞、神門、足三里養心安神，治療失眠；關元、腎俞、太溪、命門滋養肝腎，治療肝腎不足之證等等。
腧穴的特殊治療作用，體現在以下3個方面：①部分腧穴的治療作用有一定的相對特異性，如少澤通利乳汁，四縫治療疳疾，水溝救治昏厥，至陰糾正胎位等。②部分腧穴對機體的不同狀態有良性的雙向調節作用，如合谷、復溜既可發汗，又可止汗；中脘、內關既可止嘔，又可催吐；天樞、足三里既可止瀉，又可通便，神門、心俞既可治療失眠，又可治療多寐。③各類特定穴的各種特殊治療作用。
總之，腧穴治療作用的基本規律是：所有腧穴都能治療該穴所在局部及鄰近病證；四肢肘、膝關節以下腧穴絕大部分都能治療本經及表裡經循行遠端的病證；頭面、軀幹部位的腧穴大多以治療局部、鄰近病證為主；部分腧穴的治療作用具有相對特異性、雙向性，或有影響全身的作用。
5.防病保健作用
人體有許多腑穴很早以來就被認為具有防病保健作用，諸如氣海，關元、大椎、身柱、命門、足三里、三陰交、太溪、湧泉、風門、肺俞、脾俞、腎俞、膏肓等等。據《銅人腧穴針灸圖經》所記，東漢時代名醫華佗就以足三里穴防治“五勞贏瘦、七傷虛乏”。
腧穴防病保健作用的產生，在施灸的刺激下最為明顯。如《備急千金要方·灸例》中說： "凡宦遊吳蜀，體上常須三兩處灸之，勿令瘡暫瘥，則癘溫瘧毒氣不能著人。”宋代醫書《醫說》中雲： "若要安，三里常不幹”，並以灸足三里預防中風；風疾人，宜灸三里者，五臟六腑之溝渠也，常欲宣通，即無風疾。”《針灸資生經》 以灸足三里、絕骨穴預防中風： "凡人未中風一二月前或三五月前，非時足脛上忽酸、重、頑痺，良久方解，此將中風之候。急灸三里、絕骨四處三壯。” 《扁鵲心書》作者竇材以自己施灸長壽的切身體會告訴人們： "人於無病時常灸關元、氣海、命門、中脘，雖未得長生，亦可保百餘年壽矣。”氣海、關元屬任脈要穴，又與脾、肝、三經交會，為人身元氣匯聚之處和元陰、元陽交關之所，灸之補腎培元之力甚強。
如《針灸資生經》所說： "氣海者，元氣之海也，人以元氣為本，元氣不傷，雖疾害，一傷元氣，無疾而死矣。宜頻灸此穴，以壯元陽，若必待疾作而後灸，恐失之矣。”腧穴能防病保健，使機體“正氣存內，邪不可幹”，顯示了腧穴對機體全身陰陽氣血的調理作用，也是中醫“治未病”學術思想的體現 。
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