楓
對於這個問題本身，其實我有不同看法。
1，南明沒有39年，從1644年崇禎自殺算起，至1662年永曆帝被吳三桂殺死於昆明止，只有18年。
我理解39年是算到1683年清朝統一臺灣，可是永曆帝死後大明不再有皇帝，臺灣用永曆的年號，與朝鮮一直用崇禎的年號性質其實是一樣的，不能再算作南明史的一部分。
2，東晉其實算不上風雨飄搖，除了383年苻堅南征的淝水之戰外，東晉在王、庾、謝、桓四大世家的支持下江山還是穩固的。
即使最後政權在420年被劉裕取代，則只是皇帝換了個姓，其實整個南朝的班底變化不大，東晉~宋齊梁陳，某種程度上可以視為一體。
3，南明速亡的原因很多，沒有一個強有力的領導核心是根本，但如果跟東晉比，顯然外部環境差別更大。
東晉之時，北方五胡亂華，先後有十幾個政權混戰，根本無暇南顧，這是東晉能夠在南方立穩腳跟的關鍵。
而南明則不同，清朝迅速南下，而南明既無明君，又無中興名臣，再加上繼承了明末的一切缺點，如黨爭、腐敗等，不亡也難。
李定國可以算是南明唯一的名將，但在孫可望叛清後獨木難支，而鄭成功只想自立東南，1662年，永曆帝被殺後，李定國和鄭成功也在同一年去世，南明亡。
心向青山
南明簡史
1644年崇禎皇帝自縊。五月，福王朱由崧在南京即位，年號弘光，第二年五月被俘，弘光政權結束。1645年，唐王朱聿鍵在福建稱隆武皇帝，一年後被俘而死。隨後桂王朱由榔在肇慶建立永曆政權，最後兵敗逃入緬甸，1662年被吳三桂絞死。
南明王朝前後約18年。
鄭成功雖然在臺灣奉明正朔，但他沒有立明朝宗室為帝，其實是獨立一方，所以不計。
東晉小史
317年司馬睿在南京建立東晉，於420年被劉宋取代，前後103年。
兩個王朝在開始也差不多，最後結果卻截然不同，為何？
首先，局勢不同
東晉時期，東晉有很多問題，世族控制政權並一再引發內亂，比如王敦叛亂、蘇峻叛亂，桓玄想自立為皇帝，但這些事件都被平定，東晉依然保持著統一，對外還算團結有力。
東晉出事的時候，北方政權並不能趁機南征，因為北方一直是分割的狀態，少數民族政權在不斷相互攻伐，無暇顧及南方，當時北方前後總共有十六國，打來打去，不亦樂乎，只有前秦統一過北方，但也很快分崩離析。
那時南北常有戰事，但北方對東晉的主動南征只有過一次，淝水之戰，而且敗了。
這是東晉得以生存的一大原因。
而明末卻是相反的，滿清在北方以團結有力的面貌出現，內部沒有紛爭，它的對手主要是南明、大順和大西，而南明、大順和大西之間沒有真正團結，南明對起義軍只有利用，從不真正信任，南明政權內部也不團結，經常是各自擁護勢力，內部派系鬥爭厲害，結果各種矛盾層出不窮，難以形成真正的統一戰線。
其次，實力不同
東晉實力不弱。其實東晉並不是一直偏安南方，相反，它還有過多次的北伐，想收復北方再次統一全國。比較有名的有祖逖、桓溫、殷浩和劉裕的北伐，除了殷浩，其它三人的北伐都有一定成果，桓溫收復過洛陽，也曾兵臨長安，駐軍灞上,劉裕更是勇猛，直接滅掉了南燕和後秦，把長安收復。
東晉不時主動北伐，而北方對南方的大規模進攻只有一次，淝水之戰。
東晉經歷的最大危機是淝水之戰。
