北元時期的科爾沁萬戶及其所屬鄂托克、地望
1368年，元朝失去對中原的統治，中國歷史便開始了第三次南北朝時代，即北元與明朝的對峙時期。1370年，明軍攻陷應昌，北元昭宗愛猷識理達臘北遷大興安嶺之北，依靠元代東道諸王各部的力量與明軍周旋。北元初期，蒙古汗廷的大體活動範圍包括東至今呼倫貝爾東部大興安嶺，西至克魯倫河中上游，南至興安嶺及西拉木倫河，北至斡難河一帶。昭宗愛猷識理達臘長期居住的克魯倫河北岸的巴爾斯城就說明大汗斡耳朵（汗廷）在蒙古高原東部的東道諸王牧地。1388—1402年間，由於阿里不哥後裔也速迭兒奪取蒙古大汗之位，蒙古政治中心從東向西移到原阿里不哥領地—阿爾泰山附近的蒙古高原西部地區。1402年，蒙古分裂為東蒙古（明譯韃靼）和西蒙古（明譯瓦剌）兩大集團。1406年，阿魯臺、鬼力赤等率東蒙古部眾返回北元大汗根據地——蒙古高原東部。在此後的近半個世紀裡，東道諸王領地成為東蒙古與瓦剌、明朝相互爭戰的主要地域。
由於明朝與北元的對峙，特別是洪武、永樂年間明朝與蒙古的戰爭，東道諸王領地及鄰近地區多次遭到明朝大軍的踐踏。期間，合撒兒等東道諸王后裔勢力也多次遭到打擊，如元代齊王部駐地附近出現了明朝建立的海拉兒千戶所和斡難河衛。
在長達百年的明朝與蒙古，東蒙古與西蒙古之間的割據混戰當中，新興的貴族統治範圍內前後形成了較大的部落集團—“萬戶”和“兀魯思”。就成吉思汗四個弟弟後裔所屬部落而言，內部構成多有變化。其中，科爾沁萬戶是在元代合撒兒后王所屬“齊王”部基礎上形成的，是由合撒兒家族統治為核心形成的東蒙古強大部眾。
北元蒙古脫脫不花汗在位期間（1433—1452年），合撒兒之十一世孫錫古錫臺王統領科爾沁部。明代漢籍史料《明英宗實錄》所載1439、1443、1445年相關條目中把錫古錫臺王均記“小失的王”作為脫脫不花汗手下的重臣，與也先太師、脫脫不花汗等一起受明朝賞賜的記載。1452年，也先殺死脫脫不花汗之後，對錫古錫臺王為首的科爾沁部合撒兒後裔亦進行屠殺，並俘虜錫古錫臺王之子孛魯乃等合撒兒后王及其所屬科爾沁部部分人戶和烏濟葉特等東蒙古諸部民眾，強行使其遷往衛拉特地方，而該部分人後來又成為四部衛拉特之一和碩特部。
巴圖爾錫古錫臺王長子孛羅乃七歲時被瓦剌所捕獲，後孛羅乃在桑固勒答裡的妻子哈拉沁太福晉的保護下免受殺害，並從瓦剌送回科爾沁故土。此時，孛羅乃之弟烏捏博羅特王根據長子繼承的習俗，將統領科爾沁萬戶的最高權力的象徵合撒兒的“黑纛”讓給了其兄孛羅乃。直到今天，阿魯科爾沁旗土著蒙古人姓氏裡的“哈拉套克沁”（意為“守護黑纛者”）人便是源於科爾沁萬戶中守護合撒兒“黑纛”的人們。
1454年，瓦剌貴族之間發生內訌，也先被阿剌知院所殺，蒙古社會又走向分裂狀態，直至達延汗統一東蒙古。在這半個世紀，蒙古各部貴族之間進行了爭奪蒙古高原最高統治實權的鬥爭。也先稱汗期間，因他本人非元裔，故得不到蒙古各部貴族的承認。也先死後東蒙古各部貴族另舉旗幟，各自為政，通過立脫脫不花之子馬兒古兒吉思、摩倫為傀儡汗，試圖掌控蒙古汗廷最高權力。即像脫歡、也先一樣成為掌控實權的太師，在蒙古地區稱霸。在此期間，合撒兒、別裡古臺、哈赤溫後裔所統轄的“科爾沁為首的三往流（翁牛特）”，以原有的基礎上更加壯大。別裡古臺後裔翁牛特部廣寧王毛裡孩、合撒兒之後科爾沁部齊王孛羅乃和烏捏博羅特王、哈赤溫後裔多羅土蠻部部主朵豁郎王（瘸太子）等以其強大的實力插手蒙古汗廷內政或控制汗廷，甚至殺死可汗，試圖繼承蒙古大汗位。
