寶應元年（762年）四月二十日，代宗柩前即位。
經過一番周折，代宗開始親政。他親政以後，發佈的第一道詔書就是委任兒子、奉節郡王李適為天下兵馬元帥。
所謂“國之大事，戎馬為先”，這一天是寶應元年（762年）四月二十五日。
在他部署平叛的過程中，也對朝廷上下、宮廷內外的人事關係進行了調整。五月于丹鳳樓頒佈的大赦制書已透出這一意圖。
其中在玄宗時被廢黜為庶人的王皇后、太子瑛、鄂王瑤、光王琚等均恢復了封號，因擅兵被廢為庶人的永王璘等也予以昭雪。
但是，宦官勢力的膨脹，影響了代宗的親政。
李輔國恃功自傲，曾對代宗說道：
“大家（代宗）但內裡坐，外事聽老奴處置。”
氣焰囂張，不可一世。
代宗因此很不痛快，但不得不表面尊崇，暗中卻利用程元振來對付他，以至於後來將李輔國暗殺於家中。
寶應二年（763年）正月，在唐軍的打擊下，安史叛軍的最後一個元兇史朝義走上窮途末路，自縊而死。很快，降將李懷仙就將他的首級送到京師。元兇授首，大功告成，唐朝諸道兵馬皆凱旋班師。
史朝義的死，標誌著歷時八年之久的安史之亂總算平定了。八年之中，不僅玄宗、肅宗各赴黃泉，唐朝皇帝換了祖孫三代，叛軍元兇也變了兩姓（安、史），父子四人（安祿山、安慶緒、史思明、史朝義）。
代宗完成了肅宗未竟之事，總算可以告慰祖宗，鬆口氣了。舉國上下的黎民百姓似乎一夜之間忘卻了兵災戰火的苦痛，也為這來之不易的勝利而歡呼。
百姓的歡呼雀躍，使人暫時淡忘了為平叛所付出的沉重代價。
在史朝義退出洛陽之後，收復洛陽的回紇兵就大肆擄掠，殺人萬計，城中大火十幾天不滅。朔方兵、神策軍也以洛陽等地久陷敵手，推波助瀾，縱兵搶掠達三個月才停止。
平叛大軍所過之處，邑落為墟，比屋蕩盡。時正值隆冬，百姓飢寒交加，有的竟以紙為衣，聊御風寒，令人為之心酸動容。
代宗時期的帝國，創傷累累、百事待舉、人口流失、土地荒蕪，人吃人的慘劇時有發生。天災人禍，饑荒瘟疫，肆虐著已經蕭條的城市和鄉村。
郭子儀曾向代宗描述過河南都畿一帶滿目瘡痍、人煙斷絕的淒涼慘狀。兩京失守之後，為了平定叛亂，河西、隴右、安西、北庭等地邊軍不得不相繼東調，導致西北邊防削弱，吐蕃、党項等乘機屢屢內擾。
昔日四夷賓服、八方來朝的時代一去不復返了。
河、隴地區的淪陷、東北平盧鎮的南遷，使天寶以來形成的邊疆全面防禦圈逐漸壓縮，由此而改變的邊疆民族形勢，給唐朝的國防及內政都帶來了許多新的問題。
平叛戰爭還沒有結束，浙東臺州（現在的浙江臨海）等地就爆發了袁晁起義，江南一帶大大小小的地方動亂，無疑加重了代宗時期朝廷的壓力。
平叛勝利之後，朝廷大軍還沒有凱旋迴朝，吐蕃軍隊就攻入關中，渡過渭水，直入長安，代宗倉皇出逃陝州。這一事件，更使代宗朝困難重重、雪上加霜。
此外，河北降將的不馴，平叛將領僕固懷恩等人的挾私以致走上反叛之路，更讓唐王朝狼狽不堪。
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