1月28日，南航接到民航局關於運輸貴州省、新疆維吾爾自治區及廣東省支援醫護人員前往武漢的航班任務，南航總部及貴州公司、新疆分公司、湖北分公司密切協作，執行CZ5242(貴州—武漢)、CZ7997(烏魯木齊—武漢)、CZ5241(廣州—武漢)包機航班，保障三地醫療隊成員和醫療物資支援武漢市新型冠狀病毒感染的肺炎疫情防控工作。
1月28日凌晨1時整，CZ5242航班比原計劃提前22分鐘降落在武漢天河機場，搭載著137名貴州省首批醫療援助隊人員和3129公斤行李及醫療物資抵達武漢。貴州省首批醫療援助隊由2名來自貴州省衛健委、135名來自貴州9個市州和省屬27家三級綜合醫院的人員組成。
14：41分，CZ7997航班搭載142名新疆維吾爾自治區首批援助湖北醫療隊員和5663公斤行李及醫療物資從烏魯木齊起飛前往武漢，航班於18:16分落地武漢天河機場。據瞭解，新疆首批援助湖北醫療隊成員主要來自新疆醫科大學及各附屬醫院。
據南航工作人員介紹，繼除夕夜運送廣東省首批支援湖北疫情防控醫療隊後，1月28日19:14分，南航調派一架787大型客機，執行特殊包機CZ5241航班，運送廣東第二批援鄂醫療隊員147人、醫療物資及行李11噸，緊急飛往武漢，支援抗擊疫情工作。航班已於當晚20點25分抵達武漢天河機場。據瞭解，廣東省第二批援鄂醫療隊員來自中山大學附屬第一醫院、中山大學附屬第六醫院、南方醫科大學第三附屬醫院、廣東省婦幼保健院以及汕頭、梅州、東莞、茂名等地的多家醫院。
自1月24日以來，根據中國民航局和各地衛生部門統一部署要求，南航發揮國內分支機構眾多的航空優勢，共執行10架次特殊包機任務，緊急運輸廣東、廣西、遼寧、吉林、重慶、黑龍江、貴州、新疆等地醫療隊員共1200餘名、各類醫療物資52.6噸抵達武漢，支援湖北抗擊新型冠狀病毒感染的肺炎疫情。
同時，南航承諾，從2020年1月26日起，對符合條件支持抗擊新型冠狀病毒肺炎的救援物資實行免費運輸，開通援助物資運輸綠色通道，向境內外政府機構、紅十字會、公益慈善社會組織、相關醫療機構和醫療器械生產企業等機構組織託運用於捐贈公益的救援物資，提供通航點之間機場到機場的免費航空運輸服務及優先保障服務。其它社會群體託運的相關援助物資，如能提供證明託運物資用於公益援助用途，也可享受免費運輸，暫不對個人託運的援助物資提供優惠運輸。
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