1469年，齊王孛羅乃被斡失帖木兒打敗之後，曾經帶領部眾投靠卜剌罕衛。當時卜剌罕衛蒙古駐牧地，由以前的嫩江流域遷到明朝邊境的宣府一帶，他們的統治者為哈赤溫後裔。1470年以後，齊王孛羅乃的名字和事蹟不見於漢籍，而在1479年達延汗登上大汗位之前，科爾沁萬戶的最高權利仍回到烏捏博羅特王手中。
1479年，巴顏孟克孛魯忽濟農之子年僅7歲的巴圖孟克在亦思馬因太師和滿都魯汗的遺孀滿都海夫人的扶持下即汗位，他就是被稱作蒙古“中興之主”的著名的達延汗。達延汗時期，成為科爾沁萬戶統治者的是齊王孛羅乃長子鄂爾多泰布延圖王，即漢籍中達延汗手下重臣“阿兒脫歹王”。1510年，在達延汗收復蒙古右翼的答蘭特哩袞戰役中，鄂爾多泰布延圖王帶著他的兒子布爾海前來，並率領“阿巴噶科爾沁”和兀良哈部眾，助戰達延汗左翼三萬戶軍隊。這次戰役中，鄂爾多泰王統領的科爾沁部對達延汗征服右翼異性領主的勢力起了重要作用。
達延汗時期，科爾沁萬戶相對獨立於蒙古大汗直轄的東蒙古左右翼六萬戶之外，與別裡古臺、哈赤溫、斡赤斤後裔統領的“往流”諸部一同成為強大的“往流四萬戶”之一。據蒙古文文獻記載，當時的科爾沁萬戶由左右翼十三鄂托克構成，即“合撒兒主的兀魯思由左翼新明安塔奔、茂明安、烏喇特、塔塔噶勒沁、布達沁、阿勒塔沁、郭爾羅斯等七鄂托克科爾沁兀魯思和右翼克烈亦特（元譯克烈）、主亦特、伊克明安、葛袞合什克、推伯根（元譯土別燕）、撒哈亦特等六鄂托克克列亦特兀魯思組成。”其中的茂明安、烏喇特鄂托克成為清代烏蘭察布盟茂明安旗和烏喇特三旗的前身。科爾沁萬戶中除了有以上十三個鄂托克之外，也有巴爾虎、索倫等部人。岷峨山人的《譯語》裡記載把兒威（即巴爾虎）、塔崩等部一起遊牧。巴爾虎人一度成為科爾沁萬戶的成員，也是與合撒兒後裔勢力從額爾古納河右岸向北拓展的結果。
北元初期的呼倫貝爾地區是蒙古汗廷的重要根據地之一。洪武至永樂年間，由於蒙古汗廷的大本營一度駐紮在蒙古高原的東部一帶，在明朝與蒙古的戰爭中，以合撒兒后王為首的“東道諸王”領地屢次遭到明朝軍隊的踐踏。但是，到了明宣宗年間，隨著明蒙之間的大規模戰爭的結束，明朝在蒙古高原東北腹地建立的海拉爾千戶所、斡難河衛等建制很快消聲諾跡，呼倫湖、海拉爾河、額爾古納河流域又由合撒兒后王所掌控。據蒙古文文獻記載，到了15世紀中葉，合撒兒后王牧地從額爾古納河上游一帶向北拓展到鄂嫩河流域，其大體範圍包括蒙元也相哥時代合撒兒后王領地。當也先太師先後消除弒殺東蒙古脫脫不花汗及其麾下大將錫古錫臺王時，錫古錫臺王次子烏捏博羅特王因“駐牧斡難而逃難”便可證明這一趨向。
如上所述，16世紀初當達延汗統一東蒙古時，合撒兒后王統治為核心的科爾沁部立於大汗直轄的東蒙古六萬戶之外，獨立形成為一個萬戶，內分左右翼十三個鄂托克。其中的右翼“克烈亦惕兀魯思”被烏訥博羅特王及其子孫佔有，左翼中心鄂托克－塔本、茂明安部歸屬於合撒兒后王長子嫡系鄂爾多泰王家族。16世紀中葉，在東蒙古左翼諸部大規模南遷之活動中，以圖美札雅哈齊（齊王孛羅乃次子）長子魁猛可統治為核心的科爾沁萬戶的一部分部眾，南下興安嶺山陽的嫩江流域。而圖美札雅哈齊次子巴袞諾顏所屬阿魯科爾沁、後來的四子部、幼子布爾海所屬烏喇特部以及鄂爾多泰王家族所屬塔本、茂明安等科爾沁萬戶分支仍留牧於鄂嫩河中游一帶至呼倫貝爾的廣闊地區。據《平定羅剎方略》記載，鄂嫩、尼布楚等地原為茂明安、布拉忒（布里雅特）、烏梁海諸部之地，後被俄羅斯吞併。尼布楚河位於鄂嫩河中游地區。可見，尼布楚一帶的確一度成為合撒兒后王領地之北端。17世紀30年代開始茂明安、烏拉特、四子部落、阿魯科爾沁等合撒兒后王所屬諸部才逐漸從尼布楚以及呼倫貝爾南下，先後歸附清朝。
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