前秦當時非常強大，統一了北方，疆域勝過當時的任何一個政權，甚至比後來的北魏、北齊和北周都大，它剛剛統一就決定南下，號稱百萬之眾，然而內部包含多個民族，這些少數民族軍隊被征服不久，心裡是不安份的，並不會真正為前秦作戰，卻有倒戈的可能，東晉團結一致，依靠精銳的北府兵，最終打贏了前秦。
總體評價，東晉的實力並不算弱，起碼能對抗北方政權。
南明真是無法評價。
滿清入關剛佔領北京的時候，南明和農民軍加在一起大約有兩百萬軍隊，佔據全國六分之五以上的地域，實力不弱。滿族兵力只有五萬，剩下的蒙寒八旗和漢人投降部隊，總共約有二十萬人左右，兩家對比懸殊。
南明一方並不是不能打仗。
大順軍的郝搖旗、劉體純和李來亨一直抗清到南明滅亡。
大西李定國與南明合作，他在1652年攻佔桂林，殺死被滿清封王的孔有德，撤退長沙時又殺清軍元帥尼堪，讓清朝深為震驚。另一支大西軍在劉文秀的帶領下克服重慶，進攻成都，在寶寧縣差點弄死吳三桂。
南明左良玉傭兵八十萬在湖廣。
延平郡王鄭成功帥兵十萬圍困南京，滿清差點想把京城遷回遼寧老家。
實力弱嗎？也不算弱，可惜最後全敗。
滿清軍隊確實強大，他們已經打了多年，從將官到士兵都能征善戰，這是刀槍考驗出來的，加上能實施正確的軍事策略和政治策略，整體不容小覷，但是南明的失敗一小部分是外部原因，敵人太過兇狠，一大部分是內部原因，內部消耗太大。
大順退出北京後不能做統一戰略考慮，導致一盤散沙、軍心渙散。李自成死後農民軍南下時，南明弘光政權面對滿清和大順，竟把大順當成首要威脅。史可法說目前最急者無逾辦寇，而馬士英建議讓大順和滿清相鬥，好坐收漁利。永曆政權時大順的夔東十三家脫離出來，自己單打獨鬥，可憐不可憐？
馬士英派出使者和滿清議和，火燒屁股了還賣官鬻爵，並與史可法內鬥，混蛋不混蛋？
左良玉有八十萬人，和馬士英有了矛盾就揮兵東進，半路死了，他兒子左夢庚就率餘部降清，驚喜不驚喜？
大西和南明合作，李定國和孫可望成為永曆政權的中流砥柱，但兩人不合，孫可望進攻李定國被打敗，直接投降清朝，可氣不可氣？
南明這邊不是一筆爛賬，而是數不清的爛賬，誰和誰都有矛盾，都會爭鬥。
所以，不敗才怪，這才叫氣數已盡。
（李定國是很不錯的將領，征戰多年，在永曆皇帝被絞死後憂憤而死）
鬼山楓語
地緣環境和敵人都不同。
1 先說地緣環境。東晉時，南方地區並不是經濟重心，直到宋朝才重視南方，所以客觀上敵人不是太重視；北方是匈奴、鮮卑、羌等五個少數民族和漢族在統治（鮮卑又分慕容部、拓跋部和宇文部），少數民族和漢族，少數民族內部經常攻城掠地，客觀上也有利於東晉太平。
但是到南明，也就是清初時，清軍已經統治了中原廣大地區，基本上沒有其他割據政權還有其他民族跟清軍作對，所以南明獨自抵抗清軍，註定要失敗。
2 敵人不同。 東晉時，北方少數民族還比較落後，戰鬥力並不是特別強，只是因為西晉“八王之亂”才趁虛而入。
但明末清初時，後金（清）已經與明朝爭鬥了幾十年，有一定戰鬥力。此外，清軍掌握了弩槍和簡易火炮，已經不完全是冷兵器時代了。
所以，兩個方面決定東晉可以偏安一隅，南明就連苟延殘喘的機會也沒有。
六菠蘿說歷史
南明哪有39年？從1644年到1662年4月14日朱由榔在昆明篦子坡絞死，不只有18年嗎